嘉靖二十九年（1550年）六月，北部蒙古遗部首领俺答汗进犯大明王朝的边关重镇大同。大同总兵仇鸾胆小无能，他的总兵官职是用重贿向严嵩买来的。面对俺答的进攻，他仓皇无策，只好故技重演，用重金收买俺答，乞求俺答不要进攻自己的防区。俺答接受重礼后，遂引兵东去，攻古北口，陷蓟州，直逼通州，京师告急。世宗遂下诏勤王。仇鸾在以重金贿求俺答不攻大同后，他知道俺答会深入内地，危及京师。为了乘机邀功并博得世宗欢心，主动上疏请求入援。世宗欣赏仇鸾“忠勇”，命他为平虏大将军，节制诸路勤王兵马。俺答兵直逼北京城下，大掠村落居民，焚烧庐舍，大火冲天。但各路援兵却怯懦不敢出战，只是坐观俺答烧杀抢掠。仇鸾的大同兵甚至趁火打劫，比俺答还凶狠。兵部尚书丁汝夔惶急无策，问计于严嵩。严嵩说：“在边塞打了败仗还可瞒住皇上，在京郊就难以隐瞒了。俺答掳掠饱了，就会自己离去。”丁汝夔听信严嵩的话，传令诸将，不许轻易出战。兵部郎中王尚学屡次劝丁汝夔出战，丁汝夔不敢违背严嵩的旨意，一味等待。俺答掳掠中饱后，引兵西去。平虏大将军仇鸾杀了数十个百姓的头，冒功请赏。世宗加封仇鸾为太保，并赐金币。嘉靖二十九年（1550年），按中国干支纪年，是庚戌年。历史上称这次事件为“庚戌之变”。
“庚戌之变”时，张居正正在北京，他目睹政治的黑暗和严嵩的误国卖友等行为，深感权奸当国，自己的政治抱负难以实现。于是，在风高浪急的嘉靖三十三年（1554年），张居正选择了急流勇退，决定窥测时机，应运而进，适时而退，不勉为其难。他借口请假养病，离开京师来到故乡江陵，休假三年。
告病请假还乡，这对于一个年轻人来说是一个重要的决定，更是一个无奈的决定。当时，张居正自述这是“以病谢归”，其实他虽体弱多病，但从现有史料中并没有什么大病亟须回乡养病和治疗的记载。所以说，“以病谢归”可能只是一种托词。
在即将离开时，张居正给自己的恩师徐阶写了一封信函，其中流露出自己归隐的真正动机。信中这样写道：荣进之路，险于榛棘，恶直丑正，实繁有徒。意思是他厌倦官场的布满荆棘、黑白不分，但对时局还抱有希望，因为在他看来，还有“身重于泰山，言信于蓍龟”的徐阶在朝廷中，希望他有朝一日能带头扫除阴霾。在这封信中，张居正陈述自己对严嵩的不满，他愤慨于时局的败坏，痛恨嫉害正直忠良之臣的奸人，高度称颂徐阶在士林中的威望，盼望他担起天下之重任。但又认为徐阶的顾忌太多：“相公内抱不群，外欲浑迹，将以俟时，不亦难乎？”“盍若披腹心，见情愫，伸独断之明计，捐流俗之顾虑，慨然一决其平生。”劝他不如以真情行事，起而抗争，不要像嘉靖初年的礼部尚书欧阳德那样抓住对方把柄而又操刀不割，错过时机，壮志未酬就已陨落，留下终身的遗憾。这封信主要表达了张居正自己因为对官场已经心灰意冷，因此萌生不如归去、悠游田园的想法。虽然如此，但他仍然殷殷期盼徐阶有朝一日能改变局面，因而许诺徐阶“假令相公兴周、召之业”，“知己之恩，每怀国士之报”。
除了官场上的失意，情感上张居正也遭受了沉重的打击。在他28岁的盛年之时，与他相濡以沫的爱妻顾氏溘然逝世，令他陷入无限的悲凉中。一年后，他偶读唐代诗人韦应物的《伤内诗》，不禁百感丛生，写下：“悲哉难具陈，泪下如迸澜。”续弦后，新婚燕尔的张居正也没有忘却亡妻之痛，在《朱凤吟》一诗中，表现了他刻骨铭心的思念：“朱凤失其群，十年不得双。早栖汉宫树，独啄瑶草芳……穷览周八极，遨游仰三光。仙游诚足娱，故雌安可忘。”从这些深情眷恋的诗中，可以看出顾氏的去世对张居正感情上的重创。这是他一生中情绪最低落的时期。
回乡之初，张居正寻得风光甚佳的湖畔修建了一间茅屋，终日闭门不出。他时而读书吟诗，时而怡静养神，经过一番调养，神气日渐清壮。待身体恢复后，他就忙于攻读经史子集，博览群书。张居正这样修身养性，闭门读书大约有三年之久。
