第二阶段（”丹麦阶段“），从1625年到1629年。1625年，信奉新教的丹麦在同样信奉新教的英国、荷兰，和虽然信奉旧教，但为了争夺欧洲霸主地位而和神圣罗马帝国为敌的法国的支持下，向神圣罗马帝国发动进攻。神圣罗马帝国节节败退，直到1628年，启用了波西米亚贵族，牛人华伦斯坦掌军，这才一转颓势，反败为胜，在1629年5月迫使丹麦签订了《吕贝克条约》，战争的第二阶段同样以神圣罗马帝国的胜利而告终--在第二节的比赛中，旧教队进一步拉大了分差。
第三阶段（”瑞典阶段“），从1630年到1635年。1630年7月，瑞典国王古斯塔夫二世·阿道夫为了防止神圣罗马帝国在波罗的海取得优势，出兵参加大战。1632年，这位被称为”瑞典历史上最伟大的国王“在吕岑会战中被华伦斯坦射杀。群龙无首的瑞典军队又勉强支撑了3年，到了1635年，实在撑不住了的瑞典军队全面退回国内，战争的阶段性胜利再次属于神圣罗马帝国--第三节结束时，旧教队的得分依然遥遥领先。
第四阶段（”全欧混战阶段“），从1636年到1648年。1636年，本来一直躲在新教队替补席上的旧教国家法国，看到丹麦、瑞典和德意志的新教诸侯接连失败，为了不让神圣罗马帝国一家独大，干脆脱掉马甲，作为新教队的队员直接上场比赛了。随后，西班牙和怕瑞典强大起来的新教国家丹麦加入旧教阵营参战，荷兰和瑞典则作为新教国家参战，差不多全欧洲都打成了一锅粥。双方这一打就是整整12年，由于遇上了法国这么个生力军，旧教阵营接二连三地失败，把前三节积攒下来的比分优势一举输了个精光，最后不得不屈膝求和。
1648年，被旷日持久的战争折腾得精疲力竭的双方签订了《威斯特伐利亚和约》，比赛总算结束了。
三十年战争改变了欧洲的一切，也奠定了欧洲近代的格局：法国成为了欧洲大陆的新霸主；荷兰完全独立，很快成为了海洋霸主；瑞典获得了波罗的海沿岸的大批土地，成了北欧一带的区域性霸主；西班牙丧失了欧洲一等强国的地位，开始沦为二流角色；至于神圣罗马帝国呢，算是倒霉到了家：原来属于神圣罗马帝国的意大利北部地区纷纷独立，建立了很多小国，而德意志地区诸侯们的实力进一步增长，越来越不把帝国皇帝放在眼里。曾经是一个整体的神圣罗马帝国，基本上算是名存实亡了。
当然，跟古往今来的所有战争一样，三十年战争中最倒霉的还是老百姓：
作为欧洲的地理中心，德意志地区是三十年战争的主战场，受到的摧残可想而知--对比一下，第二次世界大战在欧洲打了不到六年，全欧基本上就沦为了一片废墟；这场三十年战争的长度超过二战的四倍还多，德意志就简直变成了人间地狱：
经过这场战争，德意志原来的1300万人口减少了1/3以上，偌大一个柏林才剩下7500人，柏林以北的很多村子更是整片整片地被夷为平地。德意志一半的孩子活不到10岁就夭折了，成人的平均寿命也才45岁。神圣罗马帝国彻底变成了一个空壳子，德意志地区分裂成390个小邦国和1400多个骑士领地，弄得小国们搞军事演习时都不敢开炮--怕炮弹落到邻国的领土上引起外交纠纷。
说起来，这场仗也该算是马丁·路德宗教改革的副产品。德意志的千年历史就此跌到了最低点，而且距离反弹还要等很久很久。
