然而，真正的梦境却给他带来了前所未有的震撼—他在梦中变成蛇并袭击了韦斯莱先生，尽管韦斯莱先生因他而获救，但他的心里开始发憷，他怀疑自己是否就是小天狼星口中的“武器”。伴随着伤疤的剧疼，他越来越频密地梦到一条长长的走廊和一道似乎永远无法开启的门。斯内普被邓布利多派来单独教他大脑封闭术，他被斯内普折磨得脑子麻痹、筋疲力尽。在霍格莫德村，刚刚交往的秋也因为他不合时宜的话而哭泣着扔下他跑开，他与秋短暂的恋情也似乎就此破灭。紧接着，D.A.聚会遭到出卖，邓布利多为保护哈利不得不自动解职，乌姆里奇被魔法部成功任命为霍格沃茨校长，事情已经发展到不可收拾的地步了，而这一切似乎都是因为他才接踵发生的。更令他难过的是，他从斯内普的记忆里看到了其学生时代被当众受辱的痛苦回忆，他发现詹姆不过是个“傲慢无礼、欺负弱小的下三滥”，甚至连莉莉当年对詹姆也不屑一顾，哈利觉得他的世界似乎颠倒了。而他长久以来笃定的信念也发生了可怕的偏移，他觉得“那么恐惧、难过”，他从来没想到“自己会为斯内普感到难过”。
自小天狼星在壁炉里向他解释詹姆当年傻头傻脑的行为后，他梦中那道长久以来无法打开的门终于在伤疤尖锐的疼痛中开启，在梦中他借由伏地魔的眼睛清楚看到小天狼星在布满玻璃球的神秘事务司里备受折磨、生命垂危。尽管赫敏一再认为这有可能是陷阱，但他无法理智地把小天狼星那张痛苦的面孔忽视，他不顾一切地与罗恩、赫敏连带纳威、金妮与卢娜一同骑夜骐赶往神秘事务司。当他发现第九十七排架子尽头什么也没有时，他把一个标着自己名字的玻璃球从高高的架子上取下。
哈利立刻被以卢修斯·马尔福为首的食死徒包围了，他被告知受折磨的小天狼星不过是伏地魔为引诱他前来而误导的幻象。他与朋友们在神秘事务司与食死徒展开了一场殊死搏斗。哈利看着朋友们由于寡不敌众而备受重伤，绝望地感到是他“把自己的朋友引向无谓的死亡”。凤凰社成员在这关键时刻闯进屋内，哈利与他们并肩作战，用他熟悉的每一道咒语进行着攻击和防御，他与小天狼星站到了一起，他们默契十足地配合作战，他听见小天狼星对他大喊“干得漂亮”，然而，在他还来不及反应的一瞬间，一道光束击中了小天狼星的前胸，他的教父“身体向后弯曲着”倒进了古老的拱门里。他听到了贝拉特里克斯得意的尖叫，他被告知小天狼星已经死了，深爱的教父不会再回来了。他带着强烈的憎恨和杀戮的决心把贝拉特里克斯追至魔法部大厅，他对一切都不在乎了，他只想让那个杀死小天狼星的凶手痛苦、生不如死，他没有意识到伏地魔已经突然出现在魔法部，也没有意识到当伏地魔与邓布利多大战不敌后接着打算干什么，他感到自己被一个红眼睛的怪物紧紧缠住，而那只怪物用他的嘴命令邓布利多把他杀死。他被缠得太紧，动弹不得，但他迫切地希望邓布利多能杀死自己，他要与身体里的伏地魔同归于尽，结束一切，然后或许他还可以在世界的尽头看见刚刚离去的小天狼星。
身受重伤的伏地魔还是潜逃了。福吉带着众多魔法部官员纷沓而至，哈利的朋友们和凤凰社成员也得以全身而退。当他回到邓布利多的办公室后，邓布利多告诉哈利由于小天狼星从不善待老克利切，于是他遭到了这个长期处在凤凰社总部的小精灵的报复，而伏地魔正是利用哈利与小天狼星互相珍为生命的弱点达到了目的。激愤的哈利当着邓布利多的面摔坏了一切可以摔坏的东西，这是他第一次发这么大的脾气，因为他内心深处有一个小小的声音告诉他：小天狼星在对待克利切的问题上确实有做得不妥的地方。但他不想去考虑这个问题，此刻他比所有人都憎恨克利切“猪嘴一样的鼻子和布满血丝的大眼睛”，他冲着邓布利多愤怒地大喊大叫，听着这位年迈老人对这五年来的苦心经营忏悔，从哈利必须留在德思礼家的秘密，到伏地魔极力想得到的预言，他听到了特里劳妮教授关于“两个人不能都活着，只有一个生存下来”的可怕预言，他得知纳威与自己一样也是预言中可以打败伏地魔的男孩，但伏地魔最终选择了与自己有着惊人相似之处的哈利，并在他额头上留下劲敌的标记。他的命运自被标记的一刻起已被锁定，他明白自己无处可藏，摆在他眼前的路要么是死，要么便是奋起与历史上最强大的黑魔法巫师决斗，哪怕是粉身碎骨、同归于尽。
