在此期间，比佩切涅格人更为可怕的塞尔柱土耳其人(SeljuqTurks)从东方杀来。（很多中文书里将之译为塞尔柱突厥人，但外文资料里认为他们对拜占庭的入侵开始了土耳其人对拜占庭历时四百年的征服，因此我将之译为塞尔柱土耳其人。）
说到塞尔柱土耳其人，得先讲讲突厥人。突厥人是匈奴人的一支，6世纪末期，突厥分裂为东突厥、西突厥，一部分突厥人在中国混不下去了，迁居至土耳其斯坦一带，即为土耳其民族。塞尔柱土耳其人即为土耳其人的一个分支。
随着穆罕默德创建的伊斯兰教兴起，以及阿拉伯帝国神话般的崛起，土耳其人开始接受伊斯兰教，最先皈依的是那些土耳其奴隶，后来慢慢扩展到其他土耳其人中。
随着阿拉伯帝国的衰落，又随着突厥人在阿拔斯王朝内部地位的不断提高，塞尔柱土耳其人凭着他们英勇善战的天性，很快占领了原来属于阿拉伯帝国的大部分领土。
波斯成了塞尔柱土耳其人的活动中心。
1037年，他们定都尼沙布尔（Nishapur，后迁都赖伊），建立“大塞尔柱帝国”(GreatSeljuqEmpire，1037-1194年)，开始了土耳其人对拜占庭四个世纪的征服战。
失败的君士坦丁九世
由于吞并了亚美尼亚的一些小国家，拜占庭的领土与大塞尔柱帝国接壤了。
1048年，拜占庭与大塞尔柱帝国在亚美尼亚爆发战争，不久就缔结和约。君士坦丁九世自以为从此就和平了，为了给国家省点钱，同时也为了避免武将拥兵自重，他解散了驻守亚美尼亚的军队。
这位精打细算的皇帝作出这个愚蠢的决定，令拜占庭在以后的岁月里丧失了小亚细亚的大部分领土。
四面八方而来的敌人让拜占庭应接不暇，君士坦丁九世的对敌斗争多以失败而告终，在国内政策上，他表现得更是相当软弱。
他企图通过联合宫廷里的贵族集团和地方上的大领主，以巩固自己的皇帝宝座。为了讨好他们，君士坦丁九世作了另一个愚蠢的决定，他大量减少地主和基督教会的赋税，这样，各行省的实权落入高级文官手中。
1051年，雅罗斯拉夫使基辅教会摆脱拜占庭羁绊，在没有预先通知拜占庭教会的情况下，任命罗斯人担任基辅教会的大主教。
经过两年的磋商，双方才消除彼此在宗教方面的长期矛盾。雅罗斯拉夫同意拜占庭方面派出的希腊人担任大主教，君士坦丁九世的女儿和雅罗斯拉夫的儿子弗谢沃洛德结婚，他俩的儿子就是俄罗斯历史上著名的基辅大公弗拉基米尔·莫诺马赫，至此两国才算真正和谐了。
基督教大分裂
这时，基督教世界发生了一个重大事件，起因是一场激烈的宗教争论，争论的焦点是：到底谁应该负责管理意大利南部的修道士，天主教还是东正教？
东正教的君士坦丁堡牧首米海尔·凯鲁拉里乌斯(MichaelCerularius)和教皇利奥九世(PopeLeoIX)发生激烈冲突，两人互不相让，争论不休，闹得愈演愈烈。
这种争执对拜占庭极为不利，因为面对咄咄逼人的诺曼人，要想保住意大利南部的领土，缺少罗马教会的支持是不可能实现的。
拜占庭政府想和利奥九世搞好关系，可是米海尔却把君士坦丁堡的市民鼓动起来，百般阻挠。君士坦丁九世没办法，只好随米海尔去了，你愿怎么处理这件事，就怎么处理，朕是不愿再在这上面费脑筋了。
