与此同时，在阿尔及利亚，战争仍在迁延时日。戴高乐有意解决这一问题，但鲜有进展。在1958年夏季里，他五度访问阿尔及尔，然而，一边是“黑脚”和军方，另一边是阿尔及利亚民族主义者，双方针锋相对，他没能拿出明确的办法来。根据1958年宪法，阿尔及利亚仍被包括在法国12个省之内。为恢复法国本土对阿尔及利亚的控制，戴高乐努力约束“黑脚”中的“极端分子”，清除军队里的异见军官。他还宣布了一项大规模经济援助计划，希望借此促使阿尔及利亚产生一支温和的“第三势力”，以便能与之谈判，绕开民阵，寻求一项可行的解决办法。但是，妥协早已经没有了余地。
民阵对戴高乐的计划做出反应，他们加强了游击行动，并在法国境内组织实施恐怖袭击，还在突尼斯建立起流亡政府，任命亲法国的费尔哈特·阿巴斯作为其有名无实的领袖。戴高乐提出所谓“勇敢者的和平”，暗示只要民阵战士们“挥一挥休战的白旗”，就能受到“体面的礼遇”，结果却立即遭到回绝。“停战的问题，”费尔哈特·阿巴斯回应说，“不是一个简单的军事问题，从根本上说，它是一个政治问题。谈判必须包括整个阿尔及利亚问题。”
一直到1959年9月，在他进行首次“巡视”之后15个月，戴高乐才努力试图打破僵局。在一次全国广播讲话中，他提出了阿尔及利亚“自决”方案，列出三种可能的选择：其一，阿尔及利亚人可以选择“脱离”，他借这个词代指“独立”，那么，像几内亚一样，所有法国援助将不复存在；其二，完全融合一体，他称之为“法国化”；其三，与法国结成“联盟”，在这一“联盟”内部实行自治，最终结局将在恢复和平后四年内通过全民公决来决定。戴高乐明确阐述了自己的看法，描述了脱离会造成何等严重的“灾难性”后果。他说，脱离“将会带来令人惊骇的极端贫穷、严重的政治动乱、大规模的屠杀行径，以及随之而来的好战的共产专制。”最为明智的道路，他暗示是，结成“联盟”。
无论戴高乐偏好哪种选择，“自决”的魔鬼此时已经逃出瓶子。在巴黎，他提出的建议受到广泛欢迎：国民议会以高票通过了一项信任案。但在阿尔及利亚却不然，在“黑脚”民众中间以及军方内部引起了激愤。由于授予占多数人口的穆斯林民众决定阿尔及利亚命运的权利，实际上，戴高乐发出了准备接受“法国的阿尔及利亚”寿终正寝的信号。
经过几个星期的阴谋策划， “黑脚”组成的“极端”准军事组织于1960年1月走上阿尔及尔街头，筑起街垒，决心迫使戴高乐撤回自治方案，并期待军队参与。但是，总统的立场十分坚定，要求军方保持服从。就这样，这场被称为“街垒之周”的叛乱渐渐平息了下来。
在整个1960年——战争的第六个年头，戴高乐坚守着自己的信念：“联盟”是可行的方案；自己能够争取到大多数穆斯林民众来挫败民阵的图谋。针对民阵，他重申了“体面”停火的建议，甚至授权开始预备性谈判。可是，在进入实质性谈判前，民阵发现，法国方面要求他们必须放下武器，以此作为谈判前提。而民阵方面则坚持，在实现任何形式的停火之前，不仅要谈政治问题，而且要求必须承认它是阿尔及利亚民意的唯一代表。于是，谈判很快便夭折了。
为恢复谈判势头，戴高乐于1960年11月宣布了一项“新进程”，声称这一“新进程”最终将产生一个与法国结盟的“阿尔及利亚人的阿尔及利亚”。他甚至还谈到建立一个“阿尔及利亚共和国”，可以拥有“自己的政府、自己的权力机构和自己的法律”，但须留在法国体系之内。“黑脚”民众们再次迸发出他们的愤怒情绪。12月，正值戴高乐进行“巡视”期间，阿尔及尔和奥兰爆发了骚乱。然而，更具重要影响的是，穆斯林民众利用他此次访问的机会，举行大规模游行，表达对民阵和阿尔及利亚独立事业的支持。在阿尔及尔穆斯林聚居区里，成千上万的绿白两色民阵旗帜随处飘扬。穆斯林骚乱倏然爆发，来势凶猛，出人意料。法国人再也无法声称，民阵所代表的无非是对大多数阿尔及利亚人民实施恐怖的一小撮人。
最终，戴高乐认识到只有与民阵谈判，除此之外别无选择。1961年2月，他宣布同意启动和谈。这一次，军方内部做出了强烈反应。4月，一批退役将军，包括前驻阿尔及利亚法军总司令萨朗将军，领导了一场反戴高乐的政变，一度控制了阿尔及尔。戴高乐再次表现出坚定的意志，四天后，政变失败。
但是，政变的失败却促使一些异见军官与“极端”组织联起手来。他们以“军队秘密组织”（简称“奥阿斯”）的名义，以穆斯林民众为主要目标发起一场恐怖战役，试图激起民阵对法国人实施报复，从而导致军方干预，搞黄戴高乐的整个战略。“奥阿斯”得到了阿尔及尔和奥兰等城市许多“黑脚”民众的支持。月复一月，屠杀、爆炸事件持续不断。“奥阿斯”的恐怖活动遭到法国“谍报部门”——政府秘密特工——反恐怖行动，和民阵两方面的夹击。穆斯林民众与欧洲裔民众之间仇恨的鸿沟越来越深。法国本土也同样陷入了暴力的渊薮，就连戴高乐也多次遭到暗杀企图。
与此同时，谈判走走停停地进行着。起初，戴高乐试图保住蕴藏着丰富石油和天然气的撒哈拉沙漠地区，也提出过为“黑脚”们保留某种特殊地位的要求，甚至一度提出过隔离分治的建议。但是，随着谈判地位越来越弱，他被迫在一个又一个问题上做出让步。流血仍在继续，到1962年初，他下定了决心，要尽早一劳永逸地解决“阿尔及利亚问题”。3月18日，同意阿尔及利亚独立的一份协议在法国埃维昂签署。戴高乐向他的内阁说，这是“一个体面的出路”。
可是，协议并没有带来和平。“奥阿斯”垂死挣扎，发起一轮疯狂的暴力行动，向穆斯林民众展开报复袭击，肆意制造爆炸和屠杀，捣毁学校、图书馆和医院设施，袭击花店和杂货店，决意留下一片“焦土”。在欧洲移民“黑脚”们与阿尔及利亚人之间，即使尚存一线实现和解的机会，此时也早已荡然无存了。
随之而来的是大规模出走浪潮，100多万“黑脚”民众逃往法国，许多人只是随身携带几个衣箱，将农场、房屋和家业统统丢弃。在大出走浪潮中，成千上万的“穆奸”——为法国人卖命的穆斯林——被民阵组织团伙在大肆报复行动中杀害。
就这样，经过了八年战争，搭进50万条生命，在一片混乱之中，法国人黯然离去。1962年7月5日，阿尔及利亚在一个革命政府领导之下获得了独立。
