乱后的处置是严厉的。幕府将后鸟羽上皇流放到隐岐岛，在举兵上态度消极的顺德与二御门二上皇也分别被流放到佐渡与土佐（后来的阿波）。虚岁年仅4岁还不谙世事的仲恭天皇，就因为是顺德上皇之子而被废（皇位），并于九条殿被幽禁终生。另外，幕府还设置“六波罗探题”官监视皇室，由北条泰时亲自当第一任的探题，同时还任三河以西地区的总督。
此后，历代都由北条氏一族任此官职。从此，皇位的继承也要取得幕府的同意，甚至制定年号也须经幕府批准。幕府还没收了全国各地三千多处“院”方及其朋党的贵族、武士和僧侣的领地，并委“御家人”为各该领地的地头。这称为“新补地头”以区别于源赖朝以来的地头（称“本补地头”）。还按庄园土地每11町步分予1町步的比例拨给新补地头田地，并令免贡赋及其他负担。这种“免田”随后就成了地头蚕食庄园的立足点。
镰仓幕府的专制与贞永式目
趁承久之乱的良机，幕府的统治伸向了一直未能染指的皇室与贵族的庄园。幕府压制朝廷，名副其实地实行了武士阶级的专政。承久之乱后的公元1224年，北条义时殁，北条泰时任“执权”。在其执政的18年间，设置了次于“执权”的“连署”（官）。建立了由北条氏一门及三善与大江等掌管实务的官僚组成的11人的“评定众”，与“执权”和“连署”一起商讨并决定重要政务。如此，镰仓幕府就成为以“执权”为首的，以北条氏一门为核心的一种封建领主的专制的权利。将军虽如往常仍在京都任职，但较之过去更成为一种单纯的牌位了。
在这里确立的武士阶级国家，不久就有了自己的宪法。这就是1232年（贞永元年）的《御成败式目》即(《贞永式目》)五十一条。它是按照武家的“道理”，将“武家的习俗与民间的法理”加以成文化与体系化。其第一条就规定修葺神社，郑重祭祀，并认为：“神因人之敬而增威，人因神之德而添运。”也就是说，神与人（武士）有着相互的利益关系，这是以前所没有过的思想。大概这还是始终重视以一族的氏神为核心进行联合的“武家的习俗”吧。第二条是修理塔寺，崇敬佛门，禁止贪占寺院财物，认为“寺院与神社虽异，崇敬斯同”。第三条以下是以“守护”与“地头”等有关御家人的身份、任务、权限、领地的继承与转让以及处理其他问题为中心的行政、民事、刑事与诉讼的规定。
《式目》中还有严厉告诫近年“守护”与“地头”侵犯并对抗“国司”、“本所”与“领家”的权限，而且还扣押贡赋等情的项目。这反映了承久之乱后“守护”与“地头”蚕食公领地和庄园等情日趋增多的事实以及幕府要维护公家利益的方针。因承久之乱，幕府虽然那么不留情地惩办了天皇们，但仍不能否定公家本身的存在。这是为什么？其理由：第一，是幕府本身在经济上仍与公家一样是依靠庄园制，所以，御家人侵犯了“本所”与“领家”的利益，对幕府也是不利的。第二，是为了联合有着各自的领地并以割据分散为本性的领主阶级。正如在《式目》第一条标榜崇敬神社那样，有必要加强联合者权利的精神权威，作为这种精神权威，就不能不利用皇室的权威。而皇室就是也为武家所信仰的诸神中的大神即天照大神的子孙，而且是世袭了这个国家有史以来的最高君主地位的。第三，是为了巩固北条氏的地位，就必须确立上下的名分与秩序。“守护”与“地头”这种对抗上级身份的“本所”与“领家”的思想，不久也就会成为反抗“执权”的了，这是不能容许的。这一切也就是承久之乱后北条氏之所以自己未当将军即使是个装饰品也不得不迎皇族（或摄关家）当将军的原因。
