可是没多久，清产核资又不得不停下来了，因为查到同仁堂摆在店内的大铜佛、古玩和沉香木时，发现它们很难定价。请来这位专家过目后是一个价，经过那位大师的法眼后又是一个价，而且两者差距很大。这么几个不会动弹的家伙，竟让清产核资小组难得直嘬牙花子。有一天，大家正在为怎么评估它们的身价犯难时，有人忽然一拍大腿说：“咱们真是的！干嘛非让它们挡住道儿？它们又不是生产资料，没有它们就造不出药来；它们又不是生活资料，夏能避暑，冬能驱寒。不如先把它们放放，别让它们挡了咱们的道儿呀！”
这个意见得到清产核资小组全体人员的支持，也得到了上级领导的批准，当然也经过了乐松生的同意，于是清产核资又得以继续进行下去。
在合营和清产核资过程中，也发现了同仁堂存在的一些问题，主要是经营管理方法陈旧落后，墨守成规；生产计划性不强，制度不健全；资金流转不畅。甚至在仓库里查出五十多种积压多年的药品。
在清理资产时，也有一些轻松的小插曲。一天，乐益卿在清理资产时，看到在一个多年没人理会的库房里有一个柜子，上面有一个纸包，就让李荣福搬了下来。这个纸包盖满了尘土，还连着一些蛛丝，包在最外层的纸已经朽了，一碰就碎。大家小心翼翼地打开一看，原来是一大包雍正年间生产的“再造丸”。乐益卿和李荣福屈指一算，已经有二百多年时间了，这药还能用吗？看看那药丸，仍是黑中透红，没有任何腐败发霉的迹像；细细闻闻，隐隐一股药香飘来，犹如刚刚制出的一般。不过，乐益卿还是不放心，就让李荣福去请鉴别药材水平更高的大查柜宋相如。宋相如来了之后，不仅看、闻，还捏开了搓碎了细细地辨别。最后，他又放在嘴里，眯着眼细细地品。过了一会儿，他突然眼睛一睁，一拍大腿，满面惊喜地喊了声：“嘿，二百多年的药都没有变质！”
这件事从此就成了美谈，证明同仁堂的药质量确实好，也证明了同仁堂确实是“炮制虽繁必不敢省人工，品味虽贵必不敢减物力”。
在清理资产中，工作组并不是查出问题就拉倒，他们立即着手建立各种规章制度，其中有：职工培训教育制度、职工劳动保护条例、会计成本核算制度、生产统计制度、质量检查制度。还特别建立了一个“公私共事制度”，这个制度规定了公方和资方如何共事，保证资方有职有权。
过去，同仁堂只有三个经理和二十几名会计，职责不清，制度混乱。为了改进和加强管理，在工作组的协调下，新组建了几个职能健全、分工明确的科室和制药、包装两个车间。领导层也做了调整，原资方经理、副经理不变，新增副经理江涌波。
为了管好同仁堂，也为了发挥公方和私方的积极性，同仁堂还成立了董事会。乐家四大房每房出二人参加董事会，另由公股三人组成了十一人的董事会。有人说：“过去‘四房共管’，不是管乱，就是管瘫。现在加上公方，来个五房共管，咱们得让同仁堂来个‘五福临门’——国家满意、职工高兴、资方赚钱、人民得益、同行夸赞。”
公私合营，触动的不仅是资本家的利益，也涉及职工的切身利益和企业内部的各种关系。大部分职工欢迎公私合营，正病休的要上班，想探亲的不走了，加班加点不讲价钱了，大家都争先恐后地工作。他们说：“过去咱们是为资本家工作，现在是为自己的国家富强作贡献，再苦再累也有意义，干嘛不好好干呢？”
