哈利没有听从多比的劝告。在一场决斗课程练习中，他与马尔福正面对垒，面对马尔福放出的蛇，他鬼使神差地发出了一种连自己都不知道的语言—蛇语，而这种语言正是萨拉查·斯莱特林本人“最著名的特点”，这下，全校人包括他自己都认为—他，哈利，是斯莱特林的“曾曾曾曾孙什么的”，他就是能打开密室的斯莱特林的传人。
神秘的细语和袭击事件没有停止，又一名同学和幽灵被石化，而哈利却不幸第一个站在了案发现场。皮皮鬼迅速把这一消息散播出去，无数流言围绕在他周围，同学们开始对他感到畏惧，而他自己却对此感到无法理解，他还是认为这一切都是马尔福的恶作剧，是马尔福为了驱逐非纯血统巫师并把他撵走而使用的伎俩。赫敏在幽灵桃金娘经常出没的盥洗室里炼制出一种极其复杂的、能令人变身的复方汤剂，他和罗恩利用它调查出密室事件与马尔福确实没有关系。绝望之下，哈利捡到了一本属于里德尔的湿乎乎的日记本，透过这本仿佛注有生命的日记，他回到在邓布利多还没接任校长、日记本主人里德尔还在就读六年级的五十年前，他惊讶地发现当年竟然是海格打开密室并放出了怪物，海格也正是因为这个原因而被开除。
袭击在防备森严的学校里再度发生，这一次，受害者竟成了他最要好的朋友—赫敏。魔法部决定撤销邓布利多的校长职位并带走海格，霍格沃茨像五十年前一样面临即将关闭的危机。哈利依照海格“跟着蜘蛛走”的嘱咐，与罗恩夜闯禁林，他们向海格当年赡养的怪物—巨蜘蛛阿拉戈克求证，得知海格也是无辜的受害者。线索似乎又断了，连最有可能查清真相的赫敏此刻也一动不动地躺在校医室，没有人能再帮助他，除了五十年前见过凶手真面目的死人。至此，袭击事件似乎在邓布利多离校后濒临失控，金妮的失踪和墙上的血字使罗恩几乎崩溃。通过桃金娘，哈利终于找到了密室的入口，他用蛇佬腔打开密室，并与罗恩把打算袭击他们的洛哈特赶进密室，洛哈特企图再次袭击他们，却无意中把隧道顶炸塌，罗恩不得不被隔在密室的入口处。这一次，依旧只有哈利一个人面对眼前生死未卜的挑战。
在密室里，他发现了奄奄一息的金妮和日记本的主人：汤姆·里德尔，年轻时代的伏地魔。哈利被告知十一岁的金妮已经暗恋他一年之久，被告知伏地魔在这一年里曾数次以幽灵般的姿态附着在金妮身上，金妮被命令去掐死公鸡、去用血在墙上写字，甚至打开了密室放出蛇怪，而金妮自己的生命也正在慢慢地被伏地魔蚕食。必须救出金妮的决心战胜了哈利内心的恐惧，这一刹那在勇气的驱使下他拔出了格兰芬多宝剑并用它杀死蛇怪。凤凰福克斯的眼泪拯救了他垂死的生命，他用手中的毒牙刺穿日记从而拯救下金妮的性命，他二年级的学习生涯也在赫敏恢复神志和为家养小精灵多比争取到自由的愉快氛围下告终。
然而，在三年级尚未开学时，他意识到自己又犯了个足以让他被开除的、不可饶恕的过失—他在愤怒之下把弗农姨父的姐姐玛姬吹得像氢气球一样，还飞上了天。哈利知道自己一定被开除了，但他受够了，哪怕他在被开除后无家可归，他也无法继续待在德思礼家，听他们那些对自己的愚蠢评价。他瘫在矮墙上，身旁是沉重的衣箱和海德薇的笼子。他发现似乎有谁在黑暗的胡同里偷偷监视他，但这一切都并不重要，重要的是他发现自己并非无家可归，事实上连魔法部长福吉本人也认为“我们不会仅仅为了人们吹胀姑妈就把他们送到阿兹卡班去的”。哈利侥幸逃过一劫，尽管事后他才从韦斯莱先生口中得知从阿兹卡班越狱的食死徒小天狼星正打算闯进霍格沃茨杀死他，从而帮助失势的主人伏地魔重返人间。
