北方在战场上的失利引起了民众的强烈不满，许多城市爆发了示威游行，要求政府采取措施扭转战局。这时林肯才意识到，要想打赢这场战争，就必须调动农民的积极性，而最好的办法就是废除奴隶制，解放黑奴。
1862年7月，国会通过释放所有奴隶的《第二充公法案》，但并未从宪法上废除奴隶制度，该法案的目的是打击奴隶主控制的叛乱州。
1862年9月22日，林肯颁布《解放黑奴宣言》，在废除奴隶制度的道路上迈了一大步，直接催生了美国宪法第十三修正案。这一宣言把战争的目标明确地定义为废除奴隶制度。他后来说:“ 在一生中，我确信，我未作过比签署此宣言更加正确的决定。”
在联邦军队经历过数次挫败后，林肯任命尤里?格兰特为总司令，逐渐扭转了战局。1864年，林肯授权尤里格兰特采用“焦土战术”，以打击南方的士气和维持战争的经济能力。联邦将领威廉?特库赛?谢尔曼将军的部队从亚特兰大向南卡罗来纳海岸进军的沿途，纵火焚烧了许多农场和城镇，给南方人民造成了巨大的财产损失和久久难以抚平的精神创伤。
在战争进行的同时，林肯一直致力于和解，以使国家重新团结起来。他提出了相当慷慨的条件，比如让战线南部的地区参加选举。国会中激进的共和党议员拒绝承认路易斯安娜、阿肯色和田纳西州在战时选举出的国会议席，但林肯否决了相关的法案。
林肯的大度使得他在1864年的总统大选中，成功连任。1865年4月4日，林肯由少数随从和法国大使陪同，进入已在联邦军队占领下的南方邦联“首都”里士满。在欢迎仪式上，他请军乐队演奏了邦联国歌。
1865年4月9日，南方邦联军队总司令罗伯特?李投降，历时四年的南北战争终以北方的胜利而结束。
北方的胜利，意味着南方的失败，南方的失败，更意味着南方奴隶制支持者的失败，而这是有些激进的奴隶制支持者所不能忍受的。所以那个南部联邦的支持者，那个疯狂的约翰?威尔克斯?布斯把子弹射向了林肯。
永世之生
“八十七年前，我们的先辈在这个大陆上建立起一个崭新的国家。这个国家以自由为理想，奉行所有人生来平等的原则。……我们后来者应该做的，是献身于英雄们曾在此为之奋斗、努力推进但尚未完成的工作。我们应该献身于他们遗留给我们的伟大任务。我们的先烈已将自己的全部精诚赋予我们的事业，我们应从他们的榜样中汲取更多的精神力量，决心使他们的鲜血不至白流。在上帝的护佑下，我们的国家将获得自由的新生。我们这个民有、民治、民享的政府将永存于世上。”
