根据军舰难以抗击空中轰炸的现实，中共中央及时做出了“留人不留舰”的决定，在拆卸掉舰上的重要设备后，护舰人员全部离舰，主动沉舰。当天黄昏，“重庆”号舱底闸门全部开启。望着刚刚夺到手的军舰徐徐沉入海底，部分起义骨干不禁号啕大哭。
“重庆”舰虽然自沉了，但起义水兵们的功绩却不会被淹没，中共中央随即派贺龙专程赴葫芦岛看望起义人员。当贺龙来到“重庆”号官兵中间时，水兵们为亲睹这位身经百战、威震国中的传奇式人物激动不已；而这老战将面对众多年轻的水兵也显得兴奋和风趣。他代表中央、毛泽东、朱德对全体人员慰问和欢迎后说：“过去我们用菜刀闹革命，今天你们又把蒋介石的王牌军舰都开过来了，你们这些小伙子真行！”
他接着“表扬”起运输大队长蒋介石，说从解放军的装备到“重庆”号，直到他身上的“overcoat”都是蒋输送的。最后，他谈到了学习和思想转变问题。毕重远回想起当年情景时说：许多言语我至今记忆犹新。
3月24日，毛泽东、朱德给邓兆祥和全体官兵的慰问电传到葫芦岛。电报中写道：“热烈祝贺你们英勇起义”，“中国人民必须建设自己强大的国防，除了陆军，还必须建设自己的空军和海军，而你们就将是参加中国人民海军建设的先锋”。电报还预言：“他们可以炸毁一艘‘重庆’号，但是他们不能阻止更多的军舰将要随着你们而来。”
的确，“重庆”号起义的影响是巨大的，毛泽东的预言不久就变成了现实。未出两个月，国民党江防第二舰队大部分舰艇在司令林遵率领下起义；接着，江阴炮台起义；“长治”号驱逐舰起义……
