朱祈钰被通篇春秋笔法的上疏气得七窍生烟，下令立即把章纶、钟同逮捕下狱。近侍提醒说，天色已晚，宫门都已关闭，按例即便是逮捕大臣也须得等到第二天早晨了。但盛怒之下的朱祈钰已等不及到明天来处置这二人了，于是由皇帝亲自签发的逮捕令竟是由内侍从宫门中间的罅隙中传出。两人在锦衣卫诏狱遭到了残酷的刑罚折磨，让他们坦白受了谁的指使，又是如何与南宫交接沟通的。这两人意识到有一个针对太上皇的阴谋正在酝酿，而关键在于他们的供词，于是紧咬牙关，打得半死也都绝不松口。行刑是在白天，突然大风扬沙，遮天蔽日，晦暗得如同夜晚一般，似乎上天也在为他们的冤屈不平，狱卒们也惊悸得暂时停止了逼供。
拷掠、逼供大臣，还要交待莫须有的交通南宫的阴谋，这不是构陷太上皇、同时也是陷皇帝于不顾天伦、不仁不义吗？这个时候，那些手握重器的大臣们怎么就不发一言呢？进士杨集上书给于谦，对大臣们的沉默给予了强烈谴责：先前，奸人黄吰仓猝动议易储，他这么做哪里为国家长远之计着想，不过是他犯了死罪为捡得一条性命使出的一个伎俩罢了，你们这些大臣居然连这一点都没看出来，不去阻止他，还一个个都赞成易储，如今，为了国之根本，钟同、章纶又被下了诏狱，可是事到如今，你们这些位置崇高的大臣们却都可耻地沉默着，没有一点实质性的行动，难道你们这些人都只会耍嘴巴皮吗？
于谦把这封上书拿给阁臣王文看，王文既欣赏杨集大胆敢言，又怪他书生不知忌讳，考虑到他这样锋芒毕露的性格留在朝中难免遭到不测，给他升了一级，调到安州做知府去了。
不久，又有南京太常寺少卿廖庄在上疏中要求皇帝拿出实际行动，向天下臣民真心展示“公天下”之意。他所要求的“公天下”，其实也不过是一宗一姓之天下，他和文官们所不满意的是，皇帝连这点也不肯做到，竟然狭隘到了把天下视作自己一家之天下的地步。廖庄回忆说，往昔，太上皇驾陷北庭时，我曾有幸亲见他遣使册封陛下，以后每到节庆日，陛下也必令群臣朝谒东庑，如今太上皇身居南宫，可谓近在咫尺，陛下更应时时朝见，或叙天伦之乐，或共同探讨治理天下之道，每逢岁时令节，也应命群臣朝见，以慰上皇之心。说到虚悬已久的太子一位，廖庄认为应该早作打算，以定天下之本。他暗示说，陛下虽然没有了儿子，但太上皇的几个儿子，每一个就像是您的亲儿子一样，应该善待他们，让有学问的大臣时常督促他们的功课，把他们塑造成可用之材，要是陛下真觉得没一个可造就的，那就“以待皇嗣之生”——等着皇后的肚子再大起来吧。
