福泽的“赤穗非义士论”与“权助论”，由于完全颠覆了日本国民心目中的忍辱负重为主君复仇的赤穗义士，与为主人尽忠的仆人权助的光辉形象，所以很快就遭到其他报纸、杂志的口诛笔伐。再加上第4篇中福泽以自身不依靠政府，在民间办教育的事例批判当时其他学者加入政府为其服务，也遭到西周、加藤弘之等其他明六社同仁的批判。一时之间福泽周围风声鹤唳，多位朋友劝他暂时搁笔避避风头。
但福泽认为无需退缩。他一边继续执笔为自己辩护，一边撰文续写《劝学书》。与此同时，他开始构思《文明论概略》，准备系统地阐述自己的思想。《劝学书》第八～十三篇的文章，就是在这样的环境与心境下，以每月一篇左右的速度写就发表的。但是很明显，这几篇文章的内容大多围绕着已经讨论过的问题进行补充，缺少前面文章中的激情与尖锐。第八、十一两篇继续批判上下名分与政府专制，但议论的重点已经转变为强调政府制定的法律的重要性，要求国民严格遵守法律。第九、十、十二这三篇的中心仍是议论自由与独立，但此时个人追求自由、独立的原因是为了日本国家的独立这个目的——即为了国家主义而追求。
第十三篇中福泽笔锋一转，以“怨恨”为题展开论述。文章的中心最终落在批判政府的言论管制，认为“人的原本性情无法自由释放，就必然会对给他制造障碍的人产生怨恨”，国民“应该多接触事物，才能把人天生的活力迸发出来”。
第三类的文章内容与福泽的另一部代表作《文明论概略》有极大的关联。其中第十四篇的主题“照顾”中，对政府专制的批判已经非常微弱，仅指出政府不接受民间的意见，是对国民的“保护过度”而已。第十五篇中论述做学问的方法应该有怀疑的态度，并指出当时日本全面西化、表面西化的一些问题。第十六篇中论述“独立”分为物质的独立和精神上的独立两种，且后者重要，并强调知行合一。第十七篇中福泽认为“荣誉和人望是值得积极争取的事物”，呼吁国民应该追求积极地出世，有所作为。并指出“通晓语言”、“温和率真”、“广交好友”这三种方法。以上诸篇的内容都可以在《文明论概略》中看到更加详细、精彩的论述。
一般说来，《劝学书》是福泽启蒙思想的序章，而《文明论概略》则是本论部分。但从前者到后者的大约三年间，福泽的思想发生了巨大的转变。
在《劝学书》中，福泽总体崇尚个人的自由、平等、独立，主张个人应该通过学习近代科学安身立命，并为国家的独立、发展作出贡献。在国际关系中，推崇自然法理解的国际法原则，如国与国间权利平等，互相尊重交往等的“天理”。在福泽看来，自由、平等、独立等价值，既适用于个人，同时也适用于国际间；既是日本国内应遵循的规范，也是国际间的行动准则，是具有超越的、先验性格的永远的普世价值。在政府与国民的关系中，虽然也批判不学的“愚民”，主张国民应该严格遵守法律，但也批评、告诫政府不要专制压迫。
但在《文明论概略》中，这些价值都被作了“现今的”限定，一切都让位于本国的独立这种“私情”和“偏颇态度”。国际间的秩序，也成为以物竞天择、优胜劣汰的社会进化论为基础的，所有人对所有人的战争般疯狂的世界。福泽曾经信奉的国际正义、国际道德都已经荡然无存。个人的自由、平等也让位于“国家独立”这个终极目的，成为对外扩张国权的手段。
因此，尽管《劝学书》中有愚民论、唯学问论等的缺陷，但强调自由平等、天赋人权主旨的该书，或许可以认为是福泽谕吉启蒙思想的最杰出的代表作。
