大辩论后，商鞅开始实施“霸道之术”，他的变法分为三个阶段，分别是农耕、军战和中央集权，其最终的结果是把秦国变成了一个无比强大而恐怖的战争机器。
商鞅推出的第一个改革法令是《垦令》，其中心思想就是让整个秦国成为一个大农场。商鞅认为，治国之要就是让民众“归心于农”，大家都去耕地了，民风就朴实而纯正，国力就可强大。在《垦令》中，有20种具体的办法鼓励及资助农耕。
要让国民都去种地，就必须堵住其他的出路。在历代治国者中，商鞅也许是最仇视商人及商业流通的一位，他视之为“国害”。在《算地》一文中，他写道，如果技艺之士（手工业者）得到重用，那么民众就会取巧并喜欢到处迁徙，如果商贾之士得到重用，那么民众就会议论纷纷并竞相仿效，如此，则“田荒而兵弱”。所以，他提出了众多限制商业的法令，其中不乏极端之举。
比如，他严禁商人贩卖粮食，同时禁令农民购买粮食。在他看来，只要不允许粮食买卖，商人就无从得利——“无裕利则商怯，商怯则欲农”。因为粮食不得流通，所以家家必须去种地，当家家都去种地，那么粮食产量必然提高。
为了防止商人的活跃，他多管齐下，从工商两端一起着力。
中国历代思想家，无论哪一学派，一般都主张轻税，唯有商鞅独树一帜，坚持重税政策，而且非农产业的征税一定要多，市场贸易的租赋一定要重——“不农之征必多，市利之租必重”。他认为，只有“重关市之赋”，加重商品的流通税，才能让商人产生“疑惰之心”。秦国的租税有多重，迄今已无完整记载，不过商鞅曾提出，大幅提高酒肉的价格，按原价征课10倍的捐税。由此类推，税率之高可以想见。
商鞅还主张矿山国有化，把“山泽之利”全部收归国家，这既可以增加国库收入，又阻挡了一条非农的发财之道。按他的说法，“把矿山收归国有了，那些不愿耕作、懒惰刁钻、追求暴利的民众就丢掉了饭碗，不得不重新回到田里去种地”。由这段文字可见，商鞅把所有不愿意从事农业的人统统归类为“恶农、慢惰、倍欲之民”。他还命令所有商贾的奴仆必须服役、所有在朝的官员不得雇请佣人，这样一来，既提高了雇工的成本，又逼迫贵族子弟必须亲自耕作。
商业之繁荣，关键在于人口流通，商鞅深谙其中奥秘，所以，他针对性地出台了几条极其严苛的法令。其一，他下令在全国进行户籍登记，命令百姓不得擅自迁居，这是中国户口登记制度的开端，迄今仍在沿用；其二，他出台法令禁止私人经营旅馆业，目的是大大减少人口的流动。
此外，商鞅还对货币抱持敌视的态度——这是古今中外所有计划经济主张者的“传统”。他对货币和粮食有一种很奇特的看法，在他看来这两者是互相排斥的，“货币活跃了，粮食就萎缩；粮食丰裕了，货币就没有用了”——“金生而粟死，粟生而金死”。如果有1斤铜“生”在国境之内，就会有12石的粟“死”在境外；如果有12石的粟“生”在国境之内，则1斤铜“死”在境外。“在他变法的20余年中，秦国一直是以物易物，直到他死后3年，才开始铸币，由此可见，秦国的商业流通在各国之中是非常落后的。
商鞅的这些变法，前不见古人，用司马迁的说法，”卒用鞅法，百姓苦之，居三年，百姓便之“。也就是，变法实施之后，民怨沸腾，3年之后，居然大见成效。
秦孝公见变法初战告捷，当即任命商鞅为左庶长。庶长为秦国最高行政官员，分大庶长、右庶长、左庶长和驷车庶长四职，其中只有左庶长一职可由非王族大臣担任。
商鞅开始第二轮更为广泛且深刻的变法。其中最重要的政策，就是建立了军爵制度。
