《论时政疏》是张居正改革的理论基础：
其大者曰宗室骄恣，曰庶官疾旷，曰吏治因循，曰边备未修，曰财用大亏，其他为圣明之累者，不可以悉举，而五者乃其尤大较著者也。臣闻今之宗室，古之侯王，其所好尚，皆百姓之观瞻，风俗之移易所系。臣伏睹祖训，观国朝之所以待宗室者，亲礼甚隆，而防范亦密。乃今一、二宗藩，不思师法祖训，制节谨度，以承天休，而舍侯王之尊，竞求真人之号，招集方术通逃之人，惑民耳目。斯皆外求亲媚于主上，以张其势，而内实奸贪淫虐，陵轹有司，朘刻小民，以纵其欲。今河南抚臣又见告矣。不早少创之，使屡得志，臣恐四方守臣无复能行其志，而尾大之势成，臣愚以为非细故也。所谓宗室骄恣者此也。臣闻才者材也，养之贵素，使之贵器。养之素则不乏，使之器则得宜。古者一官必有数人堪此任者，是以代匮承乏，不旷天工。今国家于人材，素未尝留意以蓄养之，而使之又不当其器，一言议及，辄见逐去，及至缺乏，又不得已，轮资逐格而叙进之，所进或颇不逮所去。今朝廷济济，虽不可谓无人，然亦岂无抱异才而隐伏者乎，亦岂无罹玷而永废者乎？臣愚以为诸非贪婪至无行者，尽可随才任使，效一节之用。况又有卓卓可录者，而皆使之槁项黄馘，以终其身，甚可惜也，吏安得不乏！所谓庶官瘝旷者此也。守令者亲民之吏也，守令之贤否，监司廉之，监司之取舍，铨衡参之，国朝之制，不可谓不周悉矣。迩来考课不严，名实不核，守令之于监司，奔走承顺而已，簿书期会为急务，承望风旨为精敏，监司以是课其贤否，上之铨衡，铨衡又不深察，惟监司之为据，至或举劾参差，毁誉不定，贿多者阶崇，巧宦者秩进。语曰：“何以礼义为？才多而光荣；何以谨慎为？勇猛而临官。”以此成风，正直之道塞，势利之俗成，民之利病，俗之污隆，孰有留意于此者乎？所谓吏治因循者此也。夷狄之患，虽自古有之，然守备素具，外侮不能侵也。今“虏”骄日久，还来尤甚，或当宣大，或入内地，小入则小利，大入则大利。边圉之臣皆务一切，幸而不为大害，则欣然而喜，无复有为万世之利，建难胜之策者。顷者陛下赫然发奋，激厉将士，云中之战，遂大克捷，此振作之效也。然法曰：“无恃其不来，恃吾有以待之。”乘战胜之气，为豫防之图，在此时矣，而迄于无闻。所谓边备未修者此也。天地生财，自有定数，取之有制，用之有节，则裕；取之无制，用之不节，则乏。今国赋所出，仰给东南，然民力有限，应办无穷，而王朝之费，又数十倍于国初之时，大官之供，岁累巨万，中贵征索，溪壑难盈，司农屡屡告乏。夫以天下奉一人之身，虽至过费，何遂空乏乎？则所以耗之者，非一端故也。语曰：“三寸之管而无当，不可满也。”今天下非特三寸而已。所谓财用大匮者此也。五者之弊非一日矣，然臣以为此特臃肿痿痹之病耳，非大患也，如使一身之中，血气升降而流通，则此数者可以一治而愈。夫惟有所壅闭而不通，则虽有针石药物无所用。伏愿陛下览否泰之原，通上下之志，广开献纳之门，亲近辅弼之臣，使群臣百僚皆得一望清光而通其思虑，君臣之际晓然无所关格，然后以此五者分职而责成之，则人人思效其所长，而积弊除矣，何五者之足患乎？
张居正在《论时政疏》中指出“臃肿痿痹”，也就是官员冗杂而无效率这一官场现状，紧接着指出上下不通的朝廷弊病，进而系统阐述了他改革政治的主张。张居正列举了当时政治危机最迫切的五大问题，分别是宗师问题、人才问题、官僚问题、军备问题与财务问题。针对这些日益激化的矛盾，张居正提出了相应的对策：抑制宗藩；整肃吏治；整修边备；填补财用；上下沟通。
张居正的这篇《论时政疏》所表现出的“政治天赋”的内涵并不局限于治国韬略，这篇短小的文章还透露出张居正这个“政治天才”的心机和性格。张居正在这篇奏文里，表达了自己忧国忧民的心情，并希望世宗能够勤于政务，亲近贤臣，广开言路，以求得君臣同心协力，振兴王朝。张居正后来的改革有一篇纲领性的文章《陈六事疏》就是在这篇《论时政疏》的基础上发展而来的，这篇文章的分量就可想而知了。
然而，这篇文章却未能引起世宗和严嵩的重视，但由于他的言辞委婉，并没有招来杀身之祸，这也是张居正的幸运。
张居正知道自己说话的时机还没有到，必须耐心等待下去。所以，直到嘉靖末年，前后约17年的时间，除了例行章奏以外，张居正再也没有公开上疏指陈时弊，只是埋头于典章国故，努力从前人那里汲取政治营养和智慧。
虽然张居正的《论时政疏》并没有引起皇帝和严嵩的重视，却受到了另外一个重要人物的欣赏，这个人就是徐阶。他因而更加看重张居正，并着力要把张居正培养成自己的政治接班人。徐阶对张居正的培养不仅为他的仕途增加了更多的可能性，而且对他的思想的改变也起到了重要的作用，可以说是张居正的精神导师。没有徐阶，张居正少说还得多奋斗10年才能实现自己的政治目标。所以说，这篇《论时政疏》是张居正仕途中的一块垫脚石，使得他成功地攀上了徐阶这棵大树。
