口蹄疫与手足口病是截然不同的两种传染病，主要有以下区别：
1．疾病名称与疾病分类不同
口蹄疫（AphthaeEpizootic），在《国际疾病分类》（ICD）中，列为。
手足口病（Hand-foot-mouth disease），在《国际疾病分类》（ICD）中，列为和。
2．病原体不同
口蹄疫的病原体为口蹄疫病毒，属人畜共患病原体。
手足口病是由数种肠道病毒感染所致，各地流行中常见病原是柯萨奇病毒A组16型（即CoxAl6）等。
3．传染源不同
口蹄疫病毒只引起偶蹄类动物如牛、羊、猪、鹿、骆驼等发生，成为人患口蹄疫的传染源。只有先出现兽疫，才有可能使人患病。
手足口病的传染源是患者和隐性感染者，属于人类疾病。
4．传播途径不同
口蹄疫是通过接触病畜口腔、蹄冠部的溃疡烂瘢，经皮肤黏膜感染的；偶尔也有食用了病毒污染而又未加热（巴氏消毒）的奶感染的。因此，人患口蹄疫是极为散在发生的。
手足口病是由于接触病人，通过日常生活用品、食具、不洁的牛奶、玩具的污染，经口感染的，也可通过呼吸道传播。因此，可出现不同规模的流行。
5．发病人群不同
人患口蹄疫决定于与病畜的接触，发病人群的年龄广泛。
手足口病主要是幼儿和儿童传染病，3岁以下患儿占绝大多数。
6．症状体征不同
口蹄疫、手足口病虽患病部位均在口腔、手指间、足趾端，有相似之处，但症状体征各有不同。口蹄疫起病后，主要表现为发热等全身中毒症状和局部疱疹损害两大特征。
手足口病大多无发热或低热，仅有呼吸道感染和口腔黏膜疱疹及手指、足部、臀部、膝部丘疹。
7．诊断依据不同
口蹄疫需先有当地牲畜口蹄疫发生或流行，并有与病畜接触机会，或饮用病畜污染而未加热的奶等感染关系。
手足口病，患儿传染性明显，呈流行性传播，且临床表现有区别。口蹄疫、手足口病都可在临床基础上诊断，必要时分离病毒做出病原学确诊。
