事实上，这段“周公故事”疑点颇多，好几个地方都不能自圆其说。
首先，是周公祷告与武王病愈的关系。病愈的原因，如果是先王接受了周公的祷告，那就应当让周公偿命；但周公并没有偿命。这就说明，武王的病危或病愈，与周公的祷告无关。但是，周公却因这场祷告，树立了一个良好的政治形象。可见，这场祷告其实是周公策划的一场政治表演。他借用武王的疾病，苦心积虑地、同时也是成功地提高了自己的政治声望。
其次，周公把自己向先王的祷告词特意写下来，而且还郑重其事地藏在一只金縢匣子中，这也是一个奇怪的安排。从常情、常理来说，周公的祷告完成之后，这个事情就已经结束了；即使要保留祷告词，存入普通的档案柜也就可以了。但是，周公却专门制作了一只金縢匣子来保存这份材料，这就把一份普通的工作文书做成了一个神圣的政治道具。而且，周公还刻意要求参与此事的工作人员不要对外宣扬，这就进一步把这个政治道具神秘化了。通过这个细节，我们也可以发现，周公在这个事件上，确实有额外的考虑，有额外的诉求。
再次，上天为了表彰周公的德性与政绩，专门在深秋时节安排了一场雷电大风天气。在庄稼伏倒、树根拔起的情势下，成王及其大臣都感到了某种恐慌，这是可以理解的。但是，为什么要把这场极端天气与数年前的那只金縢匣子联系起来，却是一个令人费解的问题。因为，在这两个事件之间，并没有任何直接或间接的关联。然而，周成王居然马上就想到并打开了那只金縢匣子，由此读到了周公当年的那篇祷告文书。于是，成王顿时悔悟，赶紧派人去东方迎接周公回归。一个被误解、被委屈的圣人终于得到了承认。
结局很圆满。但是，这个圆满的结局绝不是自然形成的。在一场极端天气面前，成王并不会想到那只金縢匣子，而且，成王很可能根本就不知道有那么一只金縢匣子。最大的可能是，成王身边的臣子趁这个难得的机会，向成王推荐了那只神秘的金縢匣子。臣子们在打开的金縢匣子面前，在成王受到震动并进而感动的特殊时刻，还颇有分寸地为周公抱屈。这个细节说明，这个（或这几个）臣子是周公的亲信，很可能就是周公安排在成王身边的耳目。
严格说来，金縢匣子中的那份祷告文书，并不能消除成王对周公的顾虑或猜忌。因为，成王的“心病”是周公将“不利于”自己，直白地说，就是周公可能会威胁到成王的君主地位。金縢匣子中的祷告文书，只能说明周公对武王忠心耿耿、虽死不辞；那份文书并不能说明周公对成王忠心耿耿、虽死不辞。相反，现在的周公居于摄政地位，成王在事实上要听命于周公——这个事实，即使成王打开了那只金縢匣子，读到了那份祷告文书，也没有任何改变。换言之，成王并不怀疑周公对武王的忠诚，因为周公本来就是武王的政治助手，就当时的政治地位来说，也低于武王。成王担心的问题是，周公是否会“不利于”自己。然而，这个“要命的问题”，其实并没有得到解决。
