光绪二十一年（1895年）秋，在京城做过10余年御史，因冒犯慈禧太后贬官外放的林启，从浙江衢州调任杭州知府，官邸设在城东皮市巷内。离他住地不远的地方，有两座寺院，一是报国寺，在场官弄；二是普慈寺，在蒲场巷。其时报国寺已不复香火，据说成了清政府储藏武器弹药的库房；普慈寺则在数年前刚刚完成翻修重建，殿宇规模宏大，为杭州东城梵刹之冠。
作为杭州官府首要，林启与其辖地内的寺庙，本不会有什么直接关系，何况他又是一位崇尚维新思想的饱学之士，通晓英文日语，研习经济科学，以兴学强国为追求，故而报国寺与普慈寺的一衰一盛，起初并未受其关注。但是在半年后的某个早晨，从皮市巷起乘的知府官轿，却抬着他出直大方伯，过菜市桥，经上刀茅巷后，停在了普慈寺的门外。
知府大人当然不是来庙里进香的。从轿子里出来的林启，任务是查办事关该寺的一起案子，也就是后来人们通常所说的“普慈寺不法僧人案”。这起案子的来龙去脉，如今已难以寻觅翔实记载了，有说涉嫌风化的，也有说欺行霸市的，究竟是怎么个缘由，未见定论，终究仍是一桩谜案。但细想起来，和尚的偷鸡摸狗抑或仗势扰民，虽也不是没有可能，却到底还不至于惊动府台大人，烦劳林启亲自来查办，若非另有说道，恐怕也一定会是弦外之音。
普慈寺始建于南宋，元至正年间修整过一次，明时毁，清光绪十五年至十七年复又重建。杭州历代寺庙众多，建建毁毁如过眼烟云。相比灵隐寺、净慈寺这样一些驰名丛林，普慈寺应是排不上号的，年久破败修修补补或许可以，完全倾塌了想要重建，绝非易事。但这座颓圮已久的寺庙，却竟能耗时3年，奇迹般平地再起，而且规模超前，不能不令人诧异。从这一点上说，普慈寺的浑水，很可能与经济有关：造庙的钱是怎么来的，首先就是个谜；钱又是怎么花的，恐怕也是笔糊涂账。都说普慈寺的僧人法道了得，林启倒是要探个究竟了，他最是容不得贪赃枉法的，任粮仓御史时就曾逆权势而整肃纲纪，且连西太后的作为也敢于说三道四，哪里会在乎几个不法僧人。
林启是怎么查办普慈寺案的，又到底查出了什么，还需另做考据，但寺僧所为确已辱没佛门清静，应是毋庸置疑。所以查处的结果，是将恶僧逐出山门，寺产收归国有。按说僧人不法，庙堂无辜，换个住持也不是不可以延续，只是在当时的杭州，并不缺少寺庙，尤其在林启看来，与其重续普慈寺香火，不如拿它来办一所学堂。他一向主张兴学强国，读书的理应多于拜佛的才是。
于是就有了相应的另外一种说法，以为这是林启事先就盘算好的。早在出知杭州之始，他已经有了要在任内办几所学堂的想法，亲自查办普慈寺案的目的，正是相中了这处几乎可谓现成的校址。从事后的结果看，这个说法倒也不无道理，因为就在第二年，也就是光绪二十三年（1897）年初，普慈寺的殿宇禅房就几乎原封不动地改弦易辙，成了中国近代教育史上非同寻常的“求是书院”。这也是林启在杭开办的第一所学堂。
说求是书院不同寻常，有两层意思，一是它的创立极富挑战性，二是从一起步就显示了藏龙卧虎的质地。虽然林启在书院开设3年后的1900年4月就殁于任上，但在他所招收的最初一批学生中，却有着像陈独秀、何燮侯、蒋百里、邵裴子、黄郛等等，这样一些在中国近现代史上颇具影响力的人物。林启甚至还聘请了美国人L.Mattox（中文名王令赓）担任书院总教习，华人教习者中的宋恕和高啸桐，更是后来一再被人提及的维新派大学问家，前者是浙江平阳人，系“东瓯三杰”之一，后者与林启同为福建籍，做过广西梧州知府，时为林之幕僚。后来以主笔《杭州白话报》颇负盛名的林白水，初时也应林启之邀，参与过求是书院的创办。无论师资抑或生源，求是书院之强，可谓“两浙无两”矣！
杭州人大约都知道孤山放鹤亭边的林社，这是后人为纪念林启修筑的一座两层楼屋。时隔百余年，林启并没有离开这座他曾五度春风的城市，至今仍端坐于此间的梅树下，一顶圆桌，几张方凳，清癯睿智的面容与湖山相映，谁都可以在侧旁的空凳上坐下来，听他讲述早年创办求是书院的前尘往事。据说林启先生不仅谈吐幽默，且言辞犀利。
但不知为什么，我感觉中的林启，却不是里西湖畔抚桌而坐、意兴阑珊的这个样子。许是因为在我住地的附近，出入时常经过的大学路上，总能看到残存至今的普慈寺。虽然仅剩很少的一点建筑了，却毕竟还是加以修缮，被保护起来了，在门楣上挂出了“求是书院”的匾额。每每见之，就不免心生幻想，仿佛林启刚刚从那里出来，令手下在门上贴了封条，神色肃穆且略带思谋地捋了捋胡须，随从掀开轿帘，林入内坐定，回看了一眼普慈寺，随之摆手道：起轿！
现在遗存的求是书院，门是朝西开的。这当然不是先前的寺门了。门前那条东西走向的蒲场巷，也早已消失。但是在林启的轿子离去的当初，以及随后的许多年中，这条巷子里却回响着浙江乃至中国新教育的足音。从那些足音中辨别林启的行踪，大致可以复现以下一些场景：
3月，普慈寺案查办完毕。林启特意挑了个散淡的日子，邀约浙江巡抚廖寿丰泛舟西湖。名为游春，实则是要禀告案子的处理结果。应该是在画舫上，有茶和点心，清风徐来，湖光潋滟，巡抚大人说不定还信口吟了几句诗。见廖寿丰的兴致不错，林启试探性地提了一句该寺房产的处置，廖似觉此等琐细事务，无须过问，便称由杭州府自行打理便可。林启甚喜，他要的就是这句话。
