1751年5月，当牛顿的船向安提瓜岛行驶时，船上的非洲人比英国人还多：奴隶有174名，而船员只有30名，其中7名船员还得了病。对奴隶主来说，这是一个危险时刻，不仅仅是因为在如此拥挤的船只上，一旦爆发霍乱或者痢疾会带来多么致命的影响，更因为他们还面临奴隶暴动的危险。牛顿就因5月26日的警觉性而受到嘉奖：
傍晚，多亏上帝的眷顾，就在奴隶们准备反抗的几个小时前，我发现了他们的阴谋。一个年轻人……他因为一开始身上起了一个大溃疡，因此整个旅程中都没有戴镣铐。后来，他看似无意地从窗栏中漏给奴隶一根很大的解索针，并被奴隶中的一个人很高兴地发现了。就在我发现这根解索针的一小时前，奴隶们已经把它做成了一个好武器（一种不会弄出声音的工具）。如果我没有发现的话，奴隶中将有近20个人会在凌晨打开镣铐。
次年，牛顿又有了一次相似的经历。当时，8名奴隶被发现藏有“一些刀具、石头、子弹，还有一把凿子”。犯事者后来都套上了轭和拇指夹以示惩罚。
诸如“阿盖尔公爵”号等奴隶运输船上的情景大同小异—拥挤、卫生条件差、活动受限、食物不足—因此，在穿越大西洋的旅程中，平均7名奴隶中就有一名死亡一点也不奇怪。但奇怪的是，像牛顿那样不忘给船员主持弥撒，并拒绝在礼拜天谈论生意的人，竟然会从事贩奴贸易，而且还能够心安理得。在1753年1月26日写给妻子的信中，牛顿为自己提供的辩护值得我们关注：
人类生来就有三大恩赐，无可置疑，它们就是宗教、自由和爱。在每一种恩赐中，我都得到了上帝的格外恩宠！看我周围的这些国家，虽然这些国家中的居民相互之间言语不通，但我相信，他们也同样相信这点，可是他们并未用语言表达过这一鼓舞人心的观点。据此我判断，这个观点从来没有在他们的头脑中出现过。正如光明与黑暗之间并无过渡一样，这些可怜的人也从未享受过我所享有的权利，他们完全地陷入邪恶与不幸中。他们没有基督徒所享有的恩赐和光明的前景，而是被巫术、魔幻和各种迷信思想所欺骗和迷惑，他们脑中只有恐惧和无知。他们所能理解的唯一自由，就是能够避免被卖的命运（这是我要强调的）；而就是这个卑微的愿望，他们也常常不能达成；我们常常看到，一个刚刚用船贩运奴隶的人，一周的时间还没过完，自己就被以同样的方式贩卖，甚至是用同一艘船运送出去。至于爱，我相信他们中也许也有更为柔和的灵魂，正如我也曾遇到过的；但是在大部分的情况下，当我试图解释这个令人愉悦的词语的时候，我很少能被人理解。
当一个人认为非洲人除了希望“避免被卖”的命运，而不知道自由为何物时，他怎么会认为是自己剥夺了非洲人的自由呢？
牛顿的态度并非特例。据牙买加的庄园主爱德华·朗说，非洲人“缺乏智慧，在文明和科学的进程中几乎难有进步。他们没有道德准则或规范……也根本没有道德感”。他总结道，他们就是一个低劣的人种。詹姆斯·博斯韦尔虽然在其他许多情况下都积极呼吁自由，却坚决否认“黑人受到了压迫”，因为“非洲人世代都是奴隶”。
牛顿的日记清楚地表明，从奴隶运输船起航开始，对奴隶的压迫就开始了，并在奴隶下船被售的过程中持续进行。在牙买加（牛顿的奴隶一般供应这个市场），白人和黑人奴隶的比例是1∶10。在英属圭亚那，这个比例是1∶20。没有暴力的威胁，很难想象这样的体制能够长期维持。加勒比海如今还遗留一些用来约束奴隶的刑具—比如，防止奴隶逃跑的带钉子的镣铐，或者吊在脖子上的铁块（可以加码以加重惩罚）—这些正是牙买加作为18世纪英国殖民地前沿的明证。
