在镇南关起义同时，孙中山也在筹划河口起义，河口是滇越铁路的交通孔道。孙中山计划以此地为依托，进而图取云南腹地。1908年年初，孙中山派“中华国民军南军都督”黄明堂再次带领了关仁甫、王和顺，以及曾经参加过镇南关之役的100多同志在深夜由越南老街进入云南省界，与潜伏在铁路工人之中的200左右同志相会合，再联合部分退伍但失业的散兵游勇，在孟坝寨设立前敌指挥部，伺机发动起义。
4月30日凌晨，“中华国民军南军都督”黄明堂率军向河口发起袭击。驻扎在云南河口的清军，有一支警察部队，还有四个营的地方巡防部队，警察对清朝的忠诚度最低，他们首先反正，并且击毙其管带蔡正钧，革命军与反清义军会合。巡防营其实是改编自原来的绿营和勇营，只不过是全部持枪作战，都是汉人，他们对清朝的忠诚度比警察高不到哪里去，在投降革命活下去和忠于清朝战死的抉择中，他们很果断地选择了前者，但因为是正规部队，服从是天性，这时就需要有人带个头才能搞军变。第二天，清边防副督办王镇邦被他下面的一个守备用手枪打死，剩下的部队立即全体反正，河口落入于革命军之手。
黄明堂以中华国民军南军都督名义，张贴布告安抚民众，严肃军容军纪。革命军得到十响毛瑟枪一千余枝，子弹二十万发。人数也增加到一千多，于是乘胜分兵出击。至5月3日，连克南溪、新街、坝洒，直逼蛮耗、蒙自，队伍又扩大了。但是问题出现了，粮食接济不上，钱也没有。
距黎东方先生的记载，当时在越南的胡汉民得到消息后，写信向孙中山详细报告情况：士兵每天每人需要三毛钱作伙食费，全军三千多人，一天就得花去一千元。河内机关部根本没有多少钱。革命军打下河口以后，在当地征收到义捐三千五百元，却花去了四千八百元：赏给熊通二千（杀王镇邦的花红），赏给其他的人二千八百（有些是攻占河口的四座炮台，有些是杀了他们的哨官来降的）。
胡汉民一面请孙中山在南洋筹款，并表达积极向上的革命乐观主义精神：“若得十万金，分半先为粮食之用，分半预备子弹之补充。则大军所至，势如破竹，攻城略地，无后顾之忧矣。一面向河内华侨梁成泰的儿子梁秋，借了三千元救急（梁秋已经捐过两千）。
身在新加坡的孙中山接到胡汉民的报告以后，在5月20日写信给邓泽如与黄心持，请他们向一位“弼翁”与一位陆秋杰设法，“若秋君或弼翁肯任此十万，当酬以云南全省之矿权专利十年也”。
5月5日，孙中山委任黄兴为“云南民军总司令”，立即赴前线督师。黄兴赶到河口，投诚清军拒不听从调遣，黄明堂、王和顺也不服从指挥。黄明堂拨给黄兴100人，这些人走了不到一里，“向天开枪一排，齐声呼疲倦不已，克强再三抚慰，无效”。又走了半里地，他们突然一哄而散。造成这种局面的原因很复杂，一方面是革命人员成分复杂，有贫下中农、有会党，有散兵游勇，不好组织，另一方面， “中华国民军南军都督”与“云南民军总司令”，名字都很大气，但可能有点职能重复，到底谁领导谁，不太容易搞清楚。黄兴最终只得折回河口，约了王和顺来谈谈情况。王和顺说：兵太少，子弹太少。黄兴要求抽调各路的一部分兵力，自己带着袭取蒙自，然而多数的将士皆不肯听令。黄兴感觉到，只有把以前跟他在钦廉作战过的一二百同志召集来，才有办法。当统帅的，倘若没有“亲兵”，就不能指挥各军。于是，他决计先回越南一趟，等候老部下来，再来打一仗。不料，黄兴刚进入河口对岸的越南老街，5月12日，黄兴在越南老街遭到法警截留，很快被驱逐出越南。
清政府通过外交渠道，援引国际公法，指责法国对反政府武装进行事实性纵容，使其在越南境内集结，革命力量公然结队过境，并利用滇越铁路运送军事物资。最后，越南殖民当局应清政府要求，封锁中越边境，阻禁革命党及粮械进入云南，并驱逐大批在越革命党人，使河口起义军陷入孤立无援困境。
当时锡良任云贵总督，起义爆发后，他一面调兵镇压，一面向清政府告急，清政府即派刘春霖帮办云南边防事务，令广西提督龙济光率防营增援，又命两江总督端方、湖广总督陈夔龙接济饷械，四川、贵州地方也派军往援。同时不惜重金，拨专款五十万两给锡良，作为增募新兵与供应其他开支，并实发枪械一万枝，子弹370万发。
革命军与清军相持20多日，最后被击败。5月26日，清军占领河口。黄明堂率600余人撤至越南境内，法国军人命令革命军缴械，革命军不同意。两军冲突，相持了几个月，后来由当地华侨领袖出面调停，革命军缴械后去往新加坡，法国当局则送旅资。
600多人其后到了新加坡，英国殖民当局不许他们上岸。法国政府驻新加坡领事向英国官吏交涉，声称法国在革命军与清军交战之时严守中立，是基于承认革命军为合法交战团体，因此，这些人是“国事犯””，不是“乱民”。英国当局也不傻，既然是“国事犯”，为什么不让留在你们法属越南？几番交涉，英国最后虽然同意他们上岸，但是立刻把他们拘捕。孙中山让张永福请了律师，把他们都保释了出来。陈楚楠还特地为他们创办了一个中兴石厂，安插了他们中的一些人去工作，其他人分别来打槟榔屿、吉隆坡、毗叻（霹雳）文岛的矿场、农场与工厂工作。
