然而，邓布利多却最终在魔药和马尔福的双重打击下变得孱弱，藏在隐身衣下动弹不得的哈利这才在马尔福口中得知伏地魔把杀死邓布利多的任务交给他，包括凯蒂中咒和罗恩中毒事件都是其谋杀邓布利多的计划之一，其整一年里都在有求必应屋里盘算着谋杀及引食死徒进校的计划。面对毫无还手之力的邓布利多，马尔福颤抖着迟迟未能下手，是随后赶至的斯内普当着食死徒和哈利的面杀死了邓布利多并迅速潜逃。凤凰社与少数D.A.成员加入了这场战争，哈利在用“混血王子”的咒语对付斯内普时才发现原来斯内普才是那本书的主人。斯内普成功逃脱了，而邓布利多用生命换来的金挂坠盒里并没有伏地魔的灵魂碎片，它已经被一个简称为R.A.B的人偷走了，一切都只是白费力气。
凤凰福克斯在高唱挽歌后黯然离去，而邓布利多也在隆重的葬礼后与他的魔杖一起永远地躺在了湖边的白色坟墓里。哈利坐在热辣辣的太阳底下，忽然发现所有发誓保护他、挡在他面前的人都已经像邓布利多一样静静地躺下了，他与伏地魔中间再也没有任何人，他有种“必须永远抛弃那个早在一岁时就应该丢开的幻想，不再以为某位长辈的怀抱会保护他不受任何伤害”的强烈感觉。他知道从这一刻开始“没有人会把他从噩梦中唤醒，没有人会在黑暗中低声安慰他”，他必须迫使自己立刻长大，像他的父母和小天狼星一样大大方方并且勇敢地面对随时发生的死亡，他必须沿着邓布利多的足迹继续寻找和销毁魂器，然后，他要替那些因发誓保护他而牺牲的人们完成他们未了的愿望—杀死伏地魔，使所有可爱的生灵都能因此获得平等和幸福的生存权利。
哈利决定离开霍格沃茨。为了保证所有爱他的人不会因为他受伤害，他与金妮分手、与罗恩和赫敏话别。他按照邓布利多的嘱咐回到了女贞路4号与德思礼一家待在一起，但他明白这是他最后一次回到这里，在他满十七岁、母亲给他的保护魔法失效后，他便不得不离开这个他十七年来都称之为“家”的地方。邓布利多的逝世在魔法界掀起了轩然大波，《预言家日报》开始大篇幅地叙述有关邓布利多的一切，包括他的思想、成就和成长过程，还有一些关于他家庭的、不利于他的流言。哈利这才发现他对邓布利多的背景知之甚少，他只是不断地和邓布利多讨论“哈利的过去，哈利的未来，哈利的计划”。
为了使哈利更安全地离开女贞路4号，凤凰社决定在7月31日前便遣开德思礼一家，提前结束哈利身上的保护魔法。在十六年相看两厌的告别时刻，达力很困难地组织起语言对他说“你救了我的命”并向他伸出了粉红色的大手，这多少都令哈利感到惊讶，并为德思礼一家的离去突然尝到了些许伤感。凤凰社和他的朋友们在穆迪率领下用复方汤剂伪造出六个假哈利，当他们分组飞出女贞路4号的老房子后便立刻被“至少三十个不知从何而来”的食死徒包围，伏地魔“像风里的烟雾一般”向他飞来并打算杀死他，哈利与海格乘坐的摩托车失控下坠，伤疤的疼痛使他睁不开眼睛，在他以为自己就要完蛋了的同时，他意外得救了。但这场战役使他们付出了沉重代价：他心爱的猫头鹰海德薇死了，乔治失去了一只耳朵，穆迪在战役中英勇牺牲，尸骨无存。
在与罗恩、赫敏做好万全准备并有了死的准备后，哈利在陋居度过了一个热闹的十七岁生日，并且还在邓布利多的遗嘱中得到了一个旧的金色飞贼—尽管他想尽办法也弄不清楚邓布利多送他一个旧飞贼有什么含义。除此之外，邓布利多的遗嘱里还交待把格兰芬多宝剑也留给哈利，但由于魔法部认为格兰芬多剑是“一件贵重的文物”，他只能与宝剑失之交臂。比尔与芙蓉举行了一场盛大的婚礼，婚礼上，威克多尔·克鲁姆指出卢娜的父亲谢诺菲留斯佩戴着一个奇怪的三角眼标记，而这个标记曾多次出现在邓布利多留给赫敏的《吟游诗人比伯的故事》里。然而，还没等婚礼结束，“魔法部已沦陷”的警报声令婚礼乱作一团，他与罗恩、赫敏带着对邓布利多隐秘过去的怀疑在食死徒侵入陋居的瞬间幻影移形。他们躲进格里莫广场12号，并意外发现偷走真挂坠盒的R.A.B竟然是小天狼星去世多年的弟弟雷古勒斯·布莱克。而哈利曾在两年前的大扫除中把这个雷古勒斯用生命换来的金挂坠盒当做“谁也打不开的沉甸甸的纪念品盒”与其他灰扑扑的器具一起扔进了垃圾袋里，尽管克利切及时把它搬回了老窝，但蒙顿格斯的洗劫无疑令他们遭受了极大损失，他们必须闯进守卫森严的魔法部，从副部长乌姆里奇的脖子上把那个珍贵的金挂坠盒夺回来。
