政府各部总长任命会议结束后，孙中山回到总统府。用过午餐后，他召在府的胡汉民、居正等人商谈政务。胡汉民向他建议：“临时政府各部总长名单业已通过，拟请大总统简任各部次长。”
然而孙中山却未直接回答胡汉民的话，他若有所思地说：“我本提议宋教仁为司法总长候选人，章炳麟为教育总长候选人，二人竟未能当选，我心不安。”
居正见孙中山对此不安，则不以为然：“宋、章二人未能入选，是因名声欠佳，故各省代表反对。不过，不当选倒是幸事，此二人常常无端反对总统，若任总长，总统必难行政。”
孙中山看了居正一眼，说：“且不论此二人对我个人如何，但愿其才能为国所用。宽仁厚德，万事俱济。”
居正对孙中山的这种大度钦佩不已，说：“听人说总统准备以汤芗铭为海军部次长，此事可是当真？”
孙中山笑笑说：“此事不假。汤芗铭在欧时确曾偷割过我的皮包，卷入出卖勾当。今委以重任，一在用其所学，二在念其率海军反正之功，三在争取人心。人心齐，则泰山可移。”说时他向居正递过一份拟定的次长名单：陆军次长蒋作宾，海军次长汤芗铭，外交次长魏宸组，内务次长居正，财政次长王鸿猷，司法次长吕志钦，教育次长景耀月，实业次长马君武，交通次长于右任。
居正看了名单说：“次长中，请总统注意武汉同志。此事《民立报》主笔于右任曾及之。然而克强因当时武汉首义同志对他不好，故亦厌恶武汉那几人，不愿他们入阁。加以孙武到上海，态度颇惹人厌，陈其美更轻视武汉同志，各部次长全予海外归国同志，而在武昌首义者若不顾及，将是一大失策。”
孙中山微笑着对居正说：“我请居正兄入主内务部，正是顾及武汉同志。再说，武昌共进会同志全系军人，断不能入部任事。知人善任，惟才是举，打破地域界线，应是民国政府用人宗旨，而不在克强或英士个人好恶。”
居正与胡汉民听了，觉得孙中山有大总统风雅。
孙中山接着对胡汉民说：“这份名单的拟定，是出于黄克强以‘部长取名，次长取实’之建议，故多是同盟会同志，暂且就这样定了吧。我现在想尽快建起总统府机构，想请你任总统府秘书长，徐绍桢任南京卫戍司令，章太炎呢，请他任总统府枢密顾问，如何？”胡汉民说：“只要大总统需要，我甘为驰驱，万苦不辞。徐绍桢任南京卫戍司令，亦是得人。只是怕章炳麟过于自负，不肯出任顾问。”
正说间，黄兴赶来报告：“项城已来电责问和谈代表伍廷芳。”
孙中山问何以相责，黄兴说：“项城言，国体问题由国会解决，业经贵代表承认。乃闻南京忽已组织政府，并孙文受任总统之日宣示驱逐满清政府，是显与前议国会解决问题相背。他还质问，此次选举总统是何用意？设国会议决为君主立宪，该政府及总统是否立即取消？”
孙中山见袁世凯无端相责，怒从心起，说：“现在民军光复十余省，不能无统一之机关。在国民会议未议决以前，民国组织临时政府，选举临时大总统，此系民国内部组织之事，为政治上之通例。若以此相诘，请还问清廷，国民会议未议决以前，何以不即行消灭？再者，可以诘相诘，设国会议决为共和立宪，清帝是否立即退位？协议既经两方全权代表签字作准，自应彼此遵行，无须再发疑问。”说罢，他要胡汉民通知伍廷芳回电，将这番话直告袁世凯。
胡汉民刚走，总统府秘书送来晋、陕、皖三省都督因遭北洋军进攻的告急电文，孙中山见了，更感袁世凯不可信。他对黄兴说：“现袁世凯气焰嚣张，想先靖北方再图南举，若不乘时予以打击，必使和议难成。”
黄兴表示同意，说：“北洋军虽有一定势力，总兵力也不过十万众，现东南空虚，我义师正可乘虚袭取；只是兵饷不济，困难不少，且不知列强将如何看待我方兴兵。”
孙中山说：“暂且不管这些，先部署好再说。一旦和议破裂，我当亲自统兵北进。”
二人议决后，孙中山即报告参议院，决定自任北伐总指挥准备北伐。报告得到批准后，孙中山与黄兴布置，将各省民军统分为六路北伐。以鄂湘为第一军，由京汉路北上；在宁各省民军为第二军，沿津浦路北上，与第一军会合于开封、郑州之间；淮扬为第三军，相率北攻；烟台为第四军，攻青岛、济南，进占山东；秦皇岛合关外之兵为第五军，对京津取包围势；晋、陕为第六军，东向前进，配合其他各军会攻北京。继之，孙中山又电令广州代都督陈炯明，要他率军赴宁参加北伐。布置停当后，孙中山即下令北伐。
南京政府一无财源，内阁部长纷纷离职，四十万北伐军兵疲饷匮
南京政府北伐令发出不久，第二军柏文蔚部即于元月13日大破北洋军张勋部于宿州，接着进占徐州，首战告捷。第一军则出河南邓州，直逼宛、洛，吓得在鄂的北洋军急将大营撤至河南信阳。与此同时，烟台的第四军与关外的第五军也相率发起了进攻。
北伐各军的胜利使京城震动，但袁世凯却不大恐慌，当徐世昌来向他报告情况时，他笑笑说：“南军系乌合之众，内部极不统一，况军饷军火皆缺，不说兵至徐州，就是到了天津、保定又何妨？到时不攻自退。”
徐世昌说：“南军本不足畏，列强在南京临时政府成立之时就不予承认，言西方的民主自由学说不适合东方国情，英、日、俄等国公使鼓吹君主立宪为中国最适宜，尤怕孙中山的民主革命会使中国遍地皆陷入无政府景象，而视总理为唯一可以接受的领袖。南京政府既无外力支持，总理何不向各国驻京公使团交涉，请予援助，届时乱党立等瓦解。”
袁世凯说：“我已与老友朱尔典商议过了，他会将我意转达公使团。你回家歇息去吧，不出一天，捷音将闻。”
果然，朱尔典向各国公使团转告袁世凯的请求后，在华的列强军队在次日即对北伐军进行恫吓，停泊在上海的英国军舰驶入长江示威，德国军队阻止北伐军在秦皇岛登陆，日、俄军队则出兵东北、内蒙古。与此同时，列强扣留了中国南方各省的海关关税，以免被用来充作军费。
列强的武力威胁并未吓倒南京政府，可是断绝财源却是一个致命的打击。本来，独立各省早就各自为政，不仅截留了应上缴临时政府的各种款项，还伸手向临时政府索取拨款，而临时政府连必须支出的军费都无法筹措。北伐开始后，每天到陆军部要求领取军饷的有数十起，陆军总长黄兴穷于应付，有时寝食俱废，以致累得胃病复发，时常吐血。为解财政困难之危，孙中山便商之于黄兴，决定向日本商人借债度日，以汉冶萍等矿作抵，并发行国内军需公债。然而，黎元洪、孙武见用湖北矿产抵借外债，扬言要与临时政府脱离关系，倒戈联袁，推翻全局。
