除学业外，王懋修先生在思想道德方面也予蔡元培不小的影响。王老夫子不只是八股名家，而且也深谙宋明理学，常向学生讲述山阴明儒刘宗周的故事。刘宗周系明清之际著名思想家黄宗羲的老师，为人刚毅正直，因不满当朝权奸魏忠贤而遭排挤。回到绍兴后，在蕺山脚下创建蕺山书院讲学，影响很大，人称“蕺山先生”。后来，清兵攻陷浙江，刘宗周坚决不做清朝的官，绝食二十三天而死。王先生十分景仰刘宗周，便把自己的书房取名为“仰蕺山房”。此外，王老夫子还向学生讲述清初反清志士吕留良、曾静的故事。吕留良（1629-1683 )，字用晦，号晚村，浙江崇德（今桐乡）人，也是明末清初一位著名学者。明朝灭亡后，他散发家财结客，图谋复明。事败后，他誓死不仕清朝，家居授徒，后削发为僧，始终保持民族气节。曾静（1679—1736) ，湖南永兴人，号蒲潭先生，读吕留良遗著，受其思想影响，秘密组织反清，事泄被清政府逮捕杀害。而早已去世半个世纪的吕留良也因此受到株连，被“剖棺戳尸，焚毁著作”，子孙或被杀，或被发配边疆，成为清代一件大案。这些明末清初志士的反清故事，使蔡元培在少年时代受到民族主义和民主主义思想的教育。蔡元培自谓“二十岁以前，最崇拜宋儒”，便与王懋修的影响分不开。总之，王懋修是蔡元培私塾学习期间对他影响最大的一位先生。1896年，蔡元培在《展先师王子庄生墓记》中就写道：“培从事四年，所以策励之者尤挚。” 晚年，他在《自写年谱》中又说：“我自十四年（岁）至十七年（岁），受教四年，虽注重练习制艺，而所得常识亦复不少。”
私塾的学习生活虽然枯燥，但蔡元培却是一位勤奋好学的恂恂学子。关于他少年时代读书的专心和用功，曾流传着这样一些故事。有一天傍晚，他在自家楼上读书，宅中忽然失火，举家惊惶失措，疾呼他赶快下楼，蔡元培却因读书入神，全然不察。他读书时，还有一个习惯，喜欢边看书边嚼豆，常说炒豆味香，愈嚼读书味愈浓；但案旁之豆一旦吃完，他也不再向家人索取。读书时每遇疑难之处，他便大量翻阅有关参考书，案头上常因此堆满书籍，无暇整理收拾，经常由他的六叔将书放回原处。 蔡元培少年时代读书之勤奋，从他晚年在《自写年谱》里提到的挑灯夜读的情景中，亦可见一斑。
经多年苦读，1883年蔡元培终于在是年由提学使（旧称提学道）主持的道考中考中秀才。考官对他考卷的评语分别是：“笔轻而灵，意曲而达”, “论尤警当，与众不同，诗亦有动目句”, “简洁名贵，滴滴归原”。 评价甚高。考中秀才后，蔡元培就不再到王懋修先生处就读，结束了他少年时代的私塾学习。
从1872年虚龄6岁那年聘请塾师教读，到1883年17岁那年考取秀才，蔡元培接受私塾教育前后整整十年。在这十年里，蔡元培所学的主要是些应付科举考试的内容：识古字，读儒家经典，学做八股文。但这十年毕竟是蔡元培接受教育的开始，为他进一步求学打下了扎实的基础。并且，十年旧式私塾教育，使他对中国传统教育的利弊有了深切的体会，这对他后来从事教育改革不无裨益。
