像高师直这样对公家势力彻底的不妥协态度，对足利尊氏却是个妨碍，足利尊氏之弟足利直义要剿服高师直，相反高师直却又想消灭足利直义。足利直义一时处境不利，但与南朝联合不久，形势就倒转过来。结果，还是足利直义把高师直一族消灭了（公元1351年）。这一斗争又与足利尊氏和足利直义兄弟势力之争纠缠在一起，足利尊氏出于排斥足利直义的目的，曾支持了高师直，高师直死后，足利尊氏与足利直义就正面冲突了。由于足利直义灭亡高师直以后再度与北朝相勾结，而足利尊氏为了对抗也暂时与南朝联合并废黜北朝的崇光天皇。翌年（公元1352年）2月在镰仓把足利直义杀掉。
足利家族内讧发展到如此激化的程度，南朝方面认定这是个好机会，便以宗良亲王（公元？—1385年）为征夷大将军，依靠新田与楠木家族及其他足利派武士进攻了足利尊氏。足利尊氏又与北朝联合，立后光严天皇以填补前年废黜崇光天皇后空着的皇位。经过两年半拉锯战的结果，公元1355年（北朝文和四年，南朝正平十年）3月，足利尊氏最后胜利。自此以后的南朝，只不过是个单纯的吉野山中的公家集团而已。
在乡武士、守护大名与幕府
战乱期间，在乡领主、“国人”与“地侍”对庄园的侵占更为严重。他们组织的“恶党”则以畿内为中心，遍及全国，大的竟列成数百人的队伍，横行于各个村庄。他们截留庄园的贡赋，夜里捕人、强抢、偷窃、当山贼海盗等为所欲为，不管是对北朝还是对南朝，究竟是当成友，还是当成敌，都是酌情而定的。
为了战争的胜利，不能不把这一在乡小领主、“国人”和“地侍”阶层当成友，因此，虽说足利尊氏是缓进派，但对他们侵占庄园一举，却也不能不在某种程度上予以认可。公元1352年，消灭其弟足利直义后，足利尊氏以征收军粮的名义将征收近江、美浓、尾张、伊势、志摩、伊贺、河内、和泉八国庄园该年贡赋一半（名为“半济”）的权限交给了守护。这对庄园领主虽是个很大打击，但却是出于在乡小领主和武士的强烈要求。“守护”自己取用“半济”贡赋的一部分，大部分都分给了在乡小领主。不久，这一措施就正常化，并逐步施行于各国庄园。
由于“守护”得到划定与分配“半济”地的权限，从而就加强了对领地国武士的统辖力，并且也开始具有脱离幕府独立的倾向。他们还承包庄园的贡赋（“守护请”），或者征收名为“守护段钱”即按庄园的土地面积（段）征收的货币特别税。镰仓幕府的“守护”是幕府的地方官，但14世纪后半期以后的“守护”却在管辖国内扎根，并与在乡的小领主与武士结成主从关系，使他起到统治他所管辖下地区的基层官员那样的作用，一方面镇压农民的斗争，另一方面则又利用农民斗争，边蚕食庄园领主，边开始发展成为封建大领主。这叫做“守护大名”。
室町幕府就是通过守护大名制，一方面压制公家、寺院与神社的势力，另一方面则统辖在乡的武士和农民。然而，守护大名的强化本身就有着变成独立的地方封建势力并超越幕府统辖的必然趋势。所以，幕府为了抵制其发展，公元1357年发布禁止武士和守护侵占庄园和保护公家、寺院、神社财产等与封建领主化方向相矛盾的法令。此后，还曾反复过此类问题。这当然要招致“守护”与在乡武士的反对。总之，“守护大名”越强大，作为中央权利的幕府就越被削弱。而且，如果要抵制其发展，结果就变成了存心保护旧公家势力，而遭到守护们的反对。不管怎么说，室町幕府却因此而一直不稳定。
