这年年底，中共南方局书记周恩来写信要黄文杰到重庆接受新的工作。由于紧张和劳累，黄文杰染病在身，且非常虚弱。但他还是在听到召唤后，和周惠年历尽艰险辗转到渝。
此时，周惠年已经怀有五个月的身孕，她看黄文杰经常奔波于各地，工作如此紧张，整个时局又处于动荡不安状态，感到生儿育女大不合时宜。特别是在几年间她两度失去丈夫，生育的两个孩子都没有了父亲，便不禁油然生出这个孩子是否也会有一天成为孤儿的忧虑。她不愿再面对这残酷的可能，就与黄文杰商量，做掉胎中的孩子。
黄文杰与周惠年有过较长时间的接触，对妻子的想法十分理解和尊重。于是，周惠年怀着异常复杂和沉重的心情，做了堕胎的手术。此后不久，她和许多在重庆工作的干部，根据组织的安排分别登上几辆摇摇晃晃的汽车，向陕北进发。
周惠年终于到了延安。延安天高云淡，不似重庆时有迷雾和阴霾。这里是中共控制的地区，不必像在国民党统治区从事地下工作那样，要把自己的信念、把喜怒哀乐都埋藏在心底，她感到一种前所未有的轻松愉快。
不久，她被送到设在大殿沟的中央马列学院，成为马列学院的第六期学员。她又一次得到她幼年时就渴望的读书机会。自从投身革命后，她就无暇认真地读书了。在苏州反省院倒有时间，她在那儿读了《红楼梦》等古典小说，此外院方只提供“三民主义”的书，她未能学习更多的知识。在马列学院，她才较多地接触到革命的理论，这种学习生活令她欣喜和满足。
1940年中秋，本是依中国传统家人团圆之时，可周惠年却蒙受了感情历程的第三次打击。原本患有肺病、又饱受监狱折磨的黄文杰，由于积劳成疾染上伤寒。一天，日军飞机轰炸重庆，他在又潮又阴冷的防空洞内躲了很久，受凉发高烧，经抢救无效，不幸逝世。
消息传到延安，周惠年又一次陷入深深的悲痛之中，然而，让她稍感慰藉的是，中国共产党充分肯定了黄文杰献身革命的一生。尚在十八集团军驻重庆办事处的周恩来、董必武、邓颖超等亲为黄文杰送葬；《新华日报》、《群众》均出专版纪念“对党无限忠诚，对人对事大公无私”的黄文杰。叶剑英在其悼念文章中，称赞黄文杰“做事负责认真，有骆驼般精神”。
从延安马列学院学习结业后，周惠年就在中共中央机关工作，周恩来回到延安后，曾经两度在重要场合表扬过周惠年，高度评价她当年在白区的地下工作和她为革命做出的默默奉献。
新中国成立后，周惠年在中共中央书记处政治秘书室任行政秘书，后调到中共中央马恩列斯著作编译局工作。
