朱祁钰认为于谦等人说得不错，但他担心京师兵力不足，人心惶恐，抵挡不了蒙古人的铁骑。于谦建议急调两京、河南备操军，山东及南京沿海备倭军，江北及北京诸府运粮军亟赴京师。
三天过去了，遣往也先大营的使节还没有回来，情势紧急，太后召百官集于阙下，宣布由郕王监国，总领百官，朝中大小事务皆须听郕王号令。立朱祈镇的儿子，年方二岁的朱见深为皇太子，命郕王辅之，同时诏告天下。
这一日，郕王摄朝议事，地点放在午门左门。还没开始议事，就有右都御史陈镒伏地恸哭，请求对酿成这起激变的罪魁祸首王振进行清算，言官们更是言辞激烈。王振的党徒马顺站出来大声喝斥言官们胡说八道，给事中王竑当廷饱以老拳，一把扯过他的头发扭作一团，一边咬一边骂：你倚仗着王振这个奸人作威作福，都这时候了还敢这样说话？文官们也随之群殴，三下两下就把他给打死了。一时朝堂大乱，值勤的卫卒有许多是王振的私人，声势汹汹，只等号令就要出手。朱祁钰吓得直想离席而去。于谦走上前去一把拉住他，让他赶紧宣谕马顺等人罪当该死，朝堂之上不必再作争论，赶紧把事情给平息下去。
等到朝堂重新恢复了秩序，于谦这才发现，刚才情急之下用力过大，连朝服的袍袖都给扯裂了。退出左掖门时，吏部尚书王直拉着于谦的手说：以后国家就全靠你了，今天的事这般危急，要不是你，就是有一百个王直也解决不了。
王振全族无论少长全都被斩，抄家抄出金银六十余库，玉盘百余只，高达六七尺的珊瑚二十株，其他珍玩不计其数，悉数没入国库。王振的亲信郭敬正好从大同逃归京师，也被抄家下狱。都督同知石亨接战甫始单骑逃回，本以失律削职，因朝廷正在用人之际，在于谦建议下得以宽大处理，令他总兵十营担任京城的守卫工作。
当是时，上下皆倚重刚迁为兵部尚书的于谦，于谦亦毅然以社稷安危为己任。他向朱祁钰建议说，瓦剌刚得志，必定轻视我朝，长驱南犯，要严令诸边守将严加防范，京城兵营空虚，兵械也告尽，应分道招募兵员，令工部修缮战具器甲，把外城的居民都迁入内城，分兵九门，列营于城门之外严阵以待，文臣知兵的，宜用为巡抚，武臣有勇有谋的，宜用为将帅。
靠近京师的通州是帝国粮食储运的一个重要中转站，有人提议，瓦剌大军压境，粮食搬运不及，应该把通州仓烧了，以免被瓦剌抢去。应天巡抚周忱认为，通州仓米共有数百万石，可充京军一年的军饷，付之一炬实在太可惜，官府搬运不及，可发动京中军民自发前往运粮，把粮米从通州运到京城的，官府按其运粮数量发给薪金。于谦听取了他的建议，把通州的粮全都运到了京城。
