10月初，董作宾返回安阳小屯村，工作17天，共发掘出古器物l0余种，甲骨百余片。试掘的成功增强了傅斯年大规模发掘殷墟的信心，他当即写工作报告给中央研究院，要求组织人员对殷墟进行考古发掘。报告中说：
安阳之殷故墟，于三十年前发现所谓龟甲文字者，此种材料，至海宁王国维先生手中，成极重大之发明。但古学知识，不仅在于文字，无文字之器物，亦是研究要件；地下情形之知识，乃为近代考古学所最要求者。若仅为求得文字而从事发掘，所得者一，所损者千矣. .此次初步试探，指示吾人向何处工作，及地下所含无限知识，实不在文字也。［1］
中央研究院接到报告后，即表示同意派考古组去安阳发掘。傅斯年乃抓紧时间筹措资金，购置发掘器具，聘请工作人员。董作宾于古文字方面造诣颇深，但田野考古非其所长，时逢在美国攻读考古学多年且获得人类学博士学位的李济留学归来，董作宾自谦难以担当领导大规模地下发掘之重任，而属意于李济。傅斯年聘李济为考古组主任，负责领导组织发掘，董作宾亦偕同前往，襄成其事。
1929年3月，李济、董作宾领导的殷墟大规模考古发掘全面展开。在近两个月的时间里，他们在殷墟附近的洹上村一带开挖3处，掘得甲骨680片，古器物、兽骨、陶片出土甚多。同时绘制了详细的发掘图，记下了地下文物的出土位置及地层分布情况。
当时河南局势动荡，土匪活动猖獗，李济等将发掘所得一部分藏于当地两所中学里，一部分送到北平史语所内进行研究整理。那时候，一般人根本不知道科学考古的重要意义，把史语所的考古发掘和投机商人、盗墓者的“挖宝”行为同等看待。一般学人对科学考古工作的程序也不甚了了，以为李济他们将挖掘的东西带回北平是想攫为己有。河南省图书馆和当时被人称为“新城隍庙”的河南省民族博物院的某些人，打着保护地方文物的旗号，散发传单，攻击傅斯年“既无学识，又无计划”，鼓动地方政府，阻挠史语所的考古发掘。是年秋，李济、董作宾领导的发掘活动受阻。10月下旬，二人由安阳返回北平，向傅斯年报告了上述情况。
傅斯年了解详情后，急速赶往南京，向中央研究院及有关当局作了汇报解释，而后直奔河南，于11月24日抵达开封。他利用官方交涉、私人晤谈、公开演讲等方式，宣传科学考古知识，说明史语所的考古发掘，旨在促进中国考古学、历史学的发展，而发掘出的古器物运回北平，是为研究之需要，因为所掘古物等必经研究后方可陈列，一俟研究完毕，即于首都和本地展览，以供参观和学术研究之用。同时他诚恳表示，历史语言研究所愿借此发掘之机，为河南省培植考古人才，帮助河南高等学校建立研究机构。
［1］ 欧阳哲生主编：《傅斯年全集》第六卷，湖南教育出版社2003年版，第10页。
