巢鸭监狱中的战犯，有28人受到远东国际军事法庭的起诉。
起诉书共列举了55项罪状，控告这些战犯犯有“破坏和平罪”、“杀人罪”与“战争犯罪和违反人道罪”。其中第18项和第19项，控告日本于1931年9月18日和1937年7月7日，对中国发动侵略战争罪。
审判从1946年5月12日开始，至1948年11月12日结束，时间长达两年零六个月。参加审判的有中国、苏联、美国、英国、法国、荷兰、加拿大、澳大利亚、新西兰、菲律宾、印度等11个国家的代表，判决书长达1200余页。其审判时间之旷日持久，各类文件之卷帙浩繁，在军事法庭的审判史上实属罕见。
审判是在市之谷的原陆军省大礼堂进行的。首次开庭审讯，就发生了一件颇富戏剧性的事件。
《纪元二千六百年史》和其他战争时期畅销书的作者、日本军部思想的指导者、被誉为“日本的罗斯福”的战犯大川周明，穿着一条又短又瘦，极不合身的裤子，衬衫的半面衣襟塞在裤腰里，脚趿拉着木屐，双肩高耸，以一副不可一世的狂傲姿态走进法庭。嗒嗒的木屐声在严肃安静的礼堂内显得特别响亮刺耳，而他的装束举止令法官与战犯都感到惊奇。
法庭执行官刚开始宣读起诉书，被告席上突然传来一声脆响，坐在前排的东条英机头发稀疏的脑袋上冷不防挨了一巴掌。东条英机猛回头，想看看打手是谁时，大川周明却装出一副若无其事的样子，正襟危坐，两眼直视法官席。东条英机断定不了是谁在搞恶作剧，只得转过脸去。
惊魂未定的东条英机刚转过脸去，大川周明又抄起笔记本，用力打在他的头上。
战犯中有人发出吃吃的笑声。弄得法官和法庭上的美国宪兵一时莫名其妙，不知被告席上发生了什么可笑之事。
第二天开庭时，大川周明的表现更加反常。战犯入庭后，当法庭执行官命令他们坐下时，大川周明突然用德语高喊：
“德国人过来，其他人滚蛋！”
他的叫喊使全法庭的人都感到惊诧。审判长不得不宣布他退庭，让美国宪兵带他到医院去做精神鉴定。
大川一面挣扎，一面狂叫着：“放开我，我头脑比你们都正常！”一面被美国宪兵推出法庭。
后来据其他战犯反映，大川周明在审判开始前一个多月，精神就表现异常，他不仅在囚室内随地便溺，吃饭时还向别人碗里吐过唾沫。当时别人只以为他是恶作剧，现在把他在法庭上的表现联系起来，证明他的确已经疯了。
