《太宗实录》修于仁宗朝，当时朝廷修三朝实录，对史事多有涂饰，负责这一编书工程的是史称“三杨”之一的杨士奇。黄云眉先生考证说，诬方孝孺叩头求余生，实是三杨诸公手笔，可以肯定是出于杨士奇曲笔。其实当时人对此已有发现，潘柽章《国史考异》就记载了时人叹息此事的一首《哀江南词》：
后来奸佞儒，巧言自粉饰，
叩头乞余生，无奈非直笔！
“凛凛犹有生气”
永乐政权诞生于一片血腥之中，现今从历史的残简断片间看去，那种对生命的漠视和对人的尊严的肆意践踏，兀自令人心惊。大多身居下僚的死难者，在这场大清洗中连名字都没有留下。明人祁骏佳在多年后出版的一本笔记中，记载了明成祖登基后不久曾说过的一句话，说他并不是真的仇恨那些忠于建文帝的大臣，言下之意，他是为了政权稳固不得不采取非常手段。永乐十一年，刑事部门解除了对死难诸臣的禁令，党禁渐见松弛。永乐十三年，又释放了一批被囚者。到了仁宗登基，又札谕礼部，建文朝被诛大臣的眷属，在教坊、浣局为奴者全都赦免为庶民，归还房屋和地产，其外亲有戍边充军的，只留一人充军，其余悉数放还。一直到万历十二年，御史屠叔方奏请宽待建文朝忠臣后代，次年各省奏免的名单，尚有陕西363名，浙江784名，江西371名，福建244名，合计充军的还有1762名。那时离永乐朝已过去那么多年，虽经历朝宽赦，还有这么多人未放还，可见当年手段之酷烈。
而一批惯会见风转舵的臣工，为了获得新朝重用，专门以倾诬排谄为能事，山东按察使陈瑛，在建文朝时因密通藩王被贬谪广西，燕王称帝后重获起用，进官为都察院左副都御史，专掌朝廷风化监察。成祖刚坐天下，他就指责侍郎黄观、少卿廖升、修撰王叔英等一批效忠建文朝的官员“其心与叛逆无异”，请求皇帝把他们尽行屠戮。朱棣说，真正要杀的奸臣不过齐、黄数辈，这些人以后还是有用于国家的，此事你就别管了。但天性残忍的陈瑛一个也不想放过。他在调阅方孝孺一案的刑讯纪录时发现了这些官员与方的交往，于是把黄观、王叔英几家籍没，连最远的亲戚也都株连到。在永乐初年，像陈瑛一样酷刻的官员还有纪纲、马麟、丁珏、秦政学、赵纬、李芳诸辈，这些人“皆以倾险闻”。
后来的修史者认为，对永乐初年朝代更迭中的这些死难官员，不能以成败论之。齐泰、黄子澄、方孝孺、练子宁这些人，有谋国之忠却没有好的制胜之策，尽管失败了，却败得英勇，败得坦荡而正气，“其忠愤激发，视刀锯鼎镬甘之若饴，百世而下，凛凛犹有生气”。
