因此，中世纪基督徒以这种方式解释世界：世界是客观存在的链条。这根链条从上帝宝座底端一直延伸到上帝创造的最微小的尘埃。这根链条的节点就是人。人将动物、鸟类、鱼、昆虫、岩石和鹅卵石以及天使的级别和上帝连接起来。因为上帝是完美的，所以他创造的一切都是完美的（人类显然是不完美的，但注定是有能力达到完美的）。地球是宇宙的中心，围绕在地球周围的是星球和行星的运动轨迹所形成的完美的圆。
人类在世界这个客观存在的链条中处于如此重要的位置，加上地球是宇宙的中心，所有这些都满足了人类的虚荣心，同时又使得人类在地位上低于教会。当少数好奇心重、求知欲强的人，如哥白尼、伽利略等提出问题并质疑教会有关地心说的时候，他们被视为激进分子、破坏传统的人，也就是对教会来说构成威胁的人。这些人破坏了原本的确定性，制造了疑问，所以他们威胁了社会的稳定。达尔文以同样的方式挑战了那些自负的、傲慢的人们，为人们展现了复杂的观点，引发了人们的思考。物理学家、宇宙学家保罗·戴维斯（Paul Davis）说：“达尔文撼动了世界的本源。这对那些顽固否定进化论的美国人来说十分具有威胁性。这些人依旧选择为上帝而撒谎，而不是接受真相：人从本质上来说就是自然的产物，有些事情是值得庆祝的而非令人畏惧的。”
达尔文关心每种生命形式在物理意义上的存在。他也许应该再等上一个多世纪，等到神经学家证明大脑是如何阐释世界的，以及这些阐释是如何决定人类的行为的。我们的自我存在感就来自这些阐释，我们的自我存在感也远比我们的物理存在重要得多。在某些极端的情况下，很多人行为英勇，冒着很大的风险。如果他们成功克服困难，他们可能会这样解释他们当初的行为：如果他们不尝试着冒险，他们就不可能过上现在的生活。澳大利亚骑兵马克·唐纳森冒着极大的危险冲入塔利班埋伏的地方，解救了他的同伴和受重伤的翻译官。他因此获得维多利亚十字勋章。他这样解释自己的行为：“我是一名战士，我接受训练就是为了作战，这是我应该做的。这完全是出于本能，也是自然的，那个时候什么都不会想。我只是看到他（翻译官）在那边，我就过去，把他救出来，仅此而已。”当自己不能承受生命之重的时候，很多人选择自杀。23岁的橄榄球员丹·詹姆斯视自己为运动员，但在一次橄榄球赛中受重伤后，他四肢瘫痪。他说服父母带他去瑞士境内最大的安乐死组织“尊严组织”，在那里，他结束了生命。进化论物理学家只从物理学的角度解释人类的行为，他们把性交看成人类繁衍的手段，他们把我们的孩子看成我们身体在自己死后的延续，而看不到除了基因遗传之外的我们。这是导致“生孩子需要巨大的花销和艰苦的工作”这一观点十分流行的原因之一。
基因不会产生具体的行为类型，比如坏脾气或者双相情感障碍。生理科学协会会长丹尼斯·诺贝尔相信系统生物学是“关于认识到一切物理组成部分都是系统的一部分，所有事物都与其他事物相联系”的科学。因此，精神病学家给两岁的小孩确诊患有双相情感障碍，并告诉其父母孩子的精神问题是由基因导致的。尽管精神病学家坚持说对这个家庭的调查是全面的，父母在教育孩子上存在困难这一点仍被忽略了。我见过来自幸福、正常的家庭的问题儿童和大人，家长并没有导致孩子产生被认为是“神经病”的行为方式。所有的家庭都有着独一无二的与他人互动的系统和方式。基因是另一个系统的一部分，这个系统与家庭系统相关。一些家庭系统会导致一些家庭成员或全部家庭成员强烈的抑郁，其他家庭有可能完全不是这样。
19世纪，骨相学家告诉人们大脑可以产生大量不同类型的意识，例如占有欲、善意、高尚。一个骨相学家可以通过人们头骨凹凸不平的形状判断这个人的个性特征。现在这看起来很荒唐，但还是出现了一种新的学科-骨相学。
正如物理学家看不见那些运动中的微粒，而是通过这些微粒在物理学家的仪器监测下的运行轨迹来判断一样，神经学家也不能看到一个鲜活的、运动中的大脑。他们必须通过仪器来测量大脑中发生的变化，并根据这些变化推断这些测量结果与某些大脑活动有关。功能性核磁共振可以测量大脑的含氧量。神经元工作时要比休息时消耗的氧气多。如果大脑某部分的耗氧量增加，这意味着某部分大脑正处于活跃状态。研究人员可以说：“这部分大脑可能正参与‘这样’、‘那样’的活动。”但是却不能说，“这部分大脑正进行‘这样’、‘那样’的活动。”正如神经生物学家史蒂文·罗斯所写的：“可能是我们刺激了大脑的某个区域，唤起了它的感觉、记忆，甚至情绪，这并不意味着这特别的记忆或者其他功能在这个区域以物理形式存在。这个区域的功能可能只与记忆有必要的联系。事实是，我们不具备对大脑全面的认知，以便我们建立起分子、细胞和系统之间的关系。”
