历史进入元代。为了清除南宋王朝在江南的巨大影响，在宰相桑哥的支持下，时任江南释教都总统的党项僧侣杨琏真伽在演福寺僧人允泽的协助下，遍掘南宋诸陵，绍兴五云门外的南宋六陵无一幸免，珠宝被劫掠一空，上至皇帝、下至嫔妃的遗骨暴之荒野。据说杨琏真伽还将理宗遗体挂于枝上，倒出腹内防腐水银，撬走口内含的夜明珠，然后砍下理宗头颅，截去颅顶以为饮器。又将六陵遗骨杂以牛马之骨埋于宋故宫之下，并建塔以压之。南宋的这几位皇帝虽算不上圣君明主，有几位也属昏庸之列，但在传统社会中，他们便是国家社稷的象征。在儒家文化影响下的汉人看来，杨琏真伽非辱其身，实辱其国、辱其民，读史至此实在使人长嗟浩叹不已。
杨琏真伽的确丝毫没有顾忌江南汉族人的感受。他要将高宗手书的九经石碑用作塔基，甚至连林和靖的墓也掘了，好在墓穴之中"惟端砚一枚,玉簪一枝"。林和靖有此遭遇，杭州的梅花自然不可能重现南宋时期的繁华了。不过，元代也有士子，杭州也仍有喜吟风弄月之人，杭州的梅花并未销声匿迹。这些梅花袭承南宋的流风遗韵，只是规模气派多有不及。
一、《梅花百咏》
谈论元代杭州的梅花，无论如何绕不过冯子振与释明本唱和的《梅花百咏》，这些诗很能反映当时人的赏梅情形，当然其中也涉及杭州的梅。
冯子振字海粟，自号怪怪道人，又号瀛洲客，攸州（湖南攸县）人；明本禅师号中峰，本姓孙，钱塘人氏，出家吴山圣水寺。据《四库全书总目提要》，子振以博学闻名于时，而明本得法于高峰原妙禅师，屡辞名山主持，屏迹自放。据说，一次冯子振至杭州，观看赵孟頫所画梅花，兴启灵明，一夜间写成百首咏梅诗，让赵孟頫十分惊讶。赵孟頫想起好友明本禅师，便引来相见。开始，冯子振对这位僧人有些不屑，见面时出示自己所作《梅花百咏》，颇有炫耀之意，不想明本看后，不一日走笔和成，遂又有了一百首和诗。告别时，明本又拿出了自己所作《九字梅花歌》，子振看后，遂与明本定交。《四库全书总目提要》云："（子振）才思奔放，往往能出奇制胜，而明本所和，亦颇雕镂尽致，足称合璧连珪。"后来整理二人唱和的夏洪基也赞叹："二公真梅花知己也。今其诗裁冰镂雪，摹绘入神，而逸韵藻思，实堪伯仲。于肃愍（谦）诗所称'海粟俊才应绝世，中峰道韵不婴尘'者，岂虚语哉！和靖句不独专美于前矣。"可谓褒奖之至。
相比较而言，冯子振的诗应优于明本所作。这二百首诗涉及梅花的方方面面，可以反映出当时杭州士人赏梅的风尚。诗题中也涉及各种官梅，比如《东阁梅》、《汉宫梅》、《宫梅》、《官梅》、《廨舍梅》等等，但这些作品多是怀古之作，并非写实，所以元代杭州的官梅应该已不再兴旺。这些诗中的梅花有明确地点的有《孤山梅》、《西湖梅》，而冯子振的《老梅》、《古梅》也是明确写孤山梅的：
《孤山梅》：
逋翁老去句空传，寂寞林丘起暮烟。
惟有亭前数株玉，自将开落度流年。
明本和：
种玉西湖独占春，逋仙佳句播清芬。
月明花落吟魂冷，童子何之鹤守坟。
《西湖梅》：
苏老堤边玉一林，六桥风月是知音。
任他桃李争春色，不为繁华易素心。
明本和：
花发苏堤柳未烟，主张风月小壶天。
清波照影红尘外，冷看游人上画船。
《古梅》：
天植孤山几百年，名花分占逋翁先。
只今起草新栽树，后世相看亦复然。
《老梅》：
古树槎牙锁绿苔，半生半死尚花开。
不须更问春深浅，人道咸平手种来。
冯子振看到的孤山梅还有一些老梅，满身绿苔，半生半死，已不知年岁，传说为林和靖手植。南宋时期孤山、西泠一带的十亩梅园似已不知去向，孤山的梅花自开自落，已经逐渐沉寂下来。很少出现在已往诗作中的苏堤白梅却以"西湖梅"的名目出现，也只是一丛而已，这种现象似乎意味着野梅正在成为杭州梅花的主流。
这些野梅有早梅、鸳鸯梅、千叶梅、蜡梅、江梅、苔梅、照水梅等，大多是《范村梅谱》中的品种；从形态上看，又有疏梅、瘦梅、矮梅、蟠梅等。这些野梅散落于何处？有的在山间野地，有的在水边溪畔，有的则被植于庭前、檐下、茅舍旁、书窗前，也有的在僧舍、道院，各具情趣；人们赏梅则多选择风前月下、雪中竹畔等等。
元人与宋人一样，也以老干蟠曲、疏瘦横斜为美。老梅饱经风霜历练，一般都姿态奇古，新梅虽妖娆，却无此风味，所以"要看老树放横斜"（《新梅》）；而桃李之所以无梅的神采，原因之一便是无梅之清逸骨相，"解知桃李难相匹，只为生来骨格粗"（《瘦梅》）；梅之疏朗、星星点点，较桃李之烂漫也更有潇洒清雅之风，所以明本说："依稀残雪浸寒波，桃李漫山奈俗何，潇洒最宜三二点，好花清影不须多。"（《疏梅》）此非知梅者不能言。所以，梅只在疏影几枝、欲开未开之时最见精神。冯子振虽然喜欢古梅老干蟠曲，但强调以自然为尚，反对人工扭捏，失去梅的本性，所以他在《蟠梅》中说："屈干回枝制作新，强施工巧媚阳春，逋仙纵有心如铁，奈尔求奇揉矫人。"这种人工扭捏而成的"蟠梅"，就是后来龚自珍所说的"病梅"。不过，明本对蟠梅倒是十分欣赏："铁石芳条谁矫揉，从教曲折抱天姿，龙蛇影碎玲珑月，交错难分南北枝。"可见冯子振更爱好天然之美，而明本则喜欢在天然的基础上施加人工的雕琢。
元人欣赏梅花，不但在形的取向上继承宋人，而且在神的追求上也继承宋人，更强调孤高隐逸、抱霜卧雪。如《孤梅》：
标格清高迥不群，自开自落傍无邻。
天寒岁晏冰霜里，青眼相看有几人？
明本和：
独抱冰霜岁月深，旧交松竹隔山林。
英姿孑立谁堪托？惟有程婴识此心。
《山中梅》：
岩谷深居养素贞，岁寒松竹淡相邻。
孤根历尽冰霜苦，不识人间别有春。
《野梅》：
花落花开春不管，清风明月自绸缪。
天然一种孤高性，直是花中隐逸流。
明本和：
烟泊水昏江路迷，香寒树冷雪垂垂。
玉堂梦寐无心到，绝似遗贤遁迹时。
《寒梅》：
山中万木冻欲折，林下幽芳独自香。
怪底孤根禁受得？就中原有铁心肠。
《溪梅》：
古树横斜涧水边，野桥村市独暄妍。
玉堂路杳无心到，堪与渔翁系钓船。
