400年后纳粹在德国上台的时候，纳粹理论家阿尔弗雷德·罗森堡就经常引用路德的话，为迫害犹太人，包括设立集中营找理由。所以不管后来路德的支持者们怎么解释，也没法抵赖路德当年留下的这些白纸黑字。
路德第二件备受批评的事情，是支持当时广泛存在的”迫害巫婆“的现象。
大家都听说过欧洲中世纪的宗教裁判所吧？横行欧洲数百年，凌驾于一切法律之上，看谁不顺眼就把谁架到火上活活烧死。宗教裁判所处罚的主要对象，一是各种跟教廷不一致的”异端“，二就是所谓的”巫婆“。
所谓”巫婆“，据说是跟魔鬼达成协议，崇拜魔鬼，从事邪恶勾当，搞”黑魔法“的女人。（至于什么是”黑魔法“，可以去参考《哈里·波特》系列或者是《暗黑破坏神》。）其实想想就知道，谁能有什么”法力“啊！这些所谓的”巫婆“，大多不过是像湘西被诬陷”放蛊“的女人们一样，被周围人排斥的可怜人。可是宗教裁判所不管那些，揭发、审判和处死巫婆的事儿搞了几百年，造成的冤假错案究竟有多少，恐怕谁也说不清楚。
路德本人也深信”巫婆“的存在。1526年5月6日，他在一次针对”巫婆“们的布道中引用了圣经旧约里”行邪术的女人，不可容她存活“的这句话，然后说，”处死女巫是正义的法律，因为她们会造成许多破坏，至今人们忽视了这些破坏。她们从其他人家里偷牛奶、奶油和所有的……她们将儿童变成别的东西……她们在人的膝盖中造成神秘的病，使得人身摧残……她们造成身心摧残，她们酿造魔剂和召唤魔鬼，散布仇恨、炙爱、坏天气和对房屋和田地的破坏，她们从一里以外或更远处就可以射魔箭，而别人察觉不到……，女巫必须被处死，因为她们是小偷、奸妇、强盗、杀人犯……她们破坏巨大。因此必须被处死，不只因为她们造成破坏，而且因为她们与魔鬼接触“。路德明确地赞成对施”黑魔法“的人处以死刑，尤其是施”黑魔法“的女人，光是在这一次布道里，他就说了五次”她们必须被杀“。
虽说路德自己并没有亲手杀死过任何一个”巫婆“，但他凭借着他作为宗教改革领袖所拥有的巨大影响力，究竟有多少”巫婆“是间接地死在他手里，那就永远是一笔糊涂账了。
路德第三个备受争议的地方，是他对待农民起义的态度。
路德那个时代，农民生活水平很差，再加上连年战乱，贵族们为了筹措军费，不断提高农民的地租和各种苛捐杂税，越来越多的农民就被迫沦为农奴。一来二去农民们活不下去了，就纷纷造反。
