1226年，条顿骑士团得到了神圣罗马帝国皇帝腓特烈二世的许可，获得了对普鲁士地区的统治权。受到条顿军人们的影响，普鲁士人改信了基督教，日常语言也逐渐变成了德语。
号称“欧洲三大骑士团之一”的条顿骑士团没少打仗，可是打仗的能耐好像也不高明，两次生死攸关的大仗都打败了：
蒙古人崛起之后向四面八方扩张，在第二次西征的时候进攻东欧。1241年4月9日，德意志和波兰联军在格列尼卡战役中被拔都率领的蒙古骑兵击溃。作为联军主力的条顿骑士团损失惨重，几乎全部重骑兵都被消灭，条顿骑士团从此一蹶不振。
1410年7月15日，条顿骑士团又在坦南堡战役中被波兰、立陶宛和俄罗斯的联军击败，包括总团长在内的全部指挥官阵亡。这仗惨败之后，条顿骑士团就只剩下了苟延残喘的份儿。
条顿骑士团日薄西山，普鲁士的第二个渊源就此登场了。
1138年，罗马帝国（当时还没有“神圣”那个定语）的皇帝洛泰尔二世为了向易北河以东扩展势力，抵御斯拉夫人西侵，就建立了一个叫勃兰登堡的藩侯国，隶属于萨克森公国。几十年后，勃兰登堡藩侯国脱离萨克森公国，直属帝国皇帝，到了1356年，勃兰登堡侯爵成为了德意志七大选帝侯之一，勃兰登堡地区的政治地位进一步得到了提升。
1415年，勃兰登堡的侯爵家绝了嗣，当时的神圣罗马帝国皇帝西吉蒙斯就把这片土地改封给了手下的一员武将，霍亨佐仑家族的腓特烈。
从此以后，这个霍亨佐仑家族的兴衰就和德意志的命运紧紧捆绑在了一起，直到1918年。
这位开创了霍亨佐仑王朝的腓特烈·冯·霍亨佐仑，是整个家族的第一个选帝侯，所以后来就被称为选帝侯腓特烈一世，或者叫“大选侯腓特烈”。
到了1512年，霍亨佐仑家族的支系，阿尔布雷希特侯爵当选条顿骑士团的第37任总团长，就此把条顿骑士团管辖的普鲁士地区并入了自己的领地；1525年，阿尔布雷希特宣布改信基督教路德宗，解散了条顿骑士团，同一年他又被波兰国王齐格蒙特一世册封为公爵，普鲁士侯国也就此晋升成普鲁士公国，臣服于波兰王国。
到了这个时候，普鲁士的两个历史渊源：条顿骑士团领地和霍亨佐仑家族领地就此合二为一。也正是因为普鲁士有着条顿骑士团的血统，所以从公国建立之始，普鲁士就强调军事优先和专制主义，尽管由于土地贫瘠，论经济什么的，要比巴伐利亚、萨克森什么的穷一点，可是在人民的组织性、纪律性方面，就比其它的德意志诸侯们高出了一大截。