福吉在众多的谩骂声中轰然倒台，一时之间，他成了魔法界人尽皆知的“救世之星”，连一向严厉的隆巴顿夫人都认为“那个哈利·波特比整个魔法部的人加在一起还有骨气”。他从小天狼星处继承了格里莫广场12号和老克利切，邓布利多带着他在霍拉斯·斯拉格霍恩的住所辗转后，他们很快便来到了陋居并获悉自己被选为格兰芬多魁地奇球队的队长。当他与朋友们前往对角巷购买新学年的物品时，他无意中发现德拉科·马尔福鬼鬼祟祟地潜入博金—博克店要挟店主博金为其修理一件东西，尽管罗恩与赫敏对此不感兴趣，但哈利认为“能让马尔福显得那么高兴的准不是什么好事”。他怀疑马尔福已经像其父母一样成了食死徒，并且计划用博金修好的黑魔法物件做见不得人的勾当。
斯拉格霍恩应约坐上了霍格沃茨特快前往魔法学校教书，这时候的哈利并不知道邓布利多再三恳请斯拉格霍恩复出的用意，也不知道眼前这个大蜘蛛一样的人物即将变成魔药课的老师。由于他没买魔药课本，斯拉格霍恩从储存柜里借给他一本属于“混血王子”的破破烂烂的旧教科书，他根据这本书笔记的指导意外变成魔药课堂上连赫敏也无法超越的、最拔尖的学生。但在他最引以为傲的黑魔法防御术课里，他被斯内普尽情地讽刺打击，面对斯内普蛮不讲理的惩罚，他变得越来越暴躁，他已无法保持对斯内普所作所为感到怯生生、为莫名其妙被扣分感到委屈的十一岁小男孩的心态了，他对斯内普反唇相讥，哪怕换来的只是斯内普用恶狠狠的语气没完没了地对他说“关禁闭”，哈利已不在乎违反校规、扣分和关禁闭了，这些惩罚从一年级开始便没打算离开他，更别提他非法成立D.A.，在全校师生的眼皮底下干着魔法部最害怕的事。
当邓布利多提出要单独给他上课后，他满心期待地来到邓布利多办公室，他发现邓布利多所谓的“上课”是带他重游所有与伏地魔有关的记忆。邓布利多希望与他一起“离开坚实的事实基础，共同穿越昏暗模糊的记忆沼泽，进入错综复杂的大胆猜测”，并希望他从那些零碎的记忆里更多地了解伏地魔。在一次不太愉快的霍格莫德之旅中，一条被施了魔咒的异常华丽的蛋白石项链使凯蒂·贝尔进了圣芒戈魔法伤病医院，这似乎与后来罗恩在生日当天中毒的事件有着微妙联系，尽管疑点重重，但这些都不如在他看到了金妮与迪安接吻时刹那的震撼，他感到“似乎有个全身长鳞的大家伙在哈利心头突然活了起来，并用爪子抓挠着他的五脏六腑”，一股强烈的冲动令他“只想用恶咒把迪安变成一堆果子冻”。一切都变得不对劲，有些事情似乎出乎意料地脱了轨，比如说长久以来他对金妮的兄长之情。
圣诞节前夕，哈利被迫参加“鼻涕虫俱乐部”的聚会，他意外发现斯内普与马尔福间有个决不能违背的“牢不可破的誓言”，并且马尔福在这学期总是在城堡里消失得无影无踪，连活点地图也无法标出其所在位置，这更加重了他肯定马尔福在秘密策划大阴谋的想法。探寻年轻时代伏地魔的过程被斯拉格霍恩虚假的记忆绞进了死胡同，哈利奉命获取那段重要记忆。在福灵剂的帮助下，他利用斯拉格霍恩喜欢莉莉的弱点取得了这段宝贵的记忆，当他把它交给邓布利多后，他们发现伏地魔不死的秘密是因为他从斯拉格霍恩口中得知分裂灵魂能使人获得永生，这才导致伏地魔不惜用杀人来分裂灵魂，并把它们藏在有代表意义的器皿里，还称之为“魂器”。邓布利多告诉哈利“爱”这件伏地魔永远看不起却唯一能把他打败工具便是哈利最强劲的武器，伏地魔被预言操控着选择了哈利，但他，哈利，可以跳出预言、自己选择与之对抗的方式。
此后，哈利与马尔福大吵大闹，他用“混血王子”笔记里的咒语致使马尔福身受重伤，斯内普阴郁地要求他交出这本书，他不得不把这本能令他魔药学出类拔萃的书收藏在有求必应屋里。由于再次被关禁闭，哈利无法参加本学期魁地奇的决赛，当金妮替格兰芬多夺得魁地奇杯后，他“没有想，没有准备，没有担心有五十个人在看着”便与金妮接吻了。他们交往的事情也迅速传遍了校园，他与金妮愉快地频繁约会，他觉得这段美好的日子都“像是从别人那里偷来的”。但当邓布利多告诉他十六年前是斯内普偷听了预言并立刻转告伏地魔后，他不得不马上起程与邓布利多赶赴岩洞销毁魂器。
