没有确凿史料显示，一九○六年十二月四日发生在长江流域的萍醴起义，是孙中山策划的。
正是同盟会内部矛盾激化之时，备受指责的孙中山奔走于日本、新加坡和越南三地，依旧将发动起义的重点放在珠江流域的两广地区。长江流域不在他实施武装起义的计划之内。萍醴起义发生的前两天，同盟会总部在东京召开《民报》周年纪念大会，孙中山作了两个小时的演讲，再次陈述三民主义和五权宪法。与会的一位女士送给他一副写着“岂有蛟龙愁失水，不教胡马度阴山”的对联，这给矛盾重重的同盟会增加了些许昂扬之气。
但是，朝廷依旧把长江流域潜在的政治危险指向孙中山。
光绪三十二年（一九○六年）农历八月十五日，已经调任云贵总督但还没赴任的两广总督岑春煊致电外务部请代奏：……首逆孙文蓄谋不轨，其党徒潜匿香港，勾结内地土匪筑圩起事。今该逆复在南洋一带售卖军务债票，聚敛资财。是其有意煽乱，逆迹昭著。德领（德国驻广州领事）暨孙士鼎（大清国驻新加坡领事）屡言，恐非无因。经煊严饬水陆地方文武妥为防备，多派眼线，严密稽拿。并照会英总领事转致港督，如该逆孙文或其党羽果有潜行回港图谋不轨情事，务即饬属严为拿办，并将其诡谋密为知会，以遏乱萌而保治安。惟煊现值旧病淹缠，交卸在即，精神实难支撑，呼应复恐不灵。相应请旨饬下新任督臣周馥迅速来粤。并请电饬出使英和各国大臣，照会英和外部，查明孙文如在南洋一带售卖军务债票，即行设法禁止解散，以免多被煽惑，大局幸甚……三天后，外务部回电：奉旨：岑春煊电奏悉。逆匪孙文蓄谋不轨，敛财煽乱。亟应妥为防备。仍著督饬地方文武严密侦拿，毋稍疏懈。该督在粤，威望足资震慑，无论交卸早晚，均著认真筹办。并著各省督抚一体严防，随时查缉，以免勾结而靖地方。钦此。两江总督周馥对朝野指责他缉查不力颇感愤怒，他在给朝廷的电报中详细描述了自己侦拿逆党的繁忙程度：据说孙文私来上海和芜湖一次，派人查了很久没有踪迹，看来是误传。又有人举报，德商洋行私售军火三百箱接济沿江革命党，经海关税司等部门日夜严查，“实未见有此事”。目前，上至汉口下至上海，大量兵力被部署在长江沿线，几乎做到了“无处不有坐探，无处不有行探”，可最终只是抓到一些零散土匪，并没有发现孙文党羽混在其中。至于说留日学生回国与两江营兵勾结，简直就是诬蔑，新征来的营兵都有保人，老兵中或许有一两个曾加入过会党，但经过“严整营规”，两江军营呈现出前所未有的气象，以致“从无犯案”。那些胡说八道的学生，无非是把“立宪自强”、“革命自由”等议论当作时髦，他们岂能翻了天？再说，他们大多是从日本回来的，与自己所管辖的两江无干。
但是，十几天后，岑春煊再次向朝廷报告：有人向越南河内的法国商人订购了五万条枪和若干子弹。据查，广东、广西和云南的官方都没下过这个订单。那么，不是乱党“私行订购、图谋不轨”是什么？因此，关于孙文举事的情报绝对是准确的。
周馥很快就被调任两广总督，新任两江总督是满人端方。
端方上任后立即报告朝廷：长江沿岸确实存在乱党行踪。经严饬缉拿，已经抓到好几拨乱匪，他们身上都藏有孙文发行的票布，他们供认说其活动经费全靠孙文拨款，且这伙乱匪的头目是个从日本留学回来的士官生，看来清军内部已不那么可靠。“此外，逆党头目不止一起，踪迹诡秘，侦察甚难”，只有与鄂、湘、赣、皖各省督抚“协商密捕”，才能“净绝根株”。
自清廷宣布预备立宪以来，武装起义频繁地在中国南方各地爆发。这些持续不断的武装反叛，与朝廷的立宪准备、革命派与改良派的理论交锋以及官僚资本阶层试图推动政治变革的主张混杂在一起，形成了大清帝国前所未有的纷乱社会景象。
确定无疑的是，萍醴起义确有同盟会员参与其中，尽管参与者完全是“出于个人之热心行动”。
刘道一，同盟会领导人之一刘揆一的弟弟。原字炳生，但他给自己改了个彰显排满主义的号，叫做“锄非”，取《汉书·朱虚侯传》中“非其种者，锄而去之”之意。毕业于湘潭教会学校的刘道一，深受哥哥革命思想的影响，官费留学日本后曾与秋瑾等人结成反清“十人会”，还参加过冯自由组织的洪门天地会。同盟会成立后，他立即入会，先后被推举为书记、干事等职。由于英语和口才皆好，被黄兴认为是未来共和国绝好的外交人才。
一九○六年秋，刘道一和蔡绍南等人从日本回国，任务是运动湖南新军并联络会党。两人通过长沙明德学堂学生魏宗铨与醴陵、浏阳、萍乡一带的哥老会建立了联系。魏宗铨是江西萍乡人，在长沙明德学堂读书时认识了黄兴、禹之谟，很是醉心革命。此番联络的结果是，一个新的会党组织的“开山”仪式在萍乡一个名叫蕉园的村子里举行了。会党组织对内称“六龙山”，对外称“洪江会”——湖南会党大首领马福益，就是在洪江镇被捕并被砍头的，因此洪江会之名具有复仇之意。洪江会推举的龙头大哥，是当过清军下级军官的浏阳人龚春台。洪江会的入会誓词是：“誓遵中华民国宗旨，服从大哥命令，同心同德，灭满兴汉，如渝此盟，人神共殛。”入会者每人得到一个类似组织证件的票布，正面写着：“还我河山”，左边是“忠孝仁义堂”，右边是“第几路第几号”，背面写着四句口诀：“一寸三来二寸三，六龙得水遇奇奸，四五连一承汉业，全凭忠孝定江山。”
