在出发前，他告诫将士要注意两件事：一是遇到明朝遣使求和的使臣，要对他们说你们有话应向我君王去说，我们只有接到君王班师的命令才可退兵；一是如果遇上关内的农民起义军，不要误杀，以免结下仇恨。“如彼欲遣使见朕，即携其使来。或有奏朕之书，尔等即许转达来书来奏”，表明企图争取与农民起义军联合共同对付明王朝的愿望。十一月五日、八日，清军分别从界岭口、黄崖口两处进入长城，沿途明守军几乎没有抵御，如入无人之境。一昼夜向前推进百余里。警报传来，明朝急调兵遣将增援，清军已攻克蓟州，分兵南下，一举夺取临清。然后兵分五路，直趋东昌、馆陶，十二月八日，攻占兖州，明鲁王朱以派被俘不屈，自杀。直到崇德八年（1643年）五月，才陆续从墙子岭出关而归。半年间，清兵纵横驰骋河北、山东、河南三省，攻克三府，18州，67县，共88城，俘获人口369000人，牲畜321000余头，黄金12254两，白金2205270余两，珍珠4440两。
对明战争的节节胜利，使皇太极感到无限欣慰。就在清军正在前线胜利推进的时刻，崇德八年（1643年）八月九日，皇太极终于因病在沈阳清宁宫与世长辞，享年52岁。后葬于昭陵，即今沈阳北陵，庙号太宗，谥为文皇帝。他用自己的毕生精力统一了北至外兴安岭，南至鸭绿江，西至蒙古，东及于辽的广大地区，为清朝向关内发展，夺取全国政权奠定了基础。
皇太极去世突然，生前对于皇位继承没有作出任何的表态与指示，这就必然要引发一场皇位继承的激烈斗争。经过一番激烈纷争之后，出现了一个妥协方案，由皇太极第九子年仅6岁的福临继承皇位，由叔父睿亲王多尔衮、郑亲王济尔哈朗为辅政王，摄国理政。崇德八年（1643年）八月二十六日，福临即皇帝位于笃恭殿，接受群臣朝贺，颁诏大赦天下，宣布正式即位，以明年为顺治元年。经过这次内部调整，关系理顺，清朝内部统一，多尔衮继续实施皇太极进取中原的战略，开始了新的谋划。崇祯帝的日子越来越不好过。
