经过中山舰事件，250多名已经暴露身份的共产党员撤出了第一军和黄埔军校，蒋介石牢牢控制了第一军。他向这些共产党员作了解释，但把自己的责任推脱得一干二净。他说，为什么要各位都退出来呢？因为当时确实有人对各军军长说：共产分子在第一军内虽然不多，但是这些分子一个可以当十个用，并且是有团结的，可以随时制服其他一切。有人在演讲中说：“中国革命没有成功，就要杀共产党吗？”这些话引起一般军官的恐惧与自卫，所以，对党代表感到不安和怀疑，这些军官要求共产分子全部退出来。
毫无疑问，中山舰事件成了国共关系的转折点，以蒋介石为首的新右派开始崛起，并且以比老右派更为激烈的方式向共产党和国民党左派发起进攻。此后，共产党和国民党左派联合控制国民革命领导权的局面不复存在，革命队伍内部的分化已经无法弥补，这为莫斯科处理国共关系增加了难度。
3．蒋介石扬言：如果不批准我辞职，就应该让季山嘉回国
中山舰事件发生后，蒋介石却装出一副委屈的样子。在3月20日当天，根据布勃诺夫的指示，拉兹贡前往蒋介石住处询问情况。蒋介石“百方道歉”。拉兹贡发现蒋介石“非常沮丧”，要求“国民党中央执行委员会给他处分，他的心情很沉重，因为这里发生的挑衅事件他本人负有一定的责任。他要下令进行严格调查”。拉兹贡对蒋介石“稍加责言”。随后，布勃诺夫也拜访了蒋介石，双方就事变发生后的若干问题进行了磋商。蒋介石许诺，他将于次日同布勃诺夫“商议一切”。但是，蒋介石没有按时赴约。据其他将领反映，蒋介石“仍旧要求驱逐俄人及共产党人”。
中山舰事件的发生使季山嘉感到震惊，他给蒋介石写了一封信，但信很快被退回来了，据说蒋介石不在家。对于蒋介石的这一举动，苏联驻广州领事馆代办索洛维也夫判断，“蒋介石仔细考虑了自己的立场，决定以某种方式断绝同我们的联系。”
3月22日，索洛维也夫同蒋介石会谈。在场的还有汪精卫。索洛维也夫就中山舰事件询问蒋介石：“这是对人问题，还是对俄问题？”
蒋介石回答说：对人不对俄，并希望鲍罗廷迅速返回广州，季山嘉回国。
索洛维也夫当即表示，如果是这样，我们“即可安心”，可以命令季山嘉回俄。
当天，国民党中央政治委员会召开会议，到会的有汪精卫、蒋介石、谭延闿、朱培德、李济深、宋子文、伍朝枢、陈公博、甘乃光、林伯渠，以及秘书长陈树人。会议根据蒋介石的要求，通过了限制共产党活动的办法以及季山嘉、罗加乔夫、拉兹贡等“工作上不同意见之苏俄同志暂行离去”等议案。
