同仁堂并非通过ＴＧＡ的认证后，就满足于现状了。他们对质量的要求越来越高，执行的标准也与时俱进，越来越严格。从２００２年开始，同仁堂集团下属各公司相继引入ＩＳＯ９０００系列质量管理体系，同仁堂科技发展股份有限公司的质量管理体系还通过了ＩＳＯ９００１国际标准认证，同仁堂股份有限公司的质量管理体系通过了ＩＳＯ９００１、ＩＳＯ１４０００和ＯＨＳＡＳ１８０００国际标准认证，并且在２００５年获得了国家级优秀质量管理奖。
现在，同仁堂的工艺更加精湛，质量管理更加严格，不仅执行国家标准，还要执行比国家标准更严格的企业内部标准和“北京市名牌药品标准”；不仅要执行中国的标准，出口的产品还要严格执行相关国家或地区的药品标准，如日本的标准、韩国的标准等。
为了严把质量第一道关，２００３年之后，同仁堂的山茱萸、党参、人参、茯苓、川贝、白芍等二十种优质药材的生产基地还通过了ＧＡＰ标准。ＧＡＰ是国家食品药品监督管理局颁发的《中药材生产质量管理规范》，它对中药材生产的种植、栽培、采收与产地加工直到包装、运输和储藏等方方面面，都有严格要求。为了建立好ＧＡＰ基地，同仁堂的技术人员到药材主产地进行实地采集，并对产地的生态环境、栽培历史以及生长发育规律等进行了详细的调查和研究，然后，以药材的产量和药典规定的质量标准为指标，对各个产区的药材进行比较，以此来确定重点药材的产业化基地。这些基地成规模，投入大。截至２００５年，同仁堂累计总投资５０００多万元，在吉林、河北、山西、湖北、浙江、安徽、河南、内蒙古和湖南等全国中药材主产地按国家ＧＡＰ标准建立了十多个绿色中药材种植基地。
现在，同仁堂生产六味地黄丸所用的原料药，已经全部实现基地供应，感冒清热颗粒等所需要的主要原料药材也来源于种植基地。同仁堂集团有个规划，准备通过几年努力，主要产品的药材都达到基地化供应，并且促成中药材和饮片的对外销售。
同仁堂不仅用先进的设备、严格的制度、科学的管理保证质量，更把质量意识融合到企业文化中，在职工中营造出“质量就是生命”的氛围。同仁堂的老药工，为整理传统配本作出了突出贡献的李荣福师傅就回忆说，1953年，年轻的他刚进同仁堂不久，有一次在照看熬药的电炉时，只是离开了一会儿，竟遭到全组六位老师傅一致的严厉批评。要知道，他们平时和李荣福的关系都挺不错，他们也不负有生产监督之责，他们这样做只是出于对产品质量的关心，出于对同仁堂这个老字号的负责。这件事说明，严把质量关，已经在同仁堂深入人心，成了大家的一致行动。这件事给李荣福的印象太深了，从此，他工作更是一丝不苟，对规章制度和产品质量特别重视。现在，他看到有的企业为了赚钱，不按规定炮制，他又生气又痛心，同时也为同仁堂依法炮制、重视质量的严谨而自豪。
在同仁堂，人们都知道这样一件事。有一天，辅料员小赵领回一批护骨酒的贴纸，这是同仁堂护骨酒的“脸面”，除了印有彩色图案外，更印有同仁堂的商标和堂名。他把七张卷边的和有污渍的挑了出来，放在一边，不料，转脸的工夫就不见了。他马上向车间主任老陈作了汇报。陈主任到处查问，谁都说没有看到。看来，这七张招贴纸已经被用在了酒瓶上，放到成品箱里了。当时他们已经装好了三十箱护骨酒，为了找出这七张招贴纸，工人们在陈主任的带领下，花费了很大力气，把那三十箱酒一箱一箱地打开，一瓶一瓶地找。最后，终于把贴了七张有污渍的招贴纸的护骨酒找了出来。