伏地魔的杀戮计划终于开始行动了，邪恶统治的恐慌时代开始了。食死徒们出台了一部部不合情理的法律强迫男女巫师们执行，并通过捏造谎言恶意围捕非纯血出身的巫师与生灵，他们大肆虐待和杀戮看似完全没有抵抗力的生命体，杀死抵抗新法律的人们。整个巫师界都开始偷偷议论，但同时又感到非常害怕，人与人之间失去了信任，就连曾经发誓要与哈利站在一起的人都对他产生了怀疑和恐惧。一切仿佛又回到了十多年前伏地魔第一次掌权的白色恐怖时代。赫敏最终成功地把金挂坠盒抢回手中，哈利还连带把穆迪的魔眼从乌姆里奇的办公室门上抠下来，他把这只魔眼埋在了三年前举行魁地奇世界杯的树林里，祈祷穆迪的英灵能就此安息。接下来，他们寻找魂器的旅途陷进了僵局。六个魂器，哈利与邓布利多摧毁了两个，除纳吉尼和他们手里的金挂坠盒外，还剩两个。邓布利多从没告诉过他剩下的魂器都藏在哪儿，他只知道它们可能是拉文克劳或赫奇帕奇的某一件东西，但他甚至无法确定它们到底是什么。他的伤疤几乎每天都在剧痛，每次他都能通过疼痛看见伏地魔的一举一动，他看见伏地魔分别折磨或杀死了奥利凡德、格里戈维奇和格林德沃，他感到伏地魔似乎一直在努力寻找着某件东西。无法消灭魂器的挫败感和漫无目的的旅行使他与罗恩的感情日趋破裂，在金挂坠盒的催使下，一些狂躁因子沉默蔓延于他们中间，当他与赫敏推断出格兰芬多宝剑能消灭魂器后，罗恩的情绪在金挂坠盒的影响下彻底爆发了，他丢下哈利与赫敏独自“走进了黑夜里的暴风雪中”。
为了寻找真正的格兰芬多宝剑，他与赫敏在圣诞节当天决定前往戈德里克·格兰芬多的故乡—高锥克山谷。哈利终于在这座古老的城镇里找到了父母的墓碑和被炸毁的房子，并且在一个风化严重的墓碑上发现了一个熟悉的三角眼标记。爆炸使他的魔杖折成两段，值得欣慰的是他找到了沉睡在冰湖里的宝剑，罗恩从天而降地拔出剑并摧毁了魂器。在赫敏终于开始注意到三角眼标记蹊跷地反复出现后，他们从谢诺菲留斯口中得知那是一个关于死亡圣器的标记，尽管赫敏对“从前有三个兄弟”的寓言童话不屑一顾，但哈利却感觉似乎抓住了一条非常重要的线索：长老魔杖、复活石和隐身衣，如果同时拥有它们便能主宰死亡。在哈利的再三求证下，传说与现实发生了惊人的交集，然而谢诺菲留斯的出卖马上令他们被关进了马尔福庄园的地牢里。在这儿，哈利与卢娜、迪安重逢，他还看到了魔杖制作师奥利凡德和古灵阁妖精拉环，凭空出现的多比帮助他们挨个儿逃狱，虫尾巴因为“潜意识里的仁慈”使哈利获救，但自己却被伏地魔赐予的银手掐死，哈利意识到当年制造活点地图的四人组至此已经全部离开人世时，拯救他们的多比在逃亡的最后时刻也被贝拉特里克斯凶残地刺杀。
他们逃到了比尔与芙蓉的贝壳小屋，巨大的悲痛使哈利无法正常思考问题，但他却同时悟出了魂器的下落和伏地魔一心想得到的东西。拉环同意把他们带进古灵阁，但作为交换条件他们必须交出宝剑；在与奥利凡德的谈话中，哈利获知了魔杖力量转移的秘密，而与此同时他透过伤疤看见了伏地魔在斯内普的迎接下回到霍格沃茨，伏地魔打开了邓布利多的坟墓，把长老魔杖从那双了无生气的冰冷手中扯出。
拉环的帮助使他们从古灵阁金库里找到了赫奇帕奇的金杯，而拉环的出卖也使伏地魔迅速得知哈利寻找魂器的计划。借由侵入伏地魔大脑，哈利获悉最后一个魂器藏在了霍格沃茨，他与朋友们立刻出发，在邓布利多弟弟阿伯福思的帮助下进入守卫森严的霍格沃茨。然而，在寻找拉文克劳金冕的过程，他不幸被食死徒发现，凤凰社、D.A.、家养小精灵等学校里的所有生物与非生物们都倾巢出动，而伏地魔也愤怒地从空空如也的魂器藏匿点赶至，把食死徒瞬间召集于禁林，霍格沃茨保卫战由此爆发。哈利穿过尘土飞扬的战场赶至有求必应屋，他发现罗恩与赫敏也用蛇怪的毒牙又销毁了一个魂器。在马尔福与克拉布、高尔的极力阻挠下，他从“混血王子”魔药课本的藏匿点找到并销毁了金冕，接下来只要把纳吉尼也杀死，伏地魔便会失去永恒的生命。
