从2004年到2006年，乔布斯和苹果都经历了两场大的劫难，但都奇迹般地生存下来。
2004年，乔布斯患上癌症，医生估计他最多还能活3到6个月。医生建议他回去把一切都安排好，其实就是在暗示他“准备后事”。医生马上给他做了手术，很幸运的是，那是一种少见的可治愈的恶性肿瘤。手术后，他很快就好了。这次经历，使乔布斯对死亡有了真正的认识。他认为，死亡推动着生命进化和变迁，旧的不去，新的不来。现在，新的人和新的技术，在不久的将来，也会逐渐成为旧的，也会被淘汰。苹果没有沉浸在iPod的成功中，而是加紧了新品的开发。
苹果公司这两年也不太顺，经历了产品受阻和期权风波。
华尔街总是期望上市公司不断创造营收的奇迹。为了获得进一步增长，在垄断了播放器市场后，2003年苹果开始寻求在高额利润的音乐市场上分一杯羹。世界上整个音乐市场当时被五家大的唱片公司—百代、环球包括下属的宝丽金、华纳兄弟、索尼和BMG垄断。后两家今天已经合并。这五家基本上各自签约不同的艺术家，各卖各的音乐，共同维持着一个高利润的市场。大部分听众可能都有一个体验，就是每个人可能只喜欢一张唱片中的一两首曲子而不是全部，但是，买CD时必须整张CD一起买。苹果建议唱片公司和它一起开发音乐付费下载市场，把一个专辑拆成一首首的曲子来卖，这样听众可以只选择自己喜欢的来下载。这个主意当然很好，问题是唱片公司和苹果如何分成，当然谁都想多得一些。乔布斯是个非常优秀的谈判高手，他把在价格上最强硬的索尼放在最后，他和其他四家公司共同达成了协议，索尼只好就范，否则就永远被隔离在广大的iPod用户群以外。苹果推出音乐付费下载以来，下载量远比想象的要增长得慢。整个2006年，苹果公司在股市上的表现都不好，这时，苹果又爆出了期权风波，更是雪上加霜。关于这次风波媒体上报道很多，大致情况如下。
想了解美国的高科技公司，必须了解它的股票期权制度。在传统的公司里，一个员工的收入和福利包括奖金和退休金等现金。一般员工并不拥有公司的一部分。很多高科技公司，为了将员工的利益和公司的前途绑在一起，发给员工一些股票的期权。所谓期权就是在一定时间，比如十年内，按一定价格，比如当前市场价购买股票的权利。获得期权的员工，会对公司有主人翁的责任感。如果公司的股票上涨，那么拥有股票期权的人可以以过去低的价格买进股票，即所谓的exercise，然后以现在高的价钱卖出，从中赚到差价。股权只有当公司股票不断上涨时才有意义。遗憾的是，没有一家公司的股票只涨不落，因此股权有时会变得毫无意义。一些公司为了让股权变得有意义，在中间做手脚，修改股权授予时间，用最低的价钱将股票授予管理层和员工。苹果公司就是在这件事上栽了跟头。2006年，美国证监会开始调查苹果公司这一行为。经过长期调查，证监会掌握了确凿的证据，苹果公司终于低头了，并交了罚款。最后，苹果公司首席财务官弗雷德·安德森（Fred Anderson）为此受罚。
从后来的情况发展看，这位被解雇的财务官觉得委屈，跑到《华尔街日报》去鸣冤。乔布斯一手对付证监会的调查，一手开发新品。2006年底，苹果公司推出了Apple TV。Apple TV不是任何意义上的电视机，而是一个豆腐块大小的计算机，这个盒子可以存储几千小时的音乐或几十小时的电影。它一头可以和互联网连接，下载音乐和电影，另一头，和家里的电视机和音响连接，播放出5.11电影院效果的环绕立体声、高清晰度的音像。别小看了这个价格和iPod差不多的豆腐块，当时有人猜测它很有可能成为未来每一个家庭客厅的娱乐中心。直到今天，很多人依然认为，在个人电脑之后，家庭的娱乐中心将成为一个新的产业。事实上，在Apple TV出来的十年前，盖茨就在他的《未来之路》一书中预言音像制品将数字化，可以根据用户特殊需求下载并存在一个服务器中，这个服务器可以管理和控制所有的家电。2006年，盖茨的这个梦想似乎快实现了，但是却让苹果抢先了一步，但是微软和索尼马上跟上了。那一年，在这个领域有三个候选者，苹果、微软和索尼，后两者靠各自的游戏机作为家庭娱乐中心。苹果拥有最大的付费下载iTune用户群，微软有很强的技术储备，索尼有领先的蓝光（Blu-Ray）DVD技术。照理讲，这三家巨头应该有一家能占领家庭的客厅，但是事实是最终三家都没有笑到最后。
另两家的原因暂且不去说，第一代Apple TV的失败原因颇为明显：这个产品设计有问题。虽然第一代的Apple TV的从外形到功能都很酷，从外形上看，它和其他苹果产品一样是漂亮的乳白色，是一个只有一张光盘盒大小，一英寸厚的白盒子。从功能上看，它能输出1?080线的图像和5.1的家庭影院音响，并且有一些存储量可以存一些音乐和节目，似乎很不错，但是这些性能根本无法发挥作用。
首先，1?080线的视频分辨率是为高清晰电视和蓝光DVD用的，而苹果的Apple TV本身不带蓝光DVD的播放器，事实上它什么光驱都没有。也就是说它可以输出1?080线的视频节目，却没有相应的输入；对于5.1的音响也是如此。Apple TV的信号输入，只有通过互联网，或者通过Wi-Fi和联网的计算机，非常不方便。另外在2006年，美国大部分家庭的电视根本达不到1?080的分辨率，而当时，大部分音响功放也根本无法解析从Apple TV来的HDMI的信号。因此这些看上去很好的功能都是摆设。其次，由于版权的问题，Apple TV不能备份自己已有的DVD（因为分不清是自己的还是借的，在中国或许没有这个问题），而一定要从网上的Apple Store购买，而下载一个平均9GB左右的电影（普通DVD还不是高清晰的）当时几乎要一天的时间，还要付10美元左右的版权费，既不方便也不便宜。而实际上购买了Apple TV的人最多的是用来看只有320线很低清晰度的YouTube的免费视频，和苹果的初衷完全不相符。最后，市场给的结论是：没用，因为主要的功能超前，或者不配套，或者应用环境根本不存在。
这一段时间乔布斯在各方面都比较背运，如果乔布斯的创新到此为止，苹果今天也不过是个二流公司。但是乔布斯运气很好，他居然挺过了最艰难的时候，他第二个新的拳头产品—智能手机iPhone获得了巨大的成功。使得乔布斯和苹果公司都得以大难不死。
