孙中山见邝敬川的双脚因被茅草割破皮已开始腐烂，即亲手为他割除腐肉，并用药水为他洗涤。邝敬川告诉孙中山，有义军首领梁少廷等人仍在钦州王光山中等待接济。孙中山听了，急命人携款前往，委任梁少廷为中华国民军南军副都督，要他坚持忍耐，以备再行举义。
钦、廉二州起义虽然失败，同盟会员许雪秋筹划的黄冈起义却得手。此前，许雪秋曾筹划潮州起义，但事泄失败。后来会党首领余既成、陈涌波又在黄冈挑水巷泰兴号设总部，计划在海阳、揭阳一带同时举义。不意此事又被潮州总兵黄金福手下的密探探知了一些情况，黄金福便派人搜捕，捕去了两名有嫌疑的人。余既成、陈涌波见势不好，便赶赴香港报告许雪秋，打算提前起义。许雪秋将此报告在香港指挥起义的胡汉民，胡汉民要二人等待孙中山的命令。孙中山得信后，急命香港机关部派人前往指挥。但余、陈二人返回黄冈后，清兵搜捕愈急，于是决定提前起义，不再等待。
当日晚，余既成、陈涌波即率众誓师，集七百余人攻打黄冈城。经过几番激战，义军攻占了该城。占领黄冈城后，义军立即举余既成为临时司令，陈涌波为副司令，成立军政府，并布告安民。这时，香港机关部已派陈芸生赶至黄冈，又派许雪秋等赶往汕头接运弹药，部署扩大起义规模，催促党人响应。陈芸生到达黄冈后，余既成、陈涌波即推他为临时司令长，并以孙中山的名义发布告、檄文。
这时，黄金福所部清军已到达汫州，陈芸生得知情况，即命余既成率众连夜出击，与黄金福军展开激战。然而义军因弹药不济，战至次日便难以支持。中午时分，陈涌波率援军赶来助战，义军声势复振。然而清军的大批援兵亦至。义军由于人数较少，遭两路清军夹击，伤亡甚多，不得已退回黄冈，等待军火援助。
可是，去运取军火的许雪秋却未能及时赶到汕头将自日本运来的枪械卸下，以至运械船又将枪弹返运到日本。驻守黄冈的义军得不到继援，弹尽粮绝中只好宣布解散，数百人相继避入香港。孙中山即命香港同盟会机关部安顿这些起义人士，并由南洋同志接他们至新加坡等地避居。安顿好黄冈起义的同志后，孙中山又命许雪秋潜回惠州，再谋起义于汕尾。
这时，党人陈纯奉命在惠州归善七女湖发动了起义，且初战告捷。孙中山得知消息后颇为高兴，便致信日本，要平山周速助款械。惠州的这次起义是孙中山指派邓子瑜指挥的。邓子瑜的祖籍本在惠州归善，他素任侠好义，在新加坡经营旅馆时，会党中人避走南洋的，他都做东热情接待。邓子瑜在香港亦有友人开设旅馆，他通过这些旅馆的友人与内地会党相通声息。早在黄冈起义发动之前，邓子瑜就派出陈纯等人去归善各地活动，为发动起义做准备。经过经月的活动，陈纯等人即在七女湖率众举事，并随即挥军进攻泰尾。驻泰尾的清守军不知虚实，闻讯望风而逃。义军则尾随猛追，继而克杨村、柏塘，接着分进公庄等地。义军得胜后，声势大振，各乡会党纷纷起而响应。这时，清军标统洪兆麟率军前来阻击，与义军在公庄一带激战，结果洪兆麟被陈纯发枪击中落马，清军四散而逃。
