他与斯内普的相看两厌是在一年级的第一堂魔药课后开始的。上课前他感到斯内普只是不太喜欢他，第一堂课后，他才知道“斯内普教授不是不喜欢他，而是恨他”。课上，斯内普总是找尽各种理由故意刁难他、侮辱他、讥笑他，并借机扣除格兰芬多学院分，他对斯内普“特别不讲理”的作风愤恨非常。出于马尔福的一再挑衅，他与罗恩同意了其要求单独决斗的挑战，当他们打算在深夜十一点半偷偷溜到奖品陈列室时，却在公共休息室遇到了尚与他们不熟悉的赫敏。赫敏极力阻止他们违反校规，并跟随他们一起爬出休息室。由于出了点小情况，赫敏与在休息室外露宿的纳威都无法返回休息室，无奈之下，哈利与罗恩只得骂骂咧咧地任由赫敏和纳威跟着前往奖品陈列室。很快地，他们发现马尔福的决斗邀请不过是个引诱他们被费尔奇逮住的计划。为了躲避费尔奇，他们误闯进四楼曾被邓布利多明令禁止入内的走廊，并在那里发现了三个头的大狗路威和一个被它看守住的活板门，在大狗震耳欲聋的咆哮声中，他与伙伴们冒着随时被费尔奇逮住的危险飞速逃离了这条可怕的走廊。
经此一劫，赫敏与哈利、罗恩的关系变得更加糟糕，她似乎已经不打算再和他们说话了。在一段时间里哈利为终于能摆脱赫敏这个“一向自以为是、喜欢发号施令”的麻烦人物感到高兴。然而在万圣节前夕，当罗恩对他说“她简直就像一个噩梦”却被赫敏听到后，他们命运的轨迹便开始与赫敏的紧密交缠在一起。由于罗恩毫不留情的评价，高傲的赫敏躲进了女厕所偷偷哭泣，她并不知道奇洛曾一头冲进礼堂告知全校师生巨怪被放出来的消息，也不知道邓布利多已下令各学院级长迅速带学生返回宿舍，她的处境相当危险，哈利与罗恩都觉得必须要对赫敏负责。于是他们悄悄离队搭救赫敏，稀里糊涂中，他们却把赫敏与巨怪锁在了一起，在经过一番置生死于度外的搏斗和互相拯救后，赫敏·格兰杰终于成了他与罗恩最要好且最可以信赖的朋友。在未来七年甚至往后更多的时间里，她成了他们这个三人组的智囊，她凭借着自己聪颖非常的头脑与他们一起赴汤蹈火、生死与共。
斯内普无缘无故受伤的腿引起了三人组的注意，同时他们也从说漏嘴的海格口中获知一个叫尼可·勒梅的人与这件事情有着密切联系。赫敏查出了尼可与能使人长生不老的魔法石有关，当赫敏推断出海格奉邓布利多之命神神秘秘地从古灵阁带走的小包就是魔法石且路威守护的活板门下便是魔法石藏匿点后，哈利也发现了斯内普要挟奇洛、计划突破活板门抢夺魔法石、企图帮助伏地魔复活的阴谋。他与两个伙伴迅速行动，在入夜后披上父亲的隐身斗篷赶赴路威守护的活板门。在那儿，他们发现活板门已被突破，而那条三只头的大狗还在傻乎乎地“三个鼻子全朝着他们这边疯狂地抽动、嗅吸”。当他与伙伴们各显其能地设法突破重重障碍、伤痕累累地站在最后一个房门前时，为了保护自己最好的朋友，哈利一口气把魔药喝光并穿过了黑色火焰。在最后一个房间里，哈利发现自己原来一直错怪了斯内普，站在魔镜面前的是面色苍白、看起来非常脆弱且说话结结巴巴的奇洛教授。奇洛讲述了自己是怎样听从伏地魔的命令放出巨怪、给哈利的扫帚施咒以及自己在被斯内普怀疑后受到警告和要挟的所有事情，他告诉哈利，斯内普憎恨其父亲，并向哈利灌输伏地魔“世界上没有什么善恶是非，只有权力，还有那些无法获取权势的无能之辈”的偏激思想。随后，他要求哈利站在魔镜前把看到的一切告诉他，就在这一瞬间，魔法石悄无声息地落到了哈利的口袋里。在奇洛的逼供下，他鼓起勇气胡编乱造谎言希望蒙混过关，心浮气躁的奇洛听从了身体里另一个声音的命令，他解下头上的围巾，在奇洛裸露且小得出奇的后脑勺，哈利生平第一次惊恐地与伏地魔对峙。面对伏地魔恶狠狠地抢夺，他大声喊叫着“休想”，顿时他的伤疤“钻心地疼起来”，疼得“脑袋仿佛要裂成两半了”。他死死抓住奇洛的手臂，把奇洛痛得无法施咒，在强烈的眩晕下，他听到伏地魔“杀死他！杀死他！”的咆哮，他感到奇洛的手臂挣脱了他，他感到一切都完了，随后他陷入了昏迷。
