得到这项任务后，希姆莱让他的最得力的助手海德里希主抓这项工作。1941年7月3 日，希特勒亲自下令：“这里，我委托你，做好一切准备工作，在欧洲德国势力范围内，全部解决犹太人问题。我还要派你尽快制定出最后解决犹太人问题的具体措施。”
根据希特勒的命令，海德里希疯狂地制定出具体的杀人措施，其中包括集体屠杀、毒气室、火化炉、进行拷打、结扎生殖器、饿死或让沉重的劳役累死等惨无人道的法西斯行径。
海德里希像一个死神，他的手轻轻一指，数以百万计的犹太人就立时惨遭杀戮。
1942年1月20日，海德里希在一次高级官员会议上，提出了罪恶昭彰的“最后解决方案”，计划屠杀欧洲1100万名犹太人。会上，海德里希发布了一条命令：“应当把反对德国占领军的人一律逐到‘黑夜与浓雾’中去。”
为了实施这一计划，希姆莱建立了一个秘密机构——“遗传基金委员会”，负责实施“最后解决方案”。海德里希下令逮捕几百万名犹太人到集中营做劳工，让他们在劳动中累死，少数活下来的干脆枪毙。集中营的暴行更是令人发指，“大迁徙”使犹太人白骨累累……这年夏天，德国特别行动队就枪杀了75万名波兰和苏联的犹太人。
海德里希由于杀人有功，在其许多职务外，又谋到了波西米亚和摩拉维亚的“代理保护长官”一职，占据了布拉格的波西米亚国王的王宫，成为第一个试验推行党卫队实行占领政策的人。
苏德战争爆发以后，捷克在“第三帝国”的地位变得越来越重要。捷克是中欧相当富庶的工业国，尤其以优良的军工企业著称，是仅次于德国鲁尔区的欧洲军火生产基地。
二战爆发以后，德国开始有计划地将鲁尔区的军工企业迁往盟军轰炸机鞭长莫及的捷克腹地。到 1941年夏天，德国三分之一的坦克、四分之一的卡车和百分之四十的机关枪都产自捷克。跟随德国企业迁入捷克的还有大批德国政府和企业管理人员，这些人的到来，加剧了捷克的民族矛盾。
苏德战争初期，苏军一溃千里，损失三百万部队，斯大林痛切地感到不能单纯依靠军队，必须想尽办法削弱德国的战争潜力。因此苏联一改此前对捷克流亡政府的轻慢态度，指示捷克共产党和忠于流亡政府的资产阶级抵抗组织达成协议，协调抵抗运动。
