康有为的演说深深打动了与会的人，在演说结束进行会员登记时，人们表示愿为保国会的宗旨而努力，并纷纷出资捐款。
出乎康有为意料的是，保国会刚一成立，粤籍官员、礼部尚书许应骙即出面反对。他诬保国会惑众敛钱，行为不正，应严加斥逐，并不准再在粤东新馆开会。
不得已，康有为只得将保国会以后的会议改在河南会馆和贵州会馆举行。由于守旧官员的反对，这几次会议的到会人数大减。
荣禄得知康有为发起成立保国会后，更是出言恫吓。他着人传话给入了保国会的人：“康有为立保国会，现放着许多大臣未死，即使忘国尚不劳他保。其僭越妄为，非杀不可。你们如有相识入会者，令其小心首领可也。”接着，荣禄又支使御史潘庆澜出面上《请饬查禁保国会片》，谓保国会聚众不道。军机大臣、吏部尚书刚毅在潘庆澜上折片后，更谓保国会图谋不轨，主张立刻查办。李盛铎见势不妙，先是除名不与会，继而怕祸及自己，也上折参劾保国会。
在朝中重臣多数主张取缔保国会时，光绪帝却听翁同龢言，对之有意保护。他把所有弹劾保国会的奏章全部封存，不送慈禧太后阅览。朝对时，他特对众大臣说：“会能保国，岂不大善，何可查究耶？”
康有为得知光绪帝有意护呵保国会，心中万分感激。为让朝野明了保国会宗旨，以正视听，他将《保国会章程》全文刊登于5月7日的《国闻报》上。为避守旧大臣对自己的责难问罪，不致成为众矢之的，他又在报上刊登《京城保国会题名记》。《题名记》中，保国会的领衔者是梁启超、麦孟华，自己则名列第一百二十九位。尽管如此，言官仍对保国会多加贬责。5月中旬，御史黄桂鋆又上《禁止莠言以肃纪纲折》，言各省学会皆由保国会党包藏祸心，纠合不第举子，逞其簧鼓之言，致使近日人心浮动，民主民权之说日益猖獗；若准各省纷纷立会，恐会摹匪闻风而起，其患不可胜言。由于言官一再弹劾，使参加保国会的人退缩却行，再也不敢去开会。这样，保国会名存实亡，连康有为的一些宾客至交也暂避而不敢往南海会馆聚谈了。
早有人将保国会事密告慈禧太后，慈禧太后即召奕、荣禄、刚毅三大臣去颐和园面询。这三位大臣也借此事挟嫌把矛头指向光绪帝的宠臣翁同龢。尤其是奕对翁同龢早有猜忌之心，他在甲午岁末复任总理衙门大臣、总理海军大臣、军机大臣等职的前一天，即面奏慈禧撤掉上书房，取消翁同龢毓庆宫行走一职，以免翁同龢利用帝师身份在进读时向光绪帝造膝密陈、施加影响，当时慈禧太后未允准。这次，奕与荣禄、刚毅到颐和园应召时，除了向慈禧太后献媚外，又对翁同龢恶言相加。他说：“皇上索权变法，主意皆出自常熟。鼓噪变法、汹汹而吠者则是南粤妖人康有为。康有为此次来京上书，闻是翁同龢、张荫桓所引，将树朋党以诱皇上变法者，亟宜防备之。翁同龢还保荐康有为，谓康才胜其百倍，请举国以听。”
