由于奥地利长期以来奉行自给自足的自然经济，外贸能力相对匮乏，同时，奥地利境内的匈牙利等非德语地区的工业品缺少竞争力，导致奥地利为了保护关税收入而放弃了参与同盟的机会。
无论是对于奥地利还是对于整个德意志来说，奥地利放弃参与同盟都是一件非常重要的大事。
长久以来，在德意志地区就存在着“统一包括奥地利在内的大德意志”和“统一不包括奥地利的小德意志”的观点争论。说句良心话，关税同盟初期的普鲁士，并没想过一定要把奥地利排除在外，建立“小德意志”，而正是奥地利的选择，导致它与德意志其它地区的经济联络越来越疏远。
1849年10月，奥地利看到自己越来越孤立，就提出了“中欧关税统一”的计划，想以维也纳为中心，建立一个拥有7000万人口的大关税同盟，借以对抗日益强大的普鲁士。但是，经过15年的发展，德意志各邦对普鲁士的经济依赖越来越深，不管奥地利的新方案有什么样的诱惑力，也已经无力接受了。
从此以后，奥地利的经济实力与普鲁士越差越远：到了1865年，普鲁士的城市化达到了55％，奥地利只有30％；普鲁士境内的铁路有11000公里，奥地利只有6600公里；普鲁士年产生铁85万吨，奥地利只有46万吨；普鲁士拥有蒸汽机15000台，总计80万马力，奥地利只有3400台，总计10万马力。尽管后来到了1865年，奥地利与普鲁士签订了贸易条约，但整个德意志关税同盟已经把奥地利当作外国来对待了。
排除了奥地利之后，普鲁士就逐渐掌握了德意志的领导权。虽然后来德意志的统一是普鲁士依靠三次王朝战争完成的，但是就像同样来自德国的卡尔。马克思说的那样，经济基础决定上层建筑，德国的很多经济学家认为，德意志的统一，就是建立在关税同盟的基础之上的。
可惜，德意志关税同盟最早的倡导者李斯特本人，却没能看到同盟的飞速发展。1824年，李斯特因为自己的改革主张触怒了符腾堡当局，被判处10个月的监禁。监禁期满之后，他远赴美国做德文报纸主编，1827年前后完成了《美国政治经济学大纲》。1830年他加入美国国籍，先后担任美国驻莱比锡和汉堡的领事。
在这期间，李斯特形成了自己的贸易保护思想。他认为，每个国家各有其发展的途径与特点，适用于一切国家的经济理论并不存在。当初英国人亚当·斯密搞的自由贸易那一套，实际上是为英国的利益服务。而德国要发展，就要建立自己的国家政治经济学，在具体的行动上，就是要通过国家保护的方式实现工业化，特别要优先发展朝阳产业。
