然而，活跃在东南亚海上的琉球人很快不得不面对灾难性的新局面。1511年，葡萄牙舰队进攻并消灭了马六甲王国，此后又在爪洼、苏门答腊等地兴建商馆与要塞。在欧洲势力伸展的同时，16世纪初，明王朝的对外政策发生了转换。1522年，麦哲伦完成了环绕地球一周的探险之旅，证明地球是圆的。就在这前后，东南亚海域消失了琉球船队的帆影。琉球在东南亚的贸易活动结束了。
更为灾难性的打击则来自东北方。1609年3月，日本萨摩藩派遣桦山久高为大将入侵琉球。说来萨摩藩入侵琉球的“大义名分”，乃是因为琉球国既不肯致聘于江户幕府，对江户幕府通过萨摩藩送还漂流岛民也未派遣使者致谢，对江户幕府期望琉球能在日本与明朝的关系修复中做一些工作的愿望也没有积极的回应。萨摩军先后占领了奄美、喜界、德之岛、冲永良部等岛屿后，在冲绳北部上陆，攻陷今归仁城。守城的山北监守向克祉战死。4月1日，萨摩军分海陆两路攻向那霸和首里。尚宁王派遣三司官谢名和丰见城守卫那霸。萨摩军沿途烧掠并摆出直攻首里的态势，谢名和丰见城回师援救首里，萨摩军乘势攻下那霸。眼见守土无望的琉球国王尚宁只好以王弟尚宏和三司官为人质，向萨摩求和。4月4日，尚宁被押向名户，5日，萨摩军进占首里城。日本式集体劫掠开始了（这种集团劫掠很不同于欧美的个人式抢劫，其间的差别，在1900年八国联军在北京抢劫时表现得也非常明显）。依据《琉球渡海日日记》的记载，光是打包琉球的奇货珍宝就用了十几天。
按照前近代征服与被征服的模式，历史的故事从此应当是萨摩藩献俘江户，德川将军赐予萨摩领有琉球，而被攻占的琉球王国，理所当然直接面临着灭顶之灾。
三
但是， 1609年后的琉球历史却是另一种写法。
转机在1610年5月已经出现。在经历一年牢狱之灾后，5月，萨摩藩主岛津家久受命与琉球君臣踏上了去江户的旅程。出发前，江户大老（幕府最高执政官）本多正纯写信给岛津家久，命其按照接待朝鲜使节的规格将琉球国王带到江户。
接待朝鲜使节的规格，是何等规格？江户时代，每当江户幕府将军更换以及有特别庆贺之事，朝鲜方面会派遣祝贺使。使节团由正使、副使、从使等400人组成，因为事关幕府的面子，所以接待费用每次达100万两，是对外最高的规格。这与琉球君臣的阶下囚身份很明显是大有距离的。一路行来，1610年8月16日琉球君王在骏府城“晋见”了德川家康。史料记载，在24杆旗帜的簇拥下，琉球国王乘凤辇而入。他身着明朝皮弁冠服，王弟具志头和其余同行者衣冠装束也一如明臣。而那凤辇，上面有镀金的凤凰式样，据说在日本是天皇才能乘坐的。那一天德川家康也身着直衣头戴乌帽子，一副正装。8月25日，琉球君王到江户，28日，登上江户城“晋见”德川幕府将军德川秀忠。琉球君臣的引见仪式成为提高幕府权威的最好的仪式。1610年9月3日，德川秀忠设宴款待琉球国王和岛津家久。席间更表示，琉球今后要上供于萨摩，但琉球代代为中山王之国，不得立他姓为王。琉球国王宜早乘归帆，奉祈祖先。琉球王尚宁闻之欢喜无限，不由得手舞足蹈。
1603年德川家康开幕府于江户，1605年传将军位置给二代将军德川秀忠，自己迁居于骏府。但真正掌握实权的，当然还是家康。从本多正纯写信到德川将军秀忠当着岛津家久宣布让琉球君臣归国，不难看出深居骏府的德川家康在通盘考虑琉球问题后，早已下了维持琉球王统的决断。他的选择是，既然萨摩藩入侵琉球的“大义名分”，是琉球国不肯致聘于江户幕府，那么，就让事情止于通过萨摩藩武力达到使之致聘的目的。
问题在于，是在什么力量促使下江户幕府确定了如此政策，把已经吞进口中的琉球重新吐出来？推动历史走向这一刻的必然性何在？
一个重要的原因，就是海那边琉球的宗主国明王朝的存在。1592年和1597年，为保卫以明王朝为核心的东亚国际政治秩序，在朝鲜半岛明军和日本军刚刚交过手。日本如果灭亡琉球，毫无疑问同样要冒着重启战端的风险。在日本国内，1610年的日本也远不是太平盛世。尽管1598年丰臣秀吉死去后丰臣氏的影响日渐凋敝，但以大阪为中心的丰臣势力仍然存在，他们对于江户幕府有着根本威胁。解决这一威胁，是几年后被称为大阪“冬之阵”和“夏之阵”的两场战役。就江户幕府与强藩萨摩的关系而言，1600年的关原之战，岛津氏最后采取自杀式的中间突破方式撤出战斗，已经足以让德川家康对萨摩藩的战斗能力留下深刻印象。1609年一战如此轻易俘获琉球君臣，更提高了德川家康对萨摩的警惕。如果让萨摩藩吞掉琉球，领地扩大后对萨摩藩无疑是猛虎添翼。冒与明开战倾巢覆卵之险，养萨摩藩坐大贻患他年之力，这是被称为老狐狸的德川家康断不肯为的。
