左宝贵部抵达朝鲜后，扣去一营多兵力用于在义州和平壤间负责后勤运输，又除去靖边军右营步队被留在平壤后路安州、江原一带防御，[21]实际进入平壤城设防的奉军仅有六营多兵力，几乎是各路清军中兵力最少的一部。于是，除又抽调了三营兵力用于他处防务外，奉军仅留三营步队和一支炮队约1400人由左宝贵亲自率领，被指令布署在平壤城东北部的制高点牡丹台一带防守。
深感兵力单薄的左宝贵，曾分别致书盛京将军裕禄和直隶总督李鸿章，申请紧急招募新兵，扩充军力：
“贵现带八营约三千人，即再加二千五百人，兵力不过稍厚。今当倭势猖獗，军务正兴，惟有恳求中堂赏加五六千人，合现在三千余人，共八九千人，庶可资战守。如蒙中堂俯允，贵当派人赴山东招数营徐、邳一带之人，奉合就近可招数营，均待两个月可成军。惟军械、子药并须求中堂赐拨，如不能准，只可请罢论。仍请裕帅添炮队一、二营，随同各军进取而已。”[22]
然而，他的要求最终因为“饷窘，械更缺”等等原因，一一作罢。
纠缠在这许多本不应该由领兵大将一人思索、交涉的事务中，左宝贵还在积极参与平壤御守之策的谋划。对日军的军力，多年在中朝边境巡守的左宝贵有较客观的估计，认为日军战斗力要高于清军。但在作战方针上，性情耿直的左宝贵坚持应该采取主动出击策略，并曾多次派队前出击退日军侦察哨兵。
左宝贵虽然早年也曾置身李鸿章麾下，算是半个淮系出身，但后来常年驻防东北，已经完全融入关外的奉军系统。由此，与驻守平壤城的淮军将领叶志超、卫汝贵及毅军将领马玉昆等，多少存在那个时代无法避免的派系、畛域隔阂。另外，左宝贵一力主战的态度，又和持防守待援策略的盛军统领卫汝贵、平壤诸军总统叶志超显得格格不入，兵力弱小的奉军不仅在地理上偏处平壤北城，同时也被军力众多的几支大军所疏远。
直隶提督叶志超经历过牙山之败，最先领教了日军战斗力的真容，“对敌人之强弱虚实，早已洞悉于胸。”自感己方军力不足，所以当到达平壤担任诸军总统后，他的防守策略始终显得异常保守乃至消极。战前，各军将领分防在平壤城各地，互相间的联络主要通过书信和新架设的德律风（电话）。根据记载，在9月一次难得的诸将见面会议中，针对连日来平壤周边日军前哨踪迹越来越多的紧张局势，总统叶志超提出主动退出平壤，“敌人乘势大至，锋芒正锐，我军子药既不齐，地势又不熟，不如整饬各队，暂退叆州，养精蓄锐，以图后举。”正当各军将领“依违参半”之际，左宝贵挺身而出，满面怒色，慷慨陈言：“敌人悬军而来，正宜出奇痛击，令其只轮不返，不敢再正视中原。朝廷设机器，养军兵，岁靡金钱数百万，正为今日。若不战而退，何以对朝鲜而报效国家？大丈夫建功立业在此一举，至于成败利钝暂时不必计也。”
“左与叶相聚面商，左主战，叶主退守，意见不合，左语愤激，叶唯唯谢过。”[23]
盛宣怀的弟弟盛星怀当时也在平壤，对将领间的不合，曾将自己的判断密报给哥哥，“左（宝贵）、马（毅军将领马玉昆）力顾大局，惜其器局偏浅，不能融洽”。[24]
