大顺军败回北京以后，李自成曾经考虑过据守北京，二十七、二十八两日采取了备战措施，责令军民火速拆除城外羊马墙及护城河旁房屋。但是，经过斟酌，大顺军领导人终于决定放弃北京，主动西撤。这是因为大顺军在北京地区不可能集中一支足以固守待援的兵力，跟踪而来的清军一旦围城，大顺政权的领导人物和败回兵将就可能成为瓮中之鳖；加上城内居民亲眼看到大顺军败阵而回的狼狈情况，讹言四起，潜在的敌对势力也待衅而动。在这种形势下，李自成断然决定二十九日在北京举行即位典礼后，立即率部西撤。离京前“分付阖城人民，俱各出城避难”，同时下令放火焚毁明代宫殿和各门城楼。大顺军撤退时，“城中扶老携幼西奔者络绎不绝”，一些明朝降官如龚鼎孳、涂必泓等人也自动随军西行。这说明大顺政权在当时仍有相当威望，城中官民对此后局势的变化尚难逆料。
清军在山海关地区作了短暂的休整，即向北京进发。四月三十日晚上，多尔衮在蓟县获悉大顺军已经撤离北京，命令多铎、阿济格和吴三桂等带领精兵火速追击，目的是进一步重创大顺军，尽量截留被大顺军运走的金银财物。他自己率领部分兵力于五月初二日由朝阳门进入北京。当时北京城里的官绅士民并不清楚吴三桂已经投降清朝等情况，纷纷传说吴军杀败大顺军，夺回明太子朱慈烺，即将送回北京即位，因此准备了皇帝的卤簿法驾出城迎接。没想到昂然而来的是清摄政王多尔衮，许多人大吃一惊偷偷溜走，少数官僚则将错就错地把多尔衮迎入劫后仅存的武英殿，拜倒在爱新觉罗皇室脚下。
五月初八日，清军在庆都（今河北省望都县）城东追上大顺军。李自成命蕲侯谷英率兵阻击，被清军击败，谷英阵亡。接着，清军又在真定（今河北省正定县）再次获胜。大顺军在畿辅已无法立足，经井陉退入山西，留精兵扼守固关。追击的清军于五月十二日返回北京。
京师的再次易手，在明朝官绅中又一次造成重大的影响。大顺军进京时绝大部分明朝官绅都报名请用，清兵占领北京后相当一批汉族官绅出于民族隔阂不愿出仕清朝，纷纷南下。杨士聪在一封信中就说：“弟联南来缙绅不下百余人”；“昨闻泛海诸臣，漂没者七十余艘。乐哉诸臣，幸得免于一留再留”，其他先后南窜的官员为数当更多。顺治元年七月清吏部左侍郎沈惟炳在奏疏中写道：“大清入来，规模宏大，安民和众，恩已着矣。而京官南去不返，似怀避地之心；高人决志林藏，似多避世之举。见在列署落落晨星，何以集事而襄泰运哉。”他建议“急行征聘，先收人望”，“此兴朝第一急务也”。在争取汉族缙绅势力上，清廷显然技高一筹。大顺政权的追赃助饷，随后建立的南明弘光政权又以从逆的罪名追究南逃官绅曾经投降“闯贼”而大兴“顺案”，都使相当一部分官绅大失所望，另寻出路。多尔衮进京初期比较谨慎，遇事多听从范文程、洪承畴等汉族官僚的建议。为了取得汉族官绅地主的支持，他以为明帝复仇讨贼相标榜，进京后的第三天就下令：“官民人等为崇祯帝服丧三日，以展舆情。著礼部、太常寺备帝礼具葬。”鉴于明朝后期党争激烈，在京的明朝官僚绝大多数又投降过大顺政权，多尔衮不失时机地广为招徕，入京之初就“大张榜示，与诸朝绅荡涤前秽”。“令在京内阁、六部、都察院等衙门官员，俱以原官同满官一体办事”。不久又进一步明确宣布：“凡文武官员军民人等，不论原属流贼，或为流贼逼勒投降者，若能归服我朝，仍准录用。”这就是说不管是东林一复社党人还是魏忠贤阉党，是明朝官员还是大顺政权官员，只要归附清朝就官复原职，甚至加官晋级。其中突出的例子如涿州（今河北涿县）人冯铨在天启年间依附魏忠贤，爬到大学士，崇祯初革职为民，多尔衮入京后即以书征至，委任为内院大学士，而且因为他熟悉朝廷典故排名第一，位列范文程、刚林、祁充格、宁完我之前。冯铨受宠若惊，请求将名次移后，多尔衮说：“国家尊贤敬客，卿其勿让。”陈名夏在大顺军进京后曾报名任职，清军入关他逃回南方，却被南明弘光朝廷视为“从贼逆臣”，要捉拿归案，他走投无路被迫重返北京投靠清廷，历任显官，一直做到大学士。顺治初年，清吏部向朝廷请示：周伯达在明朝任陕西关西道，在大顺政权中任甘肃节度使；刘达原为明朝临汾知县，大顺时期任巡按河南直指使，究竟应按明朝官级还是按大顺官级授职？清廷决定按大顺所授较高官职录用。陈之龙在明朝为监军道，大顺政权委任为宁夏节度使，降清后仍任巡抚。黄尔性在崇祯末年任明朝汉中府通判，大顺政权授职“道员”（防御使），降清后被英亲王阿济格委任为宁夏巡抚；富平县举人赵兆麟归附大顺政权后，仕至神木道（即神木防御使），降清后也由阿济格委任为郧阳抚院。顺治三年正月，清廷吏部建议把他们降为道级官员，摄政王多尔衮裁决仍以“都堂”（即巡抚）任用。多尔衮还经常命降清的汉族官员荐举人才，形成门生旧友相率入朝的局面。自从明朝中叶以来，缙绅势力迅速膨胀，成为各地举足轻重的社会力量。多尔衮采取大包大揽、求“贤”若渴的方针，就奠定清朝统治而言是最成功的一着。1645 年（清顺治二年、明弘光元年）正月，吏科都给事中朱徽在一份奏疏中说：“去岁五、六月间，人心粗定，引避者多，寮署一空，班行落寞。及摄政殿下宽仁好善之意，播于远迩，暨圣主膺篆御图以后（指上年十月清帝爱新觉罗·福临在北京即位），瑞叶天人，然后东西响应，多士云集，乃有今日，岂易易哉。”这段话颇能说明清廷为争取汉族官绅的支持确实煞费功夫，效果也是很明显的。
