南北战争
事实上，早在1860年的总统大选过程中，随着林肯当选的可能性越来越大，南方的分离主义者就已经开始谋求脱离联邦。
大选结果揭晓后，南方种植园主迅速制造分裂，发动了叛变。南方11个州先后退出联邦，宣布成立“美利坚诸州同盟”，并制定了新的宪法，选举了“总统”。林肯宣誓就职时，“美利坚诸州同盟”已是既成事实，而且拒绝以任何条件返回联邦。
1861年4月，南方联盟不宣而战，迅速攻占了联邦政府军驻守的桑特要塞，打响了南北战争的第一枪。
在这种局势下，林肯不得不宣布对南方作战，并派遣75000人的部队收复要塞。
当时林肯反对奴役，但是他还不完全是废奴主义者。南北战争爆发后，林肯在一次接受采访时公开表示：“我的终极目标是保住联邦，而不是废除奴隶制。如果解放黑人奴隶就能够保住联邦，我会那样做；假如不这样也能达到目标，那我就不解放他们；如果只解放一部分奴隶而同样能取得成效的话，我也会照章办事。”
在现代人看来，林肯的话表明他的确不是个完全的废奴主义者。不过，无论林肯在内心深处是否存在种族偏见，最终的结果都是他解放了黑奴，是他给了黑人自由。即使他真有种族偏见，那也是囿于时代的局限性。对此，黑人废奴主义者弗雷德里克?道格拉斯曾经写道，林肯是“我所交谈过的最伟大的美国人。他在任何情况下都不会让我意识到他和我之间有什么不同”。
1922年，著名的黑人民权领袖和作家杜波依斯在其为美国有色人种协进会会刊《危机》杂志撰写的一系列社论中指出，人们有必要重新审视林肯。不过，与别人不同的是，他在试图还原一个真实林肯的同时并不反对和诋毁林肯，相反的，他认为“伟人的缺陷和弱点使他们的自我向上的奋斗更有价值和意义”。他还认为， 在所有19世纪的伟人中，“对我来说，林肯是最有同情心和最可爱的。我爱他不是因为他有多么完美，而是因为他不完美却仍取得了胜利”。
尽管这么多年过去了，林肯身上仍然充满了争议，但不可否认的是，在当时他的确为黑人打了这一场战争。
起初，林肯本人并不主张用过激的方式废除奴隶制，他认为可以用和平的方式，先限制奴隶制，然后逐步加以废除，而关键是维护联邦的统一。在这种思想的支配下，北方政府根本没有进行战争的充足准备，只是仓促应战，而南方则是蓄谋已久，有着优良的装备和训练有素的军队，所以，尽管北方在多方面都占有优势，还是被南方军队打得节节败退。
