如果案件事实表明违法性质不太明显，则法院应用合理原则，对具体行为对竞争的影响进行分析，判断该行为是否不合理地限制了贸易。
第二节
两个基本原则的应用和它们之间的关系
一、法院对于本身违法原则的应用
一般而言，在横向协议中，固定价格、限制产量、划分市场等协议适用本身违法原则；在纵向协议中，固定最低转售价格的协议也适用本身违法原则。之所以如此，是因为这些行为被认为本质上是反竞争的，几乎没有也不可能有任何经济上的好处。
在所有适用本身违法原则的协议中，固定价格协议是最常见的。多数固定价格案件涉及设定最低价格的协议，也就是说，签订协议的各方不允许在所设定的价格以下销售商品。这种固定最低价格的协议使消费者对于同样的产品不得不支付较高的价格。偶尔也有设定最高价格的协议。设定最高价格一般情况下对于消费者是有利的，因为消费者可以享受到低价格的好处。但在某些情况下，例如，如果所设定的最高价格低于成本，就成了掠夺性定价，可以被用来排除竞争对手，以提高协议各方的垄断水平；人为设定的低价格有可能妨碍其他企业进入市场等。因此，设定最高转售价格一般适用合理原则进行分析。
因为本身违法原则排斥考虑案件的具体经济因素和效果，所以法院在适用本身违法原则的时候是相当谨慎的。该原则仅适用于经过长期实践被证明确实严重损害竞争，而且没有或具有很少经济好处的行为。对于没有经过长期司法实践检验的案件，许多法院更加倾向于适用合理原则，而拒绝适用本身违法原则。应当注意，一般而言，美国司法部只有对于适用本身违法原则衡量的行为才有可能提起刑事诉讼。
二、法院对于合理原则的应用
对于不是显然具有反竞争效果的行为，法院适用合理原则进行分析。尽管合理原则早已成为反托拉斯法理的一个组成部分，但该原则的具体含义仍然不是很清楚明确的。美国最高法院1918年对芝加哥谷物交易所一案的判决对此作了经典的但也是一般性的表述：“合法性的真正标准是：所强加的限制仅仅是调节、也许因此促进了竞争，还是压制甚或消除了竞争？要确定这一点，法院通常必须考虑下列问题：受到限制的商业领域所特有的一些情况，限制前后的状况，限制的性质、效果、现实性或可能性，限制的历史，认为存在的恶果，采取特别补救的理由，要达到的目的和结果，都是有关的事实。”也就是说，在对限制竞争的状况进行分析时，要考虑到以上诸多因素。法院并没有给出一个具体应用这些原则的指导，也没有指出以上这些因素孰轻孰重。这给较低层次的法院适用这一原则带来很大的不便和不确定性。
在应用合理原则的时候，传统上，需要对案件事实进行全面、深入的分析，并要具体考察限制所带来的反竞争后果和促进竞争的后果。在进行分析的时候，首先要界定相关市场，包括相关产品市场和相关地域市场。因为只有界定了相关市场的范围，才能衡量竞争在多大程度上受到影响。界定相关市场之后，法院将考察被告是否有“市场势力”（market power），即把价格提高到高于竞争水平之上的能力。一般而言，是否具有市场势力是衡量协议是否具有限制竞争效果的先决条件。如果企业根本没有市场势力，则其协议对市场竞争不可能产生影响。如果被告具备市场势力，接下来就要考察限制的性质，看其是否通过创立、增加或保护这种势力或提供了行使此种势力的便利条件而损害竞争。限制的目的也与合理性分析相关，如法院在芝加哥谷物交易所案中指出的那样：“对意图的了解可以帮助法院解释事实以及预测后果。”