洪兆麟所率的清军大败后，坐镇广州的粤督张鸣岐感到惊慌，于是再次调集大军向义军围攻，并命善战的水师提督李准迅即出动，领兵向正在攻打博罗的义军攻袭。而此时围攻博罗县城的义军也受到了顽强抵抗，因械少弹缺，他们便请孙中山火速支援武器。孙中山闻讯后，又一次致信平山周，嘱其速速订购枪械一万支，并先送步枪二千支、子弹二万发至香港。然而孙中山的信才发出，李准所率的大部清军四面向义军围来，邓子瑜得知形势不妙，急命陈纯不可再战，否则有被歼的危险。陈纯闻信，即将义军解散，掩埋好枪支后分路潜走香港。香港英督得知邓子瑜是惠州起义的策动者后，即命华民政务司勒令他离境，邓子瑜不得已，只好与陈纯等人避走南洋。
值惠州七女湖起义将要失败之时，黄兴正应孙中山之召从日本经香港到达河内。孙中山见到他后说：“邀你来此，是想共商革命大计。眼前惠州举事难成，不过粤省仍大有可为。我欲取钦、廉、防城一带沿海地方，以为革命根据地，你意如何？”
黄兴点头说：“先生所言，正合我意。先取中国南部，然后向北取势发展，不愁革命不成、鞑虏不逐。”
孙中山又告知黄兴，之所以属意钦、廉二州，是因清军统领郭人漳更加有意同革命党人共事。黄兴闻言，便提出要马上去钦州面晤郭人漳。然而孙中山又有些忧郁地对他说：“前天我接到冯自由、胡汉民自香港的信函，转告说，刘揆一从东京发来一信，言潮、惠事败后，东京总部内反对我者日众，章炳麟等人更要我向东京总部引咎罪己。”
黄兴却不以为意地说：“此事我已知道。当时章炳麟逼着代理庶务刘揆一开会改选同盟会总理，并拟举我以代之。刘揆一坚持不可，张继却动手打他。刘光汉则提出要改组同盟会总部机构，与之相勾结的日本人北辉次郎、和田三郎等人亦跟着无谓起哄。”
孙中山亦语气平和地说：“冯、胡二人亦告我，说刘揆一见众怒难犯，才致函他们二人的。我接信后，即已复函东京，在信中直言相告：诸同志皆热血青年，在无事时，自不免易生事端。此种党内纠纷，惟事实足以解决，绝无引咎之理由可言。”
黄兴对此颇有同感，说：“此种纠纷实属无聊，是他们不知革命之艰难。我马上复函东京同盟会总部，再向刘揆一解释清楚。”
当夜，黄兴即致书刘揆一，言“革命为党众生死问题，而非为个人名位问题。孙总理德高望重，诸君如欲革命得有成功，乞勿误会，而倾心推拥，且免陷兴于不义。”
可是，章炳麟闻知黄兴信中所言后，不但不听所劝，反而与陶成章等人另行组织东亚亡国同盟会，并自任会长。
徐锡麟拼死反清，秋瑾从容赴难
同盟会员秋瑾1906年从日本愤而归国后，先是在上海独立创办《中国女报》，以鉴湖女侠为笔名发表文章，意在提倡女权，唤醒中国女界“为醒狮之前驱”。然因经济不支，《中国女报》仅出三期即告停刊。在上海无所作为，秋瑾便回到老家绍兴，筹划武装反清之事。经过几个月的活动，至1907年夏准备工作大体完成后，她便派出陈伯平和马宗汉到安庆见安徽陆军学堂监督徐锡麟，商议在皖、浙两地并举发难。
徐锡麟亦是绍兴人，三年前在上海加入光复会后，即返乡联络会党进行反清活动。他结交了一批反清志士，又设立大通师范学堂培养革命人才，并特别注重学生的军事操练。然而，举事最需要的枪械徐锡麟却一时无法得到。为此，他特捐资取得道员职位，进而结交上层人士。在他的活动下，不久被分派任安徽巡警学堂会办。去安庆上任前，徐锡麟特让秋瑾主持大通学堂，并负责联络金华、兰溪等地会党，组织光复军。