然而，魔法石最终并没有被奇洛夺走，闻讯而至的邓布利多制伏了奇洛并夺下魔法石，伏地魔以那副生不如死的姿态再次潜逃，魔法石被销毁；哈利成功地帮助邓布利多拖延了时间。在庞弗雷夫人的病房里，邓布利多向他解释了伏地魔不能碰他的原因：因为母亲出于对他强烈的爱，为了保护他而死，并且她在哈利身上留下了一个看不见的印记，使世上所有邪恶的事物都无法伤害他。随后，他还从邓布利多口中获知父亲詹姆与斯内普的一段往事，并得知詹姆曾救过斯内普的命，邓布利多告诉哈利，为了还清这份人情，斯内普整个学期都在想方设法保护他。哈利与罗恩、赫敏的这段冒险经历不知不觉为全校师生所了解，他也因为其“大无畏的胆量和过人的勇气”，为格兰芬多学院分赢得了当之无愧的六十分。
哈利的第一个学年便在赢得学院杯的喝彩中轰轰烈烈拉下帷幕，接下来，他不得不返回德思礼家度过漫长的暑假。在二年级开学之初，一个穿着旧枕套、长着两只蝙蝠似的大耳朵和一对网球般大小的绿眼睛小怪物凭空出现在他卧室的床上，他自称多比，是个家养小精灵。他一边以各种方式折磨着自己，一边向哈利透露今年霍格沃茨将会发生可怕的事情，他劝诫哈利放弃上学，遭到拒绝后，多比使用悬停魔法把佩妮姨妈的厨房摔得一塌糊涂，随后，送来魔法部警告信函的猫头鹰把弗农姨父的客人吓得魂飞魄散。当德思礼一家获悉未成年的他无法在校外使用魔法、他们不会一觉醒来变成蝙蝠后，哈利失去了唯一的武器，他立刻被弗农姨父锁进卧室，并在窗户上安满铁条，弗农姨父告诉他“你永远别想回那个学校”。
多比的意图似乎达到了，但他怀疑自己很有可能会被德思礼一家饿死：他被关在房间里，每天只能喝一碗连海德薇都不屑一顾的冷罐头汤。他深夜躺在黑漆漆的卧室里，筋疲力尽，饥肠辘辘，睡得迷迷糊糊，已经没有精力考虑是否会被霍格沃茨开除的问题了。朦胧中，他看见罗恩连同他的双胞胎哥哥弗雷德和乔治开着韦斯莱先生改造过的飞天汽车停在他二楼卧室的窗前，在弗农姨父的鼻子底下，他们不管不顾地把哈利救出女贞路4号，并把他带到了韦斯莱家—陋居。在这里，哈利再次看到了和善的韦斯莱夫妇以及害羞得出奇的金妮和依旧喜欢装模作样的珀西。当他认为小精灵多比的警告完全是马尔福阻止他上学的恶作剧后，他放心地收拾行装准备开学。然而，莫名其妙封上的通往九又四分之三站台的通道把他与罗恩堵在外面，他们错过了火车，最后他只得坐在罗恩身边，听凭罗恩驾驶韦斯莱先生的飞天汽车飞往霍格沃茨。当韦斯莱先生的汽车“带着遍体的伤痕和大坑，冒着蒸汽，隆隆驶进黑暗中”后，他们被摔在校外。迟到、乘飞车张扬返校还被麻瓜们看到、损害打人柳再加上斯内普的挑唆，哈利认为自己这次肯定要被开除了，但他与罗恩得到的惩罚却仅仅是校长亲自给家里写信，看着斯内普“就好像是听说圣诞节被取消了”的表情，他简直不敢相信自己竟能这么走运。然而他的好运并没有维持多久，很快地，他被一个总爱把自己打扮得花里胡哨、认为全世界都疯狂希望得到自己签名照的家伙盯上了，更糟糕的是，那家伙还是他的新黑魔法防御术课老师。当洛哈特认为哈利开汽车飞到学校是为了大出风头后，他只能可怜巴巴地在城堡里到处躲躲藏藏。在一次被迫与洛哈特相处的过程中，他突然听到一个“令人毛骨悚然、呼吸停止、冰冷恶毒的说话声”，而在一旁的洛哈特显然没有听见。随后，他与罗恩、赫敏一同参加忌辰晚会，那个“冷冰冰的、杀气腾腾的”神秘声音再度出现，而一旁的伙伴们也同样没有听见。声音过后，他们在一条空荡荡的走廊里发现了被石化的洛丽丝夫人—管理员费尔奇的猫，以及一行猩红的字—“密室被打开了，与继承人为敌者，警惕”。
洛丽丝夫人的遭遇在学校里掀起一场不小的恐慌，从魔法史老师口中哈利得知，密室不过是霍格沃茨众多传说中的一个。传说中，它是由霍格沃茨的创始人之一萨拉查·斯莱特林秘密建造，用来放置某种只有斯莱特林的继承人才能控制的怪兽，密室也只有斯莱特林的继承人才能开启。神秘声音继续出现，这一次遭难的是崇拜哈利的科林·克里维。多比也再次出现，他告诉哈利是他封上了九又四分之三站台的通道，也是他操纵游走球把哈利打下扫帚，他一边惩罚自己，一边泪汪汪地告诉哈利有人在策划一场阴谋，并且“历史即将重演，密室又一次被打开”，他再三劝诫哈利必须马上离开。
