当外商被严格管制并“圈养”起来之后，政府便以发放牌照的方式，允许获得资质的中国商人与之展开交易。就在粤海关开设的第二年，1685年4月，广东发布《分别住行货税》文告，规定国内贸易作为“住”税，赴税课司纳税；对外贸易作为“行”税，赴海关纳税。同时设立“金丝行”和“洋货行”，分别办理国内贸易和对外贸易业务。这便是行商的起源。那些被特许从事洋货贸易的商人史称“十三行商人”。
“十三行”这个称谓的由来，有多种说法。有人认为第一批获得特许资质的商人共有十三家，因此得名。也有人认为是广东经营商业的三十六行中有十三个与外贸有关。还有人则认为，这是明代沿用下来的俗称，据《粤海关志》载，开设海关的时候，每年远航而来的外国船只仅仅二十来艘，到了之后，中方以肉酒款待，然后派牙人居中交易，沿用明代的习俗，称之为“十三行”。
无论如何，十三行商人的出现是外贸制度变革的产物。
1720年11月，康熙五十九年，广州十三行商人聚会，在祖坛前杀鸡以血盟誓，成立公行，并共同缔结十三条行规，对行商行为进行多重规范，这些行规包括：
定价同盟：行商与外商相聚一堂，共同议价，其有单独行为者应受处罚。
行业公积：所有行商都要拨出每年利润中的2%，充做储备金，时称“公所费”。此外，在买卖古瓷时，卖者无论赢亏，都要把卖价的30%上缴给公行。
分享利益：无论哪一家行商与外商交易，只能承销全部货物的一半，其余则须平均分配给公行内的其他行商销售。
入行会费：公行内的行商，根据规模大小，分为头等行、二等行和三等行，新入行者要交纳1000两白银为公共开支经费，并列为三等行。
这些行规有“对外一致行动”、“对内垄断利益”的双重特色，在一开始，它遭到了外商的激烈对抗。就在公行成立的第二年，英商“麦士里菲尔德号”抵达广州港，船长拒绝接受公行行规，两广总督居中调解，十三行商人不得不作出妥协，让其他商人也参与了茶叶生意。1725年，英商在一封信中还说：“我们希望他们不再试图恢复（公行），假如他们已经恢复或一定要这样做，而你们又适在该地，你们必须尽力用最有效的办法进行反对。”
尽管如此，十三行商人似乎在对抗中渐渐占到了上风。在公行成立的8年之后，1728年（雍正六年），政府依照扬州盐商的“首总”模式，制订了商总制度。所谓“商总”者，由十三行商人共同举荐，经粤海关监督批准，负责统领各行商对外贸易，评定货价，解决纠纷。
公行、商总制度的形成，让十三行商人日渐成为一个组织严密、行为划一的垄断型商帮。
