嘉靖四十一年（1562年）五月，严嵩在各种势力的攻击下终于倒台了，徐阶成为内阁首辅。此时的张居正欣喜若狂、笑逐颜开，因为他知道徐阶当政，就代表自己的出头之日就要来了。
前文已经介绍过，徐阶是一个极善谋略的政治家，对张居正颇为赏识。当年张居正选为庶吉士在翰林院学习时，正巧徐阶是那一届的教习，师生相处没多久，便深相期许，引以为志同道合者。张居正给徐阶留下了深刻的印象，他当时评价张居正“勇敢任事，豪杰自许，然沉深有城府，莫能测也”。依徐阶的看法，张居正日后的发展不可限量，将会成为国家的栋梁之才。他看准了这是一个难得的济世之才，便用心良苦地尽力栽培。
除了培养像张居正这样的栋梁，徐阶在执政方面也有着过人的能力。在他当政以后，政局一步步地好转。他带头平反了一些冤假错案，使嘉靖一朝的戾气有所缓和，人们为了国事也敢于讲话了。
期间大名鼎鼎的海瑞，就站出来批评皇帝。海瑞是海南琼山人，为人刚正不阿，一身硬骨头，可谓是中国古代忠臣的代表人物。
嘉靖四十四年（1565年），海瑞被调到北京任职，再次表现了直言的胆略。他抬着棺材去见皇帝，罗列了一系列弊政，痛斥皇帝昏庸，甚至说：“嘉靖者，言家家皆净，而无财用也！”皇帝大惊，气急败坏，连忙叫人把海瑞抓住，千万别让他跑了。但下边人禀报说，皇上他不跑，他连棺材都抬来了。嘉靖无奈，只是说：“他可真是个比干啊，但我可不愿做商纣王啊！”在群臣的劝解下，皇帝最终没有将海瑞处死，而是将他发配到专门关押贪官污吏等政治犯的诏狱。这就是震惊古今的“海瑞上疏”。 当时，海瑞已经升任户部主事，官阶为正六品，这是一个接近于中级官员的职位。
当时的北京并没有出现什么令人振奋的气象。相反的，南北两方都连连告警，急待增加收入以备军需。然而，政府别无新的途径筹款，可行的办法还是挪借和增加附加税。前者并不增加收入，也没有紧缩支出，而仅仅是此款彼用；后者则使税收制度更加复杂和实际执行更加困难。户部是国家的财政机关，但主事一类的官儿却无事可做。大政方针出自堂官尚书侍郎，技术上的细节则为吏员所操纵。像海瑞这样的主事，根本不必每日到部办公，不过是日渐一日积累做官的资历而已。当时的嘉靖皇帝还是一如既往地不理朝政，依旧喜欢求仙问道，且愈演愈烈，越来越离谱，整日研究什么“祥瑞”。这些都让“死脑筋”的海瑞难以接受。
嘉靖四十五年（1566年），海瑞经过慎重的考虑，向嘉靖递上了一份著名的奏疏——《治安疏》。海瑞这篇古今奇文，写得实在是太振奋人心了。
户部云南清吏司主事海瑞在这里上奏：“为了匡正君道，明确臣下的职责，求得万世治安，我要直陈天下第一事。
“国君是天下臣民万物的主人，正是因为是天下臣民万物之主，所以责任重大。如果民生措置失当，就是君主没有负起责任。所以，臣子就应当尽量为君主服务，忠于职守，畅所欲言。臣子尽到了自己的责任，君主的责任也才算尽到了。以前那种专图讨好，曲意逢迎，不让君主听到实际情况的人，现在用不着说他们了。
“危言耸听的人或许会说：君子总是想法多，即使遇到贤明的君主，政治清明的时代，也常常居安思危，忧虑重重，只怕反而让人思维混乱，搞不清方向。这种说法不符合现在的情况！
“臣蒙受国恩，宁可直言得罪也不想说假话，好的就是好的，坏的就是坏的，一丝一毫都不敢隐瞒。我不为讨上面的欢心，也不计较得失，今天披沥肝胆，掏出真心，对陛下您说几句实话。”
