朱执信在《神圣不可侵与偶像打破》一文中，以进化论为理论武器，主张一切皆变，无物衡准，任何“神圣不可侵犯”与“偶像崇拜”的观念都是缺乏哲学世界观的基础的。“以人类为进化的生物，一切事实，皆应于人生进化之道程以为评价。故昨日所是者，今日不免以为非，无所谓永远。于彼是者，于此为非，无所谓绝对。”[42]朱执信超越于时人的地方在于，他在反对宗教神圣和偶像崇拜时，并没有简单地陷入“以暴易暴”的方式，认为“以暴易暴”的方式只是以较良的偶像以打破较不良的偶像，其结果只是将罪过转嫁后人的一种做法，是绝对不能赞成的。在“唯科学主义”弥漫，几乎以科学取代旧信仰而成为新偶像、新权威的当时，朱执信以极理智的态度，主张以真正科学之研究，破除科学上的偶像，其见解确然高人一筹。
在评断比较社会上各种规约制度后，朱执信坚信“社会上事物，神圣不可侵之性质愈重者，其可信性愈薄，而吾人对之反对当尤烈。”基于这一看法，他认为宗教信条是所有规制中，唯一有设立与废弃而无改良余地的规制，因此对宗教信条表示了最大的反对。他在1919年底发表了《耶稣是什么东西？》一文，运用进化论的科学主义、反宗教的社会主义、无政府主义与尼采哲学等理论，作为自己反教言论的利器，剥去耶稣身上神秘的外衣，指出历史上的耶稣，不过是一个私生子，属性人格都算平凡；圣经里的清净受胎是第一个令人不相信的事；耶稣的十字架实际上是生殖器崇拜的结果；基督教会不过是自利与复仇的组织而已。因此，他在文章的最后，很抱歉的下了一个结论说：“耶稣是口是心非，偏狭、利己、善怒、好复仇的一个偶像。”[43]朱执信是1922年3月“反基督教大同盟”成立以前，反教言论最为激烈的一位！他的这篇文章，在20年代的反基督教运动中极受重视，曾一再被引录、重印。值得注意的是，这是一篇纯出于学理上的反教言论，在撰作的本意上，与日后的反教运动，性质上截然不同，它富于思想解放的意义，而没有狭隘民族主义的情绪化渲泄。
（四）建设与破坏并重的革新观
新文化运动是一个相当复杂的社会运动，对中国现代社会、政治、文化、思想学术产生了积极的影响，但这一运动本身也有值得商榷的地方。朱执信以身在庐山之人，却能清楚地看出它的弊病，提出了一些适时的针砭，在同时代人中，具有这种敏锐观察力的，可说少之又少。
新文化运动的特色，用胡适的话说就是“重新估定一切价值”，具体地说即“研究问题，输入学理，整理国故，再造文明”。[44]在当时凡好一切皆好，凡坏一切皆坏，新的就是好的时尚下，新学说、新思想纷纷引进，你讲你的社会主义，我讲我的个人主义，他讲他的实用主义，马克思、列宁、杜威、罗素、易卜生、柏格森、尼采等西方思想家的名字，在中文报刊杂志上纷纷亮相，思想界一时呈现出五光十色、震耀耳目的情形，这虽说是过渡时期的自然现象，但毕竟不是健康的现象，如果因繁多而流于浅薄、浮滥、毫无选择、生吞活剥，则终将贻害现世，贻祸后人。朱执信对民国八、九年间的出版物里头，“个个人都几乎有不做思想家不算数的样子，但却是很少能够用科学的精神来研究”[45]的情形表示担心。因为如此最后总不免流入魏晋的清谈一样不知所终，不知所止，亦无益于人生社会。何况当时思想混乱至极，在“凡是旧的都没有用”的标准下，结果是：“旧日学说，也有有价值的，却因为没有权威了，人家不大安心去信他（没有权威不算学说的不幸，不过中国人信学说只要他有权威，或是思想自由的一种障碍）。新的学说，没有完全输进，而且人家用过的废料，试过不行的毒药，也夹在新鲜食料里头输进来了。”这就正像以新偶像代替旧偶像一样的谬误，朱执信警告说：“如果是这种乱吃一起，一定是中毒无疑的！”[46]