毕竟是没有公务之劳的休假，闲云野鹤般的生活也使他流连忘返，向往世外桃源，留下不少韵味深长的诗篇。但众多的诗作表现出他复杂的感情，时而悠闲，时而彷徨，又时而奋起。可见他虽远离朝野，但仍不忘国事，心系朝政。身在山林，却心在朝廷，与山石林泉相伴，虽可怡情悦志，但这不是他的初衷，操心国事才是他的真实想法。其中，值得玩味的是《山居》：“林深车马不闻喧，寒雨潇潇独掩门。秋草欲迷元亮径，清溪长绕仲长园。苍松偃仰云团盖，白鸟翻飞雪满村。莫漫逢人语幽胜，恐惊樵客问桃源。”诗中的心境与他的心境何其相似，纵有终焉之意、烟霞之想，又怎能就此沉沦？
在《谒晦翁南轩祠示诸同志》中，张居正借游览衡山，祭拜朱熹和张南轩的二贤祠之机，终于道出“欲骋万里途，中道安可留”的心声，并以“示诸同志”告之以世人，表示他再度出山的决心。在张居正高卧山林之时，北方俺答大举侵犯宣府、大同要塞，威逼京师。他闻讯勃然而起，作《闻警》抒发自己的忧愤：“初闻铁骑近神州，杀气遥传蓟北秋……抱火寝薪非一日，病夫空切杞人忧。”诗中弥漫着对国事的关切和对时弊积重难返的焦虑。最能反映张居正忧心忡忡而有志难伸心情的是《七贤吟》，这是他对魏晋名士阮籍、嵇康、山涛、刘伶、王戎、向秀、阮咸的咏叹诗，这七人才华横溢，卓尔不群，是乱世中的怪杰。他们行为怪诞，说话玄妙，面对各种抨击和讥讽，谈笑自若，我行我素，逃避世俗，遁迹官场，与当局采取不合作的态度，并以放荡不羁的个性，挣脱礼教和功名的约束，倡导真性情和人的自然本能。由他们开创的“越名教而任自然”的玄学，是中国思想史上的一大流派。但他们的主张终为世道所不容，或被囚，或处死，后世对他们惊世骇俗的行为也多有苛责。但张居正非常理解这七君子“心有所惬”不满现实而又无可奈何，不得不“游方之外”的处境，认为世人有关他们有损名教、贻祸晋室的种种指责，不过是以小人之心度君子之腹，无损于他们的人品和气节。这种超群出众的见解，正是张居正心情的反映。这些诗歌交织着超逸与忧思、出世与入世、愤世与经世的矛盾和冲撞，经过反思和自砺，张居正终于走出了情绪的低谷。
回到故乡，作为休假的官员，张居正本可不必下田劳作的。但他出自平民家庭，与农民有着天然的亲和感。他倡导学农，并身体力行，在家乡亲自下田，种竹植树，与老农切磋农艺，同悲共欢。张居正亲身接触农民，在乡间体会到了人民的辛劳、饥寒和痛苦。在《学农园记》中，他就记述了他对农民的观察：“每观其被风露，炙熇日，终岁仆仆，仅免于饥。岁小不登，即妇子不相眄，而官吏催科，急于救燎，寡嫠夜泣，逋寇宵行，未尝不恻然以悲，惕然以恐也。”这些都深深震撼着张居正，农民终岁劳碌，仅免于饥饿，官吏的催征急如救火，逼得农民抛妻别子，逃亡他乡，这使他“恻然以悲，惕然以恐”。这悲，是对农民的满腔同情；这恐，却是对政局安危的忧虑。这一切不禁使他恻然心动，责任感迫使他重返政坛。张居正虽然身在山林，但念念不忘的依然是官员的职责和治国安民之道。即使不再操政，也有这样自发的操守，充分反映出他对社稷和民生的忧思。
这几年的乡间生活，在张居正58年的生命旅程中只是一段小插曲，但这段时间的成长却对他将来的仕途有着不可估量的作用。期间的低沉、彷徨和奋起，还有忧国忧民的困惑和焦虑，都是他潜龙之志的体现。经过休整、反思和对农民疾苦的考察，张居正对解除社会弊端已有深思熟虑，在他的心中重新燃起了一股报效朝廷的热情。除了自身对政治梦想的追求，其父张文明同样是迫不及待，敦促他及早赴任。要知道他父亲孜孜以求的功名，一生未就，终身的遗憾全都指望着儿子来弥补，眼看儿子业已进入“储相”的行列，岂能长久在家逗留！
国运的召唤，父命的嘱托，肩负着兴国、兴家的双重使命，使张居正不能不重返政坛。这年张居正已经33岁，正值壮年，在回京途中信口吟出的“割股割股，儿心何急”最能表现他急切的心情。“我愿移此心，事君如事亲，临危忧困不爱死，忠孝万古多芳声。”这首以割股命题的《割股行》引用了《庄子·盗跖》中的一则典故，说的是春秋时期晋国的介子推随晋文公逃亡落难，途中晋文公饥饿难忍，介子推毅然割下自己的臀肉，供晋文公疗饥。张居正从封建社会最高的伦理准则——忠孝两全出发，以割股的献身精神，表达了他的耿耿忠心，这是他对自己又一次步入残酷的官场的激励，更是对他重回政坛的宣言！