在返回霍格沃茨的列车上，莱姆斯·卢平赶走了对哈利产生兴趣的可怕生物摄魂怪，哈利也因而认识了这个面带病容、穿着破旧的新黑魔法防御术课老师。在开学宴会上，哈利获悉他的大个子朋友海格被荣升为保护神奇生物课老师，尽管他对此感到非常高兴，但比起容易受伤的保护神奇生物课和在特里劳妮教授的占卜课上没完没了地预言死亡，卢平教授的课显然是学校众多课程中最受欢迎的。由于吹胀了玛姬姑妈，他没能拿到弗农姨父批准他前去霍格莫德的同意表，万圣节当天，他只能落寞地待在学校，眼巴巴看着同学们都获准前往霍格莫德村度过一个愉快的周末，他的心情一整天都极度低落，直到在万圣节的晚宴上看到了取之不尽的精美食物。但他的好心情并没能维持多久，小天狼星蛮横地闯入与逃脱使得整个万圣节夜晚都充斥着浓重的死亡气息。然后，一场湿淋淋、冷飕飕且极度混乱的魁地奇比赛接踵而至。哈利被上百个观赛的摄魂怪所影响，在母亲凄厉的尖叫和伏地魔刺耳的大笑声里，哈利从五十英尺高的空中摔下扫帚，而他心爱的光轮2000也被打人柳折断，变成碎片。没有什么能比这些更令他沮丧的了，他决定请求卢平教授为他单独做辅导，传授他能驱赶摄魂怪的守护神咒。
在上半学期的最后一个周末，同学们获准再到霍格莫德村一次，他仍然只能落寞地守在格兰芬多塔楼，眼睁睁看着大家兴高采烈地从费尔奇凶神恶煞的目光前经过。然而，他在这个异常安静的圣诞节前夕收到了一份珍贵的圣诞礼物：活点地图。通过它，他发现了一条可以通往霍格莫德村的密道，于是他披上隐身衣，悄悄地爬往霍格莫德。在这儿，哈利发现了一个与自己有关的秘密：正在追杀他的小天狼星曾是父亲詹姆最信任的朋友，并且还是他哈利的教父，詹姆对小天狼星的信任“超过对其他所有朋友的信任”，但小天狼星却出卖了这个曾经最好的朋友，在伏地魔杀死詹姆夫妇后，小天狼星还引起一场大爆炸，从而炸死了十三名麻瓜和另一个朋友虫尾巴。
哈利无法面对这一噩耗，他萌生出要与小天狼星同归于尽的可怕想法。圣诞节过后，他获准跟随卢平教授学习守护神咒，面对博格特变成的摄魂怪，他一次次听见父母临死前的挣扎，再一次次陷入昏迷。守护神咒对他而言实在太难太难了，他无法捕捉到足以克制住父母临死前惨叫的快乐记忆，在那一声声凄厉的尖叫中他只能看见一道银色影子“从他的魔杖末端射了出去”，但这已经足够使他可以稳稳地骑在扫帚上不再轻易受摄魂怪影响了。于是在学期末临近之前，他终于为格兰芬多赢得了阔别已久的魁地奇杯。格兰芬多都不由得沉醉在这巨大的欢喜里，然而却在此时，海格心爱的鹰头马身有翼兽巴克比克却因致伤马尔福而被魔法部判处死刑。当他与伙伴们披上隐身衣前往海格小屋时，他们意外地发现失踪多日的老耗子斑斑竟躲藏在海格小屋里。在追捕斑斑的过程中，罗恩被突然而至的黑色大狗拖进了打人柳下的树洞。哈利没有选择，他必须把罗恩从那条足以吃掉他的大狗嘴里救出来。他与赫敏拖着被打人柳打得伤痕累累的身躯爬进树洞，并通过它来到了霍格莫德著名的尖叫棚屋，他很快发现，拖走罗恩的并不是一条真正的大狗，而是曾经令他恨之入骨的叛徒小天狼星·布莱克。
